Дороги были не единственными коммуникациями. Товары часто доставляли водным путем, и наиболее активное сообщение шло по Гангу, Инду и рекам Декана. Впрочем, безопасность этих речных путей была не выше, чем на сухопутных дорогах: помимо многочисленных пиратов, следовало учитывать неравномерный режим и неровное русло рек, песчаные мели и подводные камни которых представляли серьезную опасность для навигации.
Торговля на дальние расстояния касалась главным образом предметов роскоши: с юга везли пряности, сандаловое дерево, золото, драгоценные камни; из Бенгалии и Варанаси — шелк и муслин; из горных районов — мускус, шафран и хвосты яков. Караваны также перевозили металлы, которых во многих регионах не хватало. Железо производили в основном в южном Бихаре, и контроль за дорогой, которая вела из зоны производства, располагавшейся возле современного Ранчи, на Ганге, без сомнения, был одним из существенных факторов быстрого развития Магадхи. Медные рудники существовали в различных регионах Декана, Раджастана и на западе Гималаев. Соль, жизненно необходимая в таком жарком климате, ввозилась с побережья, и несколько месторождений каменной соли находились в Пенджабе. На дальние расстояния транспортировались также некоторые продукты питания, такие как сахар, который не производился в очень сухих и холодных регионах, где сахарный тростник рос плохо, и рис, который экспортировался как ценный продукт питания в некоторые северо-западные регионы.
Мы не знаем, совершали ли арии в ведийский период мореплавания, но в эпоху Будды индийские моряки огибали субконтинент и, возможно, достигали берегов Бирмы, Малайзии и островов Индонезии. Развитие морской торговли не прекращалось в первые века нашей эры, особенно с Западом, где Римская империя являлась основным потребителем богатств Востока. После падения Рима торговля с Западом пришла в упадок, хотя в арабский период она возобновилась и продолжала прогрессивно развиваться, по мере того как увеличивался экономический уровень средневековой Европы. Еще до эпохи Гуптов были установлены морские отношения между южной Индией и Китаем, и в то время как торговля с Западом ухудшалась, развивалась коммерция со Срединной империей: у китайцев как тогда, так и сейчас был большой спрос на пряности, драгоценные камни, духи и другие предметы роскоши из Индии.
Некоторые историки, возможно, переоценивают достижения моряков древней Индии, которые не могут сравниться ни с викингами, ни с другими народами мореплавателей. Большинство экспортируемых Индией товаров перевозились чужеземными судами, но Плиний упоминает индийские суда и отмечает, что самое большое судно имело водоизмещение три тысячи амфор, то есть семьдесят пять тонн. В V в. Фа Сянь, чье свидетельство не вызывает сомнений, отправился из Цейлона на Яву на судне с двумястами гребцами — это самая большая цифра, которую называют авторитетные источники. Немногочисленные дошедшие до нас изображения кораблей этого периода представляют невысокие сооружения, хотя среди настенной живописи в Аджанте появляется трехмачтовое судно; и поразительно реалистичные суда на фризах большого буддийского храма в Боробудуре на Яве кажутся относительно маленькими, так как самые большие из них вмещали всего пятнадцать человек. Для устойчивости на волне все были снабжены балансирами, которые можно обнаружить на современных рыбацких судах на юге Индии и на Цейлоне, — и управлялись при помощи кормового весла, так как руль ахтерштевня еще не был известен.
Шпангоуты судна соединялись не заклепками, а были перевязаны, хотя техника сколачивания шпангоутов была, разумеется, известна в средневековой Индии. Но считалось, что отсутствие металла убережет от воображаемой опасности напороться на магнитные скалы. На самом деле соединенные при помощи веревок доски придавали судну большую гибкость, что повышало их сопротивляемость жестоким бурям и позволяло избегать коралловых рифов, которыми изобилует Индийский океан. Главные порты полуострова находились на западном побережье: Бхарукаччха, Супара (недалеко от современного Бомбея) и Патала в дельте Инда. Отсюда прибрежная торговля распространялась на юг до Цейлона. У нас есть доказательства того, что прямой путь через Индийский океан, по крайней мере случайно, использовался еще до нашей эры кораблями, которые отправлялись из Красного моря в Индию, но, вероятно, большинство судов следовали в виду береговой линии. Только позже, в I в, н. э., начали выходить в открытый океан, используя периодичность муссонов. На востоке, в бассейне Ганга, существовал речной порт Чампа, откуда корабли спускались к морю, затем следовали вдоль берега на юг и к Цейлону. В результате арийского продвижения на восток главным морским портом во времена Маурьев стал Тамралипти в бассейне Ганга, и Чампа утратил свое значение. Из Тамралипти корабли держали курс не только на Цейлон, но, возможно, уже в первые века нашей эры доходили до Юго-Восточной Азии и Индонезии.