В конце XVII века главный «птенец гнезда Петрова» князь А. Д. Меншиков выкупил землю к северу от храма и на месте нынешнего Главпочтамта (улица Мясницкая, 26) устроил обширную усадьбу. Церковь Архангела Гавриила оказалась внутри владения князя и стала домовой церковью семьи Меншиковых. В 1701 году храм обновили и пристроили к нему с юга Введенский придел. Спустя три года Меншиков принимает решение снести старую церковь и построить на ее месте новую. По одной из версий, причиной этому послужило то, что Александр Данилович привез из Полоцка древнюю Полоцкую икону Божией Матери, написанную, по преданию, евангелистом Лукой, и пожелал специально для этого образа выстроить новый каменный храм.
К 1707 году возвели невероятное по высоте и оформлению сооружение в стиле западноевропейского барокко. Церковь Архангела Гавриила высотой 81 метр стала самым высоким зданием в Москве. Меншиков специально задумал построить храм, который был бы выше колокольни Ивана Великого. Этим он как будто демонстрировал свою независимость и величие. Не испугал князя даже запрет на строительство в Москве сооружений, превышающих высоту Ивана Великого. Над возведением исполинской церкви трудились лучшие западные и отечественные архитекторы. Организатором проектных и строительных работ стал известный архитектор И. П. Зарудный. «Архитектонским начальником» был назначен молодой Доменико Трезини – будущий создатель Летнего дворца Петра I, Петропавловского собора и здания Двенадцати коллегий в Петербурге. Кроме того, в артели Зарудного было девять архитекторов и скульпторов, специально приглашенных Меншиковым из Италии. Возводила церковь артель искусных резчиков и каменщиков из Костромы и Ярославля, которым помогали коллеги из Южной Швейцарии.
Александр Данилович не поскупился на строительство храма Архангела Гавриила. В Англии были приобретены часовой механизм и пятьдесят колоколов. Часы отбивали каждые четверть часа, полчаса и час, а в полдень звучала получасовая мелодия из всех колоколов, теша слух москвичей. Церковь состояла из трех восьмериков над четвериком, выступавшим из середины вытянутого «кораблем» нижнего объема. Храм был увенчан тридцатиметровым шпилем с флюгером в виде парящего ангела с крестом в руках. Стены Гаврииловской церкви были декорированы лепниной, скульптурными группами, статуями, картушами, гирляндами из цветов и фруктов. Нижний восьмерик украшали эффектные скульптуры ангелов с орудиями страстей Христа. Особенно удачной находкой Зарудного были массивные волюты главного фасада, выступающие из основного объема и подчеркивающие его мощь.
В 1710 году Меншиков был назначен генерал-губернатором Санкт-Петербурга. Чиновничьи хлопоты и забота о строительстве петербургской резиденции отвлекали Александра Даниловича от всяких московских дел. К тому времени он уже охладел к своему детищу, отозвал большую часть работавших над церковью Архангела Гавриила мастеров из Москвы в Петербург и практически прекратил финансировать проект Зарудного. Зарудный умолял Меншикова продолжить начатое дело, он докладывал князю, что кровля на церкви пропускает течь, шпиль, глава и все деревянное строение, где находятся часы, от сырости и гнили угрожают падением, внутри иконостас не доделан, и народ ропщет, что церковь стоит «аки в запустении». Но Александр Данилович уже потерял к нему всякий интерес. Вскоре ложа Меншикова внутри церкви была переделана в придел преподобного Сергия Радонежского, известного с 1625 года и упраздненного в советское время.
День 14 июня 1723 года стал черным днем для церкви Архангела Гавриила. Накануне во время вечерней молитвы скончался священник. В третьем часу пополудни во время отпевания набежала гроза и ударила прямо в шпиль храма. Сначала загорелся купол, а затем огонь перекинулся на верхний деревянный восьмерик, в котором помещался часовой механизм. В результате все пятьдесят английских колоколов упали, проломив своды церкви. В пожаре погибли часы, статуи и большая часть только что завершенной отделки четверика. В некоторых источниках указываются и человеческие жертвы: прихожане пытались спасти церковные ценности. После пожара службы сначала проходили в двух приделах Гаврииловской церкви, а потом на некоторое время богослужения прекратились. Большинство москвичей звало полуразрушенное сооружение Меншиковой башней.