Одной из важных задач трофейной службы на заключительном этапе войны была забота об охране исторических и культурных ценностей (музеев, картинных галерей и прочее) на освобожденной от противника территории. В этом сказалось одно из проявлений освободительной миссии Советской Армии. Например, во время февральских боев в Восточной Пруссии были спасены от гибели музейные и архивные материалы, относящиеся к жизни и деятельности великого польского ученого-астронома Н. Коперника, впоследствии переданные польскому государству468
. Широко известно о той роли, которую сыграла Советская Армия в спасении всемирно известной Дрезденской картинной галереи. Вместе с работниками трофейной службы в поисках картин активное участие принимала группа московских специалистов во главе с искусствоведом, ныне членом-корреспондентом Академии художеств СССР Н. Соколовой.Новые задачи, возникшие перед трофейной службой в этом периоде войны, обусловили необходимость ее дальнейшего усиления. В апреле 1944 г. в Главном и фронтовых трофейных управлениях учреждаются интендантские трофейные отделы, а в трофейных отделах армий — отделения. Приказом Народного комиссариата обороны СССР от 19 января 1945 г. во фронтах и армиях была введена должность заместителя начальника тыла по трофеям, в штабах тыла организованы отделы по учету и использованию трофейного народнохозяйственного имущества, а в городах и крупных населенных пунктах учреждены помощники военных комендантов по хозяйственным вопросам. Для обеспечения вновь созданных органов необходимыми силами и средствами в феврале 1945 г. было сформировано пять центральных баз трофейного народнохозяйственного имущества, по одному рабочему батальону и одной автороте при каждой из них. На фронтах, действующих за пределами СССР, было сформировано по одному автобату фронтового подчинения, а в каждой армии — один — три рабочих батальона, трофейная база с ротой обслуживания, автомобильная рота и три — пять гуртов скота.
Однако принятые меры не дали желаемых результатов. В это время параллельно существовали как бы две трофейные службы со своими частями и учреждениями. И хотя общее количество их сил и средств резко возросло, использование их было малоэффективным. В связи с этим Трофейный комитет при ГКО был упразднен, а Главное трофейное управление приказом НКО от 28 февраля 1945 г. передано в непосредственное подчинение начальника Тыла Советской Армии. Начальникам тыла были переподчинены и трофейные органы фронтов и армий. Отделы по учету и использованию трофейного имущества при штабах тыла были расформированы, институт помощников военных комендантов по хозяйственным вопросам стал территориальным звеном трофейной службы. Несколько позже для руководства ликвидацией военно-экономического потенциала фашистской Германии был создан специальный комитет при Совете Министров СССР.
Организационные изменения резко повысили эффективность трофейной службы. Несмотря на возросший объем работ по сбору вооружения и боевой техники, в 1945 г. собрано и передано довольствующим службам продфуража в шесть с лишним раз больше, чем в 1944 г.
По окончании войны в Европе для трофейной службы наступил особый период. Наряду с завершением работ по очистке театра военных действий, эвакуации и реализации остатков трофейного имущества, на нее было возложено решение задач по военно-экономическому разоружению фашистской Германии, осуществляемому в соответствии с решениями Потсдамской конференции. В связи с этим в июне 1945 г. на базе трофейных управлений фронтов были созданы отдельные трофейные управления. После создания системы военного управления трофейные управления были усилены и вошли в состав групп войск с подчинением командующим.
Работа трофейной службы в ходе военной кампании на Дальнем Востоке была организована с учетом опыта третьего периода Великой Отечественной войны. Вследствие крайне ограниченных сроков подготовки этой кампании к началу операции не во всех армиях были созданы трофейные органы, и задачи трофейной службы легли на соответствующие органы.