На Дон были стянуты большие силы карателей. И вот тут начинаются недомолвки дореволюционных и советских историков. Казни вожаков и даже рядовых бунтарей были обычными для XVIII в., возьмем, к примеру, восстание Пугачева. Но в 1708 г. Петр приказал не только казнить участников восстания, но и уничтожать десятки казацких городков вместе с населением. Солдаты убивали женщин и детей (чаще всего топили в Дону) и сжигали все строения. Только отряд В. В. Долгорукова (брата убитого Ю.В. Долгорукова) уничтожил 23,5 тысячи казаков мужского пола, жен и детей не считали.
Мало того, православный царь не постеснялся натравить на казаков орды калмыков. Калмыки резали всех подряд, но, в отличие от князя В. В. Долгорукова, не вели учета своим жертвам. И еще не убивали женщин, а уводили их с собой.
В такой ситуации несколько тысяч казаков под командованием атамана Игната Некрасова в сентябре 1708 г. ушли с дона на Кубань под защиту крымского хана. Позже к ним присоединилось еще несколько тысяч казаков, большинство которых было с семьями.
В мае 1710 г. 3 тысячи казаков-некрасовцев и 2 тысячи кубанских татар предприняли поход на Украину по маршруту Кременчуг — Власовка — Голтва.
В августе 1711 г. казанский и астраханский губернатор П. М. Апраксин пришел на Кубань с полками регулярной армии и калмыками. Он выбрал удачное время для нападения, так как значительная часть некрасовцев находилась в это время на Дону. Тем не менее, казаки дали Апраскину отпор, и, потеряв 150 солдат и 540 калмыков, он был вынужден ретироваться.
В ходе войны 1735—1739 гг. некрасовцы дрались на стороне турок. В 1737 г. погиб в бою Игнат Некрасов.
В 1740 г. турки переселили некрасовцев с Кубани в Малую Азию на озеро Майнос, кроме того, небольшая часть казаков переселилась в район Добруджи. До 1854 г. казаки-некрасовцы участвовали во всех русско-турецких войнах и, по свидетельству русских монархических историков, «считались храбрейшей конницей в Турции». Тем не менее эти казаки сохранили в чистоте русский язык, казацкие обычаи и православную (дониконовскую) веру. В 1962 г. значительная часть некрасовцев прибыла в СССР и поселилась в Ставропольском крае, Ростовской и Волгоградской областях. Для ученых — лингвистов и этнографов — это стало праздником: появились люди из начала XVIII в., говорящие на чистом русском языке.
В ходе восстания Кондрат Булавин приехал к Запорожской Сечи и уговаривал запорожцев присоединиться к нему. Кошевой атаман Петро Сорочинский резко отказал Булавину. Но запорожцы быстро собрали Раду и прогнали Сорочинскрго, а взамен его избрали Константина Гордиенко. Но и Гордиенко отказал в помощи Булавину, сказав, что Войско Запорожское выступит, лишь когда Булавин достигнет значительных успехов, а пока пусть набирает себе добровольцев среди запорожцев. Булавин набрал несколько сотен охотников-запорожцев и двинулся на Дон.
Таким образом, в ходе Булавинского восстания Войску Запорожскому удалось сохранить нейтралитет. Однако переход малороссийского гетмана Мазепы на сторону шведского короля Карла XII поставил Сечь в сложное положение.
29 октября 1708 г. гетман Мазепа перебежал к Карлу XII с полутора тысячами малороссийских казаков. Тут отечественные историки уже почти 300 лет ставят точку и переходят к описанию Полтавской битвы. Благо, забывать было что. 31 октября А. Д. Меншиков осадил тогдашнюю украинскую (гетманскую) столицу город Батурин. Петр писал своему любимцу: «Батурин в знак изменникам (понеже боронились) другим на приклад сжечь весь». Письмо запоздало. Когда Алексашка его получил, город уже был разрушен до основания, причем не только казаки, но и все до единого мирные жители (6 тысяч человек, включая женщин и детей) были вырезаны. С остальными городами, где откажутся впустить русские войска, Петр приказал поступать как с Батуриным. Петру и Меншикову удалось запугать большинство малороссийских казаков. Но, устроив батуринскую бойню, Петр оказал России поистине медвежью услугу, вбив огромный клин в отношения с населением Украины, где Батурина помнят и по сей день.
Петр, с одной стороны, пытался задобрить запорожцев, посылая им деньги, а с другой — двинул к Сечи войска. В марте 1709 г. 800 запорожцев столкнулись с тремя драгунскими полками бригадира Кампеля (всего 3 тысячи человек). Запорожцы изрубили 100 драгун и 90 взяли в плен, остальные разбежались. Потери запорожцев составили всего 30 человек.
27 марта кошевой атаман К. Гордиенко был принят шведским королем Карлом XII в местечке Великие Будиша. А 1 апреля отряд запорожцев прибыл под Полтаву. У стен города казаки были обстреляны крепостной артиллерией русских. Тут Гордиенко решил похвастаться шведским офицерам мастерством казаков. По его приказу 100 казаков приблизились на 500 шагов (355 м) к валу и дали залп. На валу упало не менее 40 солдат. На башню выскочил офицер в ярком мундире. Один из запорожцев выстрелил, и тот упал. Заметим, что в русской армии в Крымскую войну предельная дальность стрельбы их пехотных ружей была 300 шагов.