1842 г. принял решение о возобновлении монастыря. Однако торжественное его открытие было отложено архиепископом на лето. И не только потому, что надо было найти и вернуть монастырские церковные вещи, розданные и распроданные при закрытии монастыря. Иннокентий хотел совместить эту церемонию с другой, не менее торжественной. Он добивался учреждения ежегодного крестного хода с перенесением чудотворной иконы Ахтырской Божией Матери из городского Петровского собора в Ахтырский монастырь. Вечером 2 июля
1843 г. в день обретения Чудотворной иконы Иннокентий совершил Божественную литургию в Петровском соборе, а в 7 часов утра возглавил крестный ход из города в монастырь, стоящий на высокой горе. Губернатор вместе с губернским предводителем дворянства несли чудотворную икону Богоматери. Завершился крестный ход литургией в Троицком соборе монастыря и закладкой каменного здания теплого храма и братских келий. В конце литургии Иннокентий произнес слово, начинающееся текстом из Екклезиаста: «Есть время всякой вещи под небесем; есть время созидати, и есть время разрушати». Крестный ход и проповедь Иннокентия в монастырском соборе произвели сильное впечатление на слушателей. В тот же день в монастырь стали поступать щедрые дары, и уже через четыре года он был полностью восстановлен и обновлен. Сюда на богомолье, как и раньше, устремились паломники [Там же: 214-216].
Для Гоголя и его родных это событие имело особый смысл. Именно здесь во время богомолья к чудотворной иконе Ахтырской Богоматери произошло событие, соединившее родителей писателя. На будущую жену Василию Афанасьевичу указала Царица Небесная, дважды явившись ему во сне. Мария Ивановна Гоголь подробно описала в письме С.Т. Аксакову необычную историю своего раннего, в 14 лет, замужества. Василий Афанасьевич, будучи одержим в молодости многими болезнями, «ездил со своей матушкой в Ахтырку, Харьковской губернии, на богомолье, там есть чудовной (т. е. чудотворный -
За время управления харьковской епархией Иннокентию удалось восстановить еще два монастыря: знаменитый Святогорский, названный современниками «Русским Афоном», и Харьковский Покровский, а также учредить девичий Никольский монастырь в 30 верстах от Харькова в помещичьем имении Степановых. Его владельцы братья Степановы после смерти отца обратились к Иннокентию с предложением основать в их поместье женский монастырь с тем, чтобы при нем было училище для сиротствующих девиц духовного звания, а его настоятельницей сделать свою сестру, монахиню Курского Борисоглебского монастыря. Братья готовы были пожертвовать на устроение монастыря до трехсот тысяч рублей и передать в его собственность, помимо строений и церкви, землю и лес. Иннокентию пришлось приложить немало усилий, чтобы убедить Синод принять предложение богатых помещиков. Кто-то, однако, внушил братьям, что девичье училище может нарушить «безмятежие иноческого жития», и они от его устройства отказались. Остальные условия превращения имения в монастырь были выполнены. Монастырь был назван по имени Святителя Николая, которого особо чтила их покойная мать, а его настоятельницей стала Елисавета Степанова, в монашестве мать Эмилия, которая была возведена по представлению Иннокентия в сан игуменьи.