Когда император, окруженный новыми итальянскими советниками, появился в Германии, немцев одинаково неприятно поразили его римский церемониал и аскетическое благочестие, несовместимые с их представлениями о германском государе: традиция, уходившая корнями в общество древних германцев, не знала столь резкого его обособления от своих подданных и прежде всего от знати. Хотя официальная встреча, устроенная Оттону III в Регенсбурге, и была, по словам Титмара Мерзебургского и других анналистов, необычайно пышной («вся Галлия (то есть Лотарингия. —
Около середины февраля 1000 года Оттон III уже был на границе владений польского князя Болеслава I Храброго, лично прибывшего встречать его. В сопровождении Болеслава император и его свита направились в Гнезно. К самой могиле чтимого им святого Оттон III не решился приблизиться иначе как босиком. Затем он в полном согласии с папой Сильвестром II учредил самостоятельное, независимое более от немецкой церкви Гнезненское архиепископство, во главе которого поставил брата Адальберта — Гауденция, еще в Риме рукоположенного в сан архиепископа. Хотя Польша и должна была стать частью той христианской империи, о которой грезил Оттон III, тем не менее он выпустил из рук такой важный инструмент, с помощью которого немцы до сих пор овладевали (и не только в религиозном и культурном, но и в политическом отношении) славянским Востоком, как церковь. Польский князь Болеслав I Храбрый получил в отношении церквей его государства и миссионерской деятельности те права, которыми прежде обладал только император. Оттон III заключил с ним и более широкий, чем прежде, договор о дружбе. Он пожаловал ему титул патриция, назвал его «братом и соратником Империи», «другом и союзником римского народа», возложил ему на голову собственную корону и пожаловал ему точную копию Священного копья, содержащую частицу драгоценной реликвии — гвоздь с креста Иисуса Христа. Это копье и поныне хранится в Краковской соборной сокровищнице. Античные выражения, определявшие новый статус Болеслава, отражали дух «Возрождения Римской империи». Уже само верховенство над церковью ставило Болеслава выше немецких герцогов и приближало к рангу короля. Отныне он, освободившись от даннической зависимости от Германского королевства, подчинялся только императору, а Польша должна была стать составной частью Империи. В Германию Оттон III возвращался в сопровождении Болеслава и трехсот польских всадников. Итогом его паломничества в Гнезно явились возвышение культа Адальберта и заметное ослабление реального влияния немцев на дела в Польше, о чем его не раз упрекали современники и потомки.
В Германии Оттон III направился во вторую столицу Империи — в Ахен, где на Троицу состоялся синод для решения церковных вопросов, в том числе и об учреждении Гнезненского архиепископства, по мнению многих, весьма уязвимого в каноническом отношении. Тогда же Оттон III велел отыскать в дворцовой капелле Св. Марии захоронение Карла Великого, о точном расположении которого не знали с тех пор, как здесь в конце IX века похозяйничали норманны. Когда удалось его обнаружить под мраморным троном в западном портале капеллы, он распорядился вскрыть гроб и взял из него золотой нашейный крест, а также кусочки еще не истлевшей одежды боготворимого им императора. Многие осудили этот поступок Оттона III как святотатство, а один из современных анналистов пошел еще дальше, истолковав безвременную кончину императора спустя полтора года как расплату за содеянное: «За это, как позднее выяснилось, его постигла кара Вечного Спасителя». За свою короткую жизнь Оттон III не раз повергал мир в изумление, за что и прозвали его «Чудом света». Тем более примечательно, что Титмар Мерзебургский отнесся к этому поступку императора с пониманием, истолковав его как очередной шаг на пути «Возрождения империи римлян»: это могло расцениваться как возрождение античного обычая, ибо в свое время Цезарь специально посетил могилу Александра Великого в Александрии, а Октавиан Август велел вскрыть ее. Как они выразили свое почтение к македонскому герою, так и Оттон III почтил память Карла Великого, идейно-политическое наследие которого вошло неотъемлемой составной частью в его универсальную христианскую империю.
Крест из могилы великого франка должен был символизировать преемственность традиции.