Еще до войны адмирал С. К. Грейг предложил повторить Архипелагскую экспедицию и послать эскадру с сильным десантом в Средиземное море. Этим планом предусматривалось форсирование Дарданелл, бомбардировка эскадрой Константинополя и высадка там 10-тысячного десанта. При достаточно мощной эскадре и энергичном адмирале русские вполне могли прорваться через укрепления Дарданелл и сжечь Константинополь. В таком случае была большая вероятность того, что султан согласиться на мир. А если нет? 10-тысячный десант мог быть позже уничтожен турками. Поэтому Потемкин энергично выступил против плана Грейга. «Отправление флота в Архипелаг, — писал Потемкин, — последует не ради завоеваний на сухом берегу, но для разделения морских турецких сил. Удержав их флот присутствием нашего, все мы будем иметь свободу на Черном море. А если бы что турки туда и отделили, то уже будет по нашим силам. Когда же нет нужды делать десантов, то не нужно и число столь неудобное сухопутных войск, какое адм. Грейг полагает... Главный вид для флота в. в, притеснять сообщение по морю туркам с их островами и Египтом и через то лишить их помощи в съестных припасах». Естественно, что у Григория Александровича было субъективное отношение к плану адмирала. Ведь в этом случае слава победителя принадлежала бы целиком Грейгу.
В итоге план Грейга в целом принят не был. Тем не менее к походу в Архипелаг готовилась эскадра в составе 17 кораблей, 8, фрегатов, множества малых и транспортных судов и десантом в 10—12 тысяч человек.
В инструкции, врученной Грейгу, указывалось: «Место сборное всего удобнейше нам представляется остров Негропонт... предметом стараний ваших (является) набор греческих войск, дабы еще вяше силы наши, руководству вашему вверенные, приумножить. С вами отпускается полное число оружия, на 6 тыс. пехоты, на 1 тыс. драгунского и на 2 тыс. с лишком конницы... Желательно поэтому было бы, чтоб с славянами, албанцами, корсиканцами и греками всего до 10 тыс. набрать было можно, ибо на то число, как вам известно, денежные и прочие наши расходы учинены... всем славянским и греческим народам надлежит внушать, что нет отнюдь намерения нашего присвоить их под обладание наше, а все желания наши к тому устремлены, дабы доставить им свободу полную в исполнении веры их и отправлении публичных обрядов оной и восстановить гражданскую их вольность и безопасность, для чего не должно приводить к присяге на подданство нам...»
14 марта 1788 г. последовал указ о назначении адмирала С. К. Грейга главнокомандующим морскими и сухопутными силами на Средиземном море и об отправке его с вверенной ему эскадрой из Кронштадта. Одновременно было дано приказание генерал-поручику И. А. Заборовскому готовиться к выступлению в Италию с сухопутными войсками, чтобы там поступить под начальство Грейга.
Забегая вперед, скажем, что в бытность Заборовского в Италии он в начале 1789 г. получил прошение от лейтенанта Наполине Буона-Парте. Корсиканец просил его принять на службу в русскую армию в чине майора. Принять его майором Заборовский не имел права, а на меньшее честолюбивый Наполине никак не соглашался. А жаль, России могла бы приобрести блестящего генерала.
Первый отряд Архипелагской эскадры в составе трех 100-пушечных кораблей («Иоанн Креститель», «Три Иерарха» и «Саратов») в сопровождении фрегата и транспортов под флагом вице-адмирала Фондезина вышел 5 июня 1788 г. из Кронштадта. Вскоре в Копенгаген из Архангельска пришел отряд контр-адмирала Повалишина в составе пяти кораблей и двух фрегатов. Но дальше им двинуться не удалось, так как Швеция начала военные действия против России.
В сентябре 1788 г. русские корабли вышли из Копенгагена для блокады Карлскроны. Соответственно, была отменена и отправка сухопутных войск в Италию.
Потемкин до войны также не сумел доработать план войны. Он предлагал первоначально взять Очаков, овладеть побережьем между Бугом и Днестром, а затем начать наступление на Балканы.
В ходе войны началось формирование двух армий. Екатеринославская армия (75—80 тысяч человек при 200 орудиях полевой и 108 орудиях полковой артиллерии) под командованием Потемкина предназначалась для действий на Балканах. Украинская армия (35—40 тысяч человек) при 96 орудиях полевой артиллерии) под командованием Румянцева предназначалась для связи с австрийской армией и обороны Украины. Для обороны Крыма и действий на Кубани был сформирован особый Крымский и Кубанский корпус численностью в 25—30 тысяч человек. Русским войскам должна была содействовать австрийская армия, которая, по согласованию с Потемкнным, предназначалась для ведения наступательных действий в Валахии вдоль реки Прут. Суворову поручалось, пока шло формирование войск, организовать оборону Крыма и Херсон-Кинбурнского района.