Учитывая важное значение водного транспорта, в 1943 г. принимались дальнейшие меры по улучшению его работы. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 8 мая 1943 г. на речном транспорте было введено военное положение. В целях быстрейшего восстановления движения на освобождаемых от противника речных бассейнах в конце 1942 — начале 1943 г. были созданы военно-восстановительные управления и отряды НКРФ. Однако ввиду слабой оснащенности и укомплектованности они не справлялись с подъемом затонувших судов. В связи с этим организация судоподъема на речных бассейнах была возложена на Военно-Морской Флот, которым летом 1943 г. было сформировано Управление судоподъемных и аварийно-спасательных работ на речных бассейнах (УАСР), а также соответствующие отделы и группы, подчиненные военным флотилиям. Это позволило к 1 января 1944 г. поднять 491 судно291
. К концу 1943 г. на освобожденных от противника водных бассейнах было сформировано дополнительно два управления начальников передвижения войск и несколько комендатур, что также способствовало восстановлению этих бассейнов и лучшему использованию их для воинских перевозок.Третий период войны характеризовался завершением освобождения от немецко-фашистских оккупантов всех внутренних водных путей СССР, черноморских портов и большинства портов Балтийского моря. Однако использование их было связано с большими трудностями.
Захватчики нанесли хозяйству водного транспорта огромные разрушения, основные фарватеры были заминированы. Восстановительные же работы развертывались медленно вследствие отсутствия специальных подвижных сил и средств. Удаление фронтов от наиболее развитых и грузонапряженных водных коммуникаций постоянно увеличивалось, ограниченное наличие фронтальных водных путей в районах, где развертывались боевые действия, не благоприятствовало использованию водного транспорта для воинских перевозок. В силу этого общий объем воинских перевозок, выполненных в третий период войны водным транспортом, по сравнению с предыдущими периодами уменьшился.
Главным видом воинских перевозок в это время являлись снабженческие централизованные и внутриокружные перевозки во внутренних районах страны. В навигацию 1944 г. более половины снабженческих перевозок составило горючее, которое по Каспийскому морю и Волге доставлялось в пункты перегрузки его на железную дорогу. В оперативном тылу водный транспорт использовался лишь в некоторых операциях: в Белорусской — реки Припять и Березина, в Свирско-Петрозаводской — р. Свирь и Ладожское озеро. Частично для подвоза войскам 3-го Украинского фронта и оказания помощи Народно-освободительной армии Югославии использовался также Нижний Дунай. Систематические перевозки по этой реке развернулись в конце 1944 г. Для руководства воинскими перевозками по Дунаю в октябре 1944 г. было сформировано Управление начальника передвижения войск в Дунайском бассейне, реорганизованное в апреле 1945 г. в Дунайское военно-транспортное управление (ДВТУ) Центрального управления военных сообщений и Наркомата морского флота.
Морской транспорт как средство подвоза на фронтах в третий период войны использовался также ограниченно — в основном из-за наличия минной угрозы. Из оперативных перевозок, выполненных морским транспортом в 1944 г., можно отметить завершение в январе сосредоточения войск 2-й ударной армии на ораниенбаумском плацдарме при подготовке наступательной операции под Ленинградом. На этот плацдарм, в тяжелых ледовых условиях, под артиллерийским обстрелом противника, силами Балтийского флота было доставлено морем из Ленинграда и Лисьего Носа 17,2 тыс. человек, 105 танков, 552 автомашины и много другой техники. Для Отдельной Приморской армии, действовавшей на керченском плацдарме, Черноморский флот и Азовская военная флотилия с января по апрель 1944 г. доставили через Керченский пролив около 300 тыс. т воинских грузов.
Во время Петсамо-Киркенесской операции морской транспорт подал для 14-й армии 10,5 тыс. т материальных средств.
Более значительные воинские перевозки осуществили Черноморский военно-морской флот и Черноморское пароходство в конце 1944 г. В период освобождения Правобережной Украины, Румынии и Болгарии по Черному морю были перевезены некоторые тыловые части и учреждения 2-го и 3-го Украинских фронтов. Одновременно с этим осуществлялся подвоз материальных средств войскам этих фронтов с последующей перевалкой на железную дорогу, а также эвакуация раненых и больных, военнопленных и различного имущества. Всего в порты Констанца и Варна было перевезено судами Черноморского пароходства 224,1 тыс. т снабженческих воинских грузов, в том числе в навигацию 1944 г. — 79,7 тыс. т.