Высадка началась 2 июня в 6 часов 40 мин. Спокойное состояние моря позволило до полудня свести всю пехоту на намеченные участки берега. Но затем на море появилась зыбь, и увеличился прибой, что значительно усложнило выгрузку. К 17 часам сила прибоя стала настолько велика, что сперва пришлось отказаться от использования ботов и самоходных барж, а вскоре и «Эльпидифоры» оказались не в состоянии удерживаться во время выгрузки на кормовых якорях.
На некоторых участках высадки, наиболее закрытых, все же удалось использовать «Эльпидифоры». Приткнув их к берегу и удерживая от выброса на берег буксирами, «Эльпидифоры» использовали в качестве пристаней для самоходных барж. С некоторыми перебоями высадка продолжалась до темноты, когда уже стало опасно пользоваться этими импровизированными пристанями. В 22 часа выгрузка была приостановлена. Так как погода обещала ухудшиться, 12 выгрузившихся транспортов вместе с судном начальника транспортной флотилии и со всей внешней охраной с наступлением темноты ушли в Батум. Восемь транспортов осталось неразгруженными, и морское начальство, непонятно чего испугавшись, велело им идти в Батум.
Всего было перевезено 17 825 человек, 2197 лошадей и скота, 800 повозок и 800 тонн груза. Из этого числа невыгруженными остались 100 повозок, 900 лошадей, 1050 человек обозной команды и 650 тонн груза, которые были доставлены затем из Батума в Трапезунд на местных транспортных средствах.
На этом совместные действия армии и флота на Трапезундском направлении в основном были закончены. В дальнейшем усилия флота были направлены на усиление Трапезундского укрепленного района и создания базы снабжения Кавказской армии.
Для обороны Трапезунда и его района с моря состав Батумского отряда был пополнен бригадой броненосцев «Евстафий», «Иоанн Златоуст» и «Пантелеймон», базировавшихся в Батуме. Этих сил было достаточно как для прикрытия района от «Гебена», так и для поддержки сухопутного фронта в случае, если турки предприняли бы операцию против Трапезунда. Однако в дальнейшем, вплоть до фактического прекращения в 1917 г. боевых действий в прибрежном районе, происходили только мелкие стычки на различных участках приморского фронта, требовавшие по большей части содействия только эскадренных миноносцев.
Летом 1916 г. на Черном море усилилась активность германских подводных лодок. Так, 31 мая к берегам Кавказа вышла большая подводная лодка U-38. На ее борту находились три диверсанта-горца (черкеса). 3 июня они были высажены в 45 милях к северу от Батума. 7 июня на рассвете U-38 заметила три танкера, шедшие без огней в кильватерной колонне. Подводная лодка заняла позицию для атаки. Но танкеры на дистанции 11–16 кабельтовых (2–3 км) открыли меткий огонь из орудий 75-мм калибра. Германская подводная лодка была вынуждена погрузиться. Она выпустила одну торпеду, от которой танкеры уклонились маневрированием.
8 июня U-38 в 3–4 милях от берега попала торпедой в транспорт №21, шедший порожняком. Второй транспорт (№ 77) уклонился от торпеды и выбросился на берег. Третий транспорт (№ 39) также выбросился на берег. U-38 вплотную подошла к берегу и расстреляла оба транспорта из 88-мм пушки. Все три транспорта обеспечивали снабжение Кавказской армии. Затем подводная лодка U-38 артиллерийским огнем потопила 700-тонную трехмачтовую шхуну. Попытка U-38 произвести атаку в гавани Туапсе не удалась. 10 июня германская подводная лодка артиллерийским огнем потопила груженый пароход водоизмещением в 400 тонн. Во время атаки на пароход с берега по подводной лодке открыли энергичный огонь из орудий малого калибра, но снаряды ложились недолетами. Во время крейсерства в южной части Черного моря подводная лодка U-38 заметила дредноут «Императрица Мария», шедший зигзагообразным курсом. Командир германской лодки выпустил с дистанции 8–10 кабельтовых (1,5–1,9 км) две торпеды, но торпеды прошли мимо. 14 июня U-38 вернулась в Босфор.
С 26 июня по 9 июля у берегов Крыма безрезультатно крейсировала малая подводная лодка UB-14.
После 8-дневного ремонта U-38 26 июня снова вышла в Черное море. Вновь у Анакрии 29 июня было высажено пять диверсантов-горцев.
2 июля U-38 у берегов Кавказа обнаружила три парохода водоизмещением около 4000 тонн под конвоем вооруженной паровой яхты. Лодка выпустила торпеду в головной пароход, но результата действия ее увидеть не удалось, так как лодка была атакована яхтой и не замеченным ранее эскадренным миноносцем. На лодку было сброшено несколько бомб. Поврежденной U-38 с трудом удалось уйти. Позже лодка потопила еще два парохода водоизмещением по 3000 тонн и 13 июля вернулась в Босфор. 12 августа U-38 ушла в Эгейское море.