Старая вера в естествознание, в то, что люди подобны деревьям в лесу, давала герою возможность смотреть на мир оптимистически. Она вселяла уверенность, что нет нужды ученому и революционеру заниматься каждым отдельным человеком: самой природой установлена в мире некая общность, некий инстинкт общественной солидарности. Исправьте общество в соответствии с голосом этих инстинктов — и социальных болезней не будет. Любовь к Одинцовой поколебала оптимистические, но довольно абстрактные убеждения. В душу Базарова проникло сомнение: может быть, Одинцова права, может, точно всякий человек — загадка. Начался глубокий кризис антропологизма, веры в неизменную биологизированную им природу человека: эта вера оказалась бессильной перед открывшейся сложностью человеческого бытия, перед тайнами человеческой индивидуальности, перед парадоксами человеческого духа.
Не умея ответить на роковые вопросы о драматизме любви и познания, о смысле жизни и таинстве смерти, Базаров еще пытается, используя ограниченные возможности современного ему естествознания, хотя бы заглушить в сердце человеческом ощущение трагической серьезности этих вопросов. Но как незаурядный человек, герой не может сам с собой справиться: данные естественных наук его от этих тревог не уберегают. Он еще склонен как нигилист упрекать себя в отсутствии равнодушия к презренным аристократам, к несчастной любви, поймавшей его на жизненной дороге; в минуты отчаяния, когда к нему пробирается «романтизм», он негодует, топает ногами и грозит себе кулаком. Но в преувеличенной дерзости этих упреков скрывается другое: и любовь, и поэзия, и сердечное воображение прочно живут в его собственной душе.
Трагизм положения Базарова еще более усугубляется под кровом родительского дома. Мрачному, замкнутому герою противостоит великая сила безответной родительской любви. Но как и в истории с Одинцовой, Базаров безжалостно давит в себе сыновние чувства, боясь «рассыропиться», и чем больше они сопротивляются, тем сильнее раздражается герой. В поведении Базарова с родителями нарушаются извечные ценности нравственной культуры. Не случайно в рассказе о жизни старичков Базаровых «в мифологию метнул» не только Василий Иванович, но и сам автор «Отцов и детей».
В трактате Цицерона «О старости» любовно повествуется о прелести земледельческого труда: по нормам античности это занятие наиболее соответствовало образу жизни мудреца, старого человека. Подобно античным мудрецам, живет в своем имении Василий Иванович Базаров: «А ты посмотри, садик у меня теперь какой! Сам каждое деревце сажал. И фрукты есть, и ягоды, и всякие медицинские травы».
Однако вместо ожидаемой гармонии в жизнь Василия Ивановича с приездом сына вторгается неожиданный диссонанс. «Потом явился на сцену чай со сливками, с маслом и кренделями; потом Василий Иванович повел всех в сад, для того чтобы полюбоваться красотою вечера. Проходя мимо скамейки, он шепнул Аркадию: «На сем месте я люблю философствовать, глядя на захождение солнца: оно приличествует пустыннику. А там, подальше, я посадил несколько деревьев, любимых Горацием».
Базаров попадает в историю, аналогичную той, которая с ним случилась в Марьине. Герой смеялся там над мечтательностью Николая Петровича, над его любовью к природе и поэзии, отвергал всякого рода философствования, а теперь у своего отца столкнулся с теми же самыми «болезнями». Но повторяется старая история по-новому. Ведь отец Базарова — плебей. Никакой дворянской изнеженности — «вся жизнь на бивуаках». И в то же время у этого плебея поистине патрицианская гордость ничуть не меньше, чем у Павла Петровича. «Как некий Цинциннат», римский патриций, он трудится в поле, обрабатывая землю сам, и очень гордится этим. Известно, что земледелием в Древнем Риме занимались почти все прославленные сенаторы, а Луция Квинкция Цинцинната известили о назначении диктатором, когда он пахал. Об участи Цинцинната Василий Иванович, конечно, не мечтает, но речь о Горации заходит в романе не случайно. Отец его был незнатного происхождения, но всеми силами старался возвысить своего сына. Собрав последнее, старик Гораций отправился со своим сыном в Рим с твердым намерением дать ему такое же воспитание, какое получали дети римских сенаторов и всадников. Вот почему в разговоре с Аркадием в характере Василия Ивановича проявляется довольно трогательная черта: «А я, Аркадий Николаич, не только боготворю его, я горжусь им, и все мое честолюбие состоит в том, чтобы со временем в его биографии стояли следующие слова: «Сын простого штаб-лекаря, который, однако, рано умел разгадать его и ничего не жалел для его воспитания...» — голос старика прервался».