Для Тихоокеанского флота и сухопутных войск, расположенных на побережье, на острове Сахалин, на полуостровах Камчатка и Чукотка, решающее значение в выполнении оперативных, снабженческих и эвакуационных перевозок имели водные пути сообщения. Эти перевозки в подготовительный период осуществлялись по коммуникациям Японского, Охотского и Берингова морей, а также по нижнему течению Амура и через Татарский пролив. Перед началом операции здесь имелось 222 транспортных судна общей грузоподъемностью свыше 1 млн. т. Этот тоннаж обеспечивал потребности в нем, однако использование транспортных судов для воинских перевозок осложнялось недостатком портов и портовых пунктов, их слабым развитием и оборудованием. В большинстве своем к началу подготовительного периода они были не приспособлены для погрузки и выгрузки боевой и транспортной техники и других воинских грузов. В ходе подготовки к операции во Владивостокском порту была развернута специальная база перевалки воинских грузов с железнодорожного на морской транспорт и наоборот. Однако и она не имела своих причалов и необходимого оборудования. Все это отрицательно сказывалось на организации и осуществлении воинских перевозок.
В отдельных случаях воинские перевозки выполнялись и военно-транспортной авиацией. Для этого в состав всех трех фронтов были включены части военно-транспортной авиации. Всего на Дальнем Востоке к началу операции имелось 228 транспортных самолетов, в том числе 189 самолетов в Забайкальском фронте489
.В ходе подготовки к операции командование и органы тыла фронтов и армий уделяли большое внимание вопросам тщательной маскировки, надежной охране и обороне тыловых частей и учреждений, транспортных средств, тыловых пунктов управления. Особо важное значение приобретало сохранение от разрушения железных дорог и прежде всего крупных искусственных сооружений на них — туннелей, мостов и других объектов. В планах операций фронтов были предусмотрены меры по воспрещению разрушения противником железных дорог как на нашей территории, так и при его отходе. Например, во 2-м Дальневосточном фронте для охраны и обороны железных дорог, кроме частей НКВД, привлекалось шесть зенитных бронепоездов, а в 1-м Дальневосточном фронте — восемь бронепоездов и четыре зенитных бронепоезда. В целях противовоздушной обороны ст. Баин-Тумэн командование Забайкальского фронта выделило шесть зенитных артиллерийских дивизионов и отдельную зенитную батарею, специальные самолеты, а для борьбы с диверсионными группами противника — подвижные части490
. Особенно тщательно были разработаны мероприятия по быстрому захвату и надежной охране от возможных диверсий специальных групп противника шести туннелей на железнодорожном участке государственная граница СССР — Муданьцзян, и прежде всего первых трех туннелей на участке государственная граница — Пограничная.В подготовительный период к операции на Дальнем Востоке работа тыла в значительной степени осложнялась большими межфронтовыми и внутрифронтовыми перегруппировками войск. Эти перегруппировки осуществлялись по железной дороге (на расстояние до 1500 км), а также комбинированными маршами на 250–500 км. Всего было перевезено железнодорожным транспортом и совершило марш около 30 дивизий (в том числе кавалерийские части монгольской Народно-революционной армии).
Большая часть оперативных объединений, соединений и частей, прибывших с запада в состав Забайкальского фронта, в том числе 39-я, 53-я общевойсковые и 6-я гвардейская танковая армии, выгружались в районе Чойбалсана. Но в связи с тем что однопутная железная дорога на участке Карымская — Борзя — Баин-Тумэн (Чойбалсан) не могла пропустить в установленные сроки требуемое количество эшелонов, часть артиллерии на механизированной тяге и моторизованные соединения пришлось выгрузить на железнодорожных станциях между Читой и Карымской. Отсюда до района сосредоточения они следовали своим ходом (от 600–700 км до 1000–1200 км). Из района Баин-Тумэна (Чойбалсан) войска всех трех армий и части усиления выдвигались в районы их развертывания на государственной границе еще на 250–300 км. Войска 36-й и 17-й армий для выхода в район развертывания на государственной границе совершили марш на 250–500 км. Одновременно с этим 12-я воздушная армия Забайкальского фронта перебазировалась с аэродромов, расположенных в районах Читы и других, на аэродромы восточной части МНР.