Наставником шехзаде Мурада был великий визирь Баязид-паша. Под его руководством Мурад познавал науку правления в качестве Румийского санджак-бея (не надо путать Рум, включавший в себя северную и центральную части Анатолии, с балканской Румелией). После смерти султана Мехмеда Баязид-паша через своего дальнего родственника Хаджи Иваз-пашу, бывшего одним из султанских визирей, скрывал смерть правителя до тех пор, пока в Бурсу для участия в джюлюсе не прибыл шехзаде Мурад. Этот поступок позволил Баязиду-паше сохранить должность великого визиря при новом султане и получить в придачу должность бейлербея Румелии, а после его гибели великим визирем стал Хаджи Иваз-паша. На момент прихода к власти у семнадцатилетнего Мурада было три младших брата – двенадцатилетний Мустафа, восьмилетний Юсуф и семилетний Махмуд. Согласно предсмертному распоряжению Мехмеда Первого, Юсуфа и Махмуда следовало отправить в Константинополь в качестве заложников. Начало этой традиции, крайне унизительной для османских правителей, положил брат Мехмеда, Сулейман, и до поры до времени ее приходилось соблюдать. Верхом унижения было то, что султанам приходилось платить византийскому императору за содержание своих родственников. Надо понимать, что Мурад отказался отправлять братьев в Константинополь не из любви к ним, а из желания иметь претендентов на престол при себе, дабы византийцы не смогли бы использовать их против него. Слишком уж свежа была в памяти история с братьями Мехмеда Первого, а с самозванцем, выдававшим себя за сына Баязида Мустафу, еще не было покончено.
После казни лже-Мустафы султан Мурад решил покарать византийцев, которые поддерживали самозванца. На тот момент возрожденное государство османов уже стало настолько сильным, что снова могло соперничать с Византией. В июне 1422 года османская армия под командованием бейлербея Румелии Мехмед-бея Михалоглу осадила Константинополь. 24 августа османы попытались штурмовать город, но без мощной артиллерии и поддержке с моря эта затея была обречена на неудачу. Мехмед-бей потерял много воинов, но так и не смог пробиться в город.
Убедившись в том, что султан Мурад не намерен заключать мира ни на каких условиях, византийский император Мануил Второй решил всадить очередной кинжал в спину султану. Действуя через наставника и ближайшего советника шехзаде Мустафы (брата Мурада, а не уже казненного к тому времени самозванца) Шарабдара Ильяс-пашу, Мануил подтолкнул шехзаде к мятежу против старшего брата. Тринадцатилетний Мустафа пошел на поводу у своего советника и в середине 1422 года предъявил претензии на султанский трон. К нему сразу же примкнуло несколько знатных беев, надеявшихся вытащить жирные куски мяса из кипящего котла мятежа.
Мураду пришлось снять осаду Константинополя для того, чтобы восстановить порядок в государстве. По примеру своего отца, султан действовал дипломатично – он обещал прощение всем, кто перейдет на его сторону, а Ильяс-паше, зачинщику и руководителю восстания, пообещал должность бейлербея. Ильяс-паша проявил благоразумие и выдал посланцам Мурада своего воспитанника, который сразу же был удавлен. Этот мятеж окончательно убедил Мурада и тех, кто правил после него, что ради спокойствия государства султан должен обезопасить себя от братьев, которые тоже могут претендовать на трон. Принцип старшинства или же назначения преемника в Османской империи не действовали, султаном становился тот, кого поддерживала высшая знать. При таком раскладе родные братья представляли большую угрозу для султана. Сын Мурада Мехмед возведет предосторожность в ранг закона, о котором будет рассказано в конце этой главы. Юсуфа и Махмуда Мурад приказал ослепить. В 1429 году оба шехзаде умерли в Бурсе (как принято считать – от чумы).