Процесс практической подготовки интервенции явился кульминационным моментом контрреволюционной деятельности. ЦРУ взяло на себя политическое «руководство» действиями, пытаясь сгладить разногласия, которые существовали между пятью различными группами кубинских контрреволюционеров. Эта операция осуществлялась в Мексике. Образовавшаяся антикубинская организация получила название Революционно-демократический фронт, во главе которого стоял Тони де Барона, а в качестве контролера со стороны ЦРУ действовал Мануэль Артиме Буэса (примыкавший к революционному движению на Кубе в 1958 году). Подготовка проводилась на базах Флориды, Никарагуа и Гватемалы. Сам президент Гватемалы Мануэль Идигорас Фуентес в декабре 1961 года признал участие своей страны в подготовке интервенции против Кубы. Одним из центров подготовки в Гватемале была кофейная плантация Роберто Алехоса.
30 октября 1960 года в гватемальской газете «Ла Ора» появилось сообщение о подготовке наемников, а на следующий день представитель Кубы сделал соответствующее заявление в Организации Объединенных Наций. Конечно, тогдашний американский представитель в ООН Эдлай Стивенсон «опроверг» его.
В декабре 1960 года журнал «Нэйшн» опубликовал серию сообщений об обучении наемников в Гватемале, а 10 января 1961 года подробную статью об этом напечатала газета «Нью-Йорк таймс». За несколько дней до интервенции две уже готовые статьи на эту тему - одна должна была быть помещена в журнале «Нью рипаблик», а другая в той же самой «Нью-Йорк таймс» - были запрещены (первая - самим президентом Кеннеди).
Интервенты в количестве 1500 человек 14 апреля 1961 года погрузились на корабли в Никарагуа; их провожал лично президент Никарагуа Луис Сомоса. Операция проходила под прикрытием эскадренных миноносцев флота Соединенных Штатов и самолетов американских ВВС, которые, однако, так и не приняли непосредственного участия в военных действиях (много лет спустя работники ЦРУ все еще утверждали, что, если бы Кеннеди отдал приказ американским вооруженным силам вступить в действие, операция не провалилась бы...).
Провал операции привел к замене Аллена Даллеса на посту директора ЦРУ калифорнийским промышленником Джоном Маккоуном; вместо заместителя директора генерал-майора Чарльза Кейбелла был назначен генерал-майор Маршалл (Пэт) Картер; произошли изменения и в руководстве Управления секретных служб: Ричард Биссел был заменен Ричардом Хелмсом, своим заместителем.
Во время операции наряду с другими радиостанциями радиосвязь обеспечивала «Радио Суон», находившаяся в Майами и являвшаяся собственностью «Гибралтар стимшип корпорейшн». Любопытно, что в совет директоров этой компании входит американский сенатор Смит, утверждавший, что, согласно каким-то документам, острова Суон принадлежат его семье
После провала операции в течение по крайней мере десяти последующих лет ЦРУ продолжало выплачивать жалованье «ветеранам» интервенции против Кубы.
В борьбе с революционной Кубой прибегали к различным видам саботажа. Например, в августе 1962 года английский корабль, зафрахтованный СССР для перевозки кубинского сахара, вынужден был из-за аварии вернуться в один из портов Пуэрто-Рико. Воспользовавшись случаем, агенты ЦРУ отравили сахар. ЦРУ планировало также продажу постоянным клиентам Кубы сахара по низким ценам, чтобы сорвать ее торговые сделки. Однако этот план не был осуществлен.
Широкий размах приняли террористические акты. Некоторые из них отличались настоящим садизмом, сродни правому терроризму, который свирепствует в Аргентине. В качестве примера можно привести случай с 16-летним Мануэлем Асунсе Доменечем.
26 ноября 1961 года Мануэль пришел в дом крестьянина Педро Лантигуа обучать хозяина грамоте. Ночью в этот дом ворвались контрреволюционеры и потребовали выдать учителя. Крестьянин пытался спасти его, назвав своим сыном, но Мануэль сказал, что он учитель. Обоих потащили за дом, зверски пытали и потом повесили на дереве. Этим и другими подобными актами контрреволюционеры пытались запугать тысячи молодых учителей и их семьи, чтобы сорвать кампанию по ликвидации неграмотности на Кубе.
13 сентября 1964 года испанский пароход «Сьерра Арансасу», доставлявший товары на Кубу, был ночью предательски атакован и подожжен всего в 70 милях от ее берегов. В результате этого нападения капитан и два члена команды погибли, восемь (из двадцати) членов команды были ранены.