Штаб Рожественского в течение двух недель со дня прихода эскадры сильно расширился и размещался в основном на крейсере «Урал». Только когда этот крейсер ушел из бухты Новик в порт на оснащение воздухоплавательным оборудованием, штаб и все учебные классы с него съехали на берег, расположившись в штабных помещениях и казармах форта Русских. Но это был штаб действующей эскадры флота, так сказать походный штаб командующего, который, несмотря на новые обязанности, по-прежнему был намерен лично руководить основными операциями на море.
Для управления военно-морскими делами на всем обширном театре боевых действий параллельно в самом Владивостоке шло формирование основного штаба флота, для размещения которого подыскивалось подходящее здание, поскольку старые помещения оказались теперь тесноваты.
По замыслу наместника, он должен был состоять из разведывательно-аналитического, технического, тактического и стратегического отделов. Кроме того, в него обязательно должна была войти артиллерийская комиссия, продолжавшая опыты со снарядами и пушками и способами управления огнем. Причем теперь внимание обращалось и на береговые пушки, в том числе и старых не скорострельных моделей, с разработкой новых методик их применения и доработкой боекомплектов. Также в составе штаба должен был работать и комитет перспективных вооружений, занимавшийся в основном аэростатами и подлодками.
Комплектовались оба штаба преимущественно из офицеров, имевших боевой опыт, в том числе и из тех, что раньше были на штабной работе во Владивостоке или даже в Порт-Артуре. Так в тактическом отделе работал капитан второго ранга Кладо, бывший начальником военно-морского отдела в штабе Скрыдлова. А разведывательно-аналитический отдел возглавил капитан второго ранга Русин. Общая численность штабных офицеров перевалила за сто человек, и работы хватало всем. Все ответственные должности комплектовались добровольцами и только после личной беседы с командующим. Самым строжайшим образом соблюдалась секретность.
Разведывательная деятельность резко усилилась. Расширялась сеть агентов в Китае, Корее и Шанхае, а к Японским и Корейским берегам снарядили и отправили вторую разведочную экспедицию из шхун. Кроме того, из Петербурга русские военные атташе в Англии, Франции, Германии и САСШ получили списки наиболее активно сотрудничающих с Японцами фирм и начали наблюдение за ними.
От многочисленной агентуры на местах все время поступали свежие сведения о противнике. Крупинки информации от агентов среди портовых рабочих и грузчиков стекались к русским резидентам, и уже обработанные и проверенные отправлялись во Владивосток, где все это анализировалось, еще раз проверялось и складывалась в общую картину. К началу июня уже было известно, что броненосные крейсера японцев «Токива» и «Адзума» ремонтируются в Сасебо, а «Якумо» в Нагасаки.