Природа виделась огромным хранилищем символов. Элементы различных природных классов — деревья в лесу символов. Минералы, растения, животные — все символично, и традиция довольствовалась тем, что некоторым из них давала преимущество перед другими. Среди минералов это были драгоценные камни, вид которых поражал зрение, воскрешая миф богатства. Среди растительности это те растения и цветы, которые упоминаются в Библии, среди животных это экзотические, легендарные существа, звери-чудовища, удовлетворявшие тягу средневековых людей к экстравагантному. Лапидарии, флорарии, бестиарии в идеальной библиотеке средних веков стояли на почетном месте.
У камней и цветов символический смысл совмещался с их благотворными или пагубными свойствами. Цветовая гомеопатия желтых и зеленых камней лечила желтуху и болезни печени, а красных — кровотечения и геморрагию. Красный сардоникс означал Христа, проливающего свою кровь на кресте за людей. Прозрачный берилл, пропускающий свет, — это был образ христианина, озаренного светом Христа. Флорарии — это что-то родственное травникам, они знакомили средневековую мысль с миром «простецов», с рецептами добрых женщин и секретами монастырских хранилищ лекарственных трав. Гроздь винограда в символическом изображении мистической давильни — это был Христос, проливший кровь за людей. Образом Девы могли служить олива, лилия, ландыш, фиалка, роза. Св. Бернар подчеркивал, что символом Девы является как белая роза, означающая девственность, так и алая роза, говорящая о ее милосердии. Васильком, у которого четырехугольный стебелек, лечили перемежающуюся четырехдневную лихорадку, а вот яблоко было символом зла. Мандрагора, как считалось, возбуждает чувственность, а также одержимость. Когда ее вырывают, она кричит, и тот, кто слышит крик, умирает или сходит с ума. В последних двух случаях средневековые люди определяли смысл этимологией: яблоко по-латыни malum, что значит также и «зло», а мандрагора — это дракон человечества (английское mandrake).
Животный мир чаще всего виделся как сфера зла. Страус, откладывающий яйца в песок и забывающий их высиживать, — таков был образ грешника, не помнящего долга перед Богом. Козел символизировал сластолюбие, скорпион, кусающий хвостом, воплощал в себе лживость и, кроме того, евреев. Символика, связанная с собакой, раздваивалась, включая в себя античную традицию, в которой она была символом нечистого, и тенденцию феодального общества к реабилитации собаки как животного благородного, необходимого спутника сеньора на охоте, как символа верности, самой возвышенной из феодальных добродетелей. Но настоящими обличьями дьявола выступали фантастические звери, имевшие сатанинское происхождение: все эти аспиды, василиски, драконы, грифоны. Двойственный смысл имели лев и единорог. Будучи символами силы и чистоты, с одной стороны, они могли также выражать свирепость и лицемерие — с другой. Впрочем, единорог в конце средних веков был идеализирован, вошел в моду и был увековечен в серии ковров «Дама с единорогом».
Средневековая символика нашла исключительно широкое поле для применения в богатой христианской литургии, а еще раньше в самом строении религиозной архитектуры. Смысл двух главных типов церковных зданий объяснил Гонорий Августодунский. И круглая, и крестообразная форма являлись образами совершенства. Легко понять, что круглая форма несла в себе завершенность круга. Но нужно понимать, что крестообразный план здания — это не только изображение распятия Христа. Еще важнее то, что форма ad quadratum, базирующаяся на квадрате, обозначала четыре основных направления, символизировавших вселенную. И в том, и в другом случае церковь олицетворяла микрокосм.
Особое место среди важнейших форм средневековой символики занимала символика чисел: структурируя мысль, она стала одним из главенствующих принципов в архитектуре. Красоту выводили из пропорциональности, из гармонии, отсюда и превосходство музыки, основанной на науке чисел. «Знать музыку, — говорил Фома Йоркский, — это значит прежде всего знать порядок всех вещей». Архитектор, согласно Гильому Пассаванскому, епископу Манса с 1145 по 1187 г., — «это композитор». Соломон сказал Господу: «Ты все расположил мерою, числом и весом» («Omnia in mensura et numero et pondere disposuisti»). Число — это мера вещей.
Так же как и слово, число смыкается с реальностью. «Создавать числа, — говорил Тьери Шартрский, — это значит создавать вещи». И искусство, поскольку оно является подражанием природе и творению, должно руководствоваться счетом. Согласно Кеннету Джону Конанту, вдохновитель построения церкви аббата Гугона в Клюни, начатой в 1088 г. (Клюни III), монах Гунзо (миниатюра изображает его видящим во сне святых Павла и Этьена, которые намечают ему веревками план будущей церкви) был признанным музыкантом (psalmista praecipuus). Символическим числом, которое как бы вбирало в себя, согласно Конанту, всю числовую символику, использованную при построении здания, считалось в Клюни число 153; это количество рыб в Чудесном лове рыбы.