В 1763 г. Адмиралтейств-коллегия претерпела очередную в XVIII столетии реорганизацию. По новому положению вместо прежних 10 контор было образовано пять экспедиций: Комиссариатская, Интендантская, Казначейская, Артиллерийская и Счетная. Начальники экспедиций, генерал-кригс-комиссар, генерал-интендант, генерал-казначей, генерал-цейхмейстер и генерал-контролер, все в чинах не ниже контр-адмирала, вошли в состав присутствия Адмиралтейств-коллегий. Вновь была введена должность вице-президента. Кроме обозначенных выше лиц, в состав коллегии были введены: прокурор, обер-секретарь и экзекутор. При коллегии для ведения судебных дел состояли генерал-аудитор-лейтенант, аудитор и три канцелярских служащих. Штат Канцелярии коллегии (включая обер-секретаря) насчитывал 35 человек. В экспедициях полагалось от двух до семи старших чиновников и от 8 до 35 чиновников и канцелярских служащих. Всего штатами экспедиций предусматривалась 121 должность, не считая начальников, входивших в состав присутствия коллегии.
24 августа 1765 г. был принят «Регламент о управлении адмиралтейств и флотов» Согласно ему, Адмиралтейств-коллегия имела «верховную дирекцию и власть над флотами». При этом, как следует из журналов заседаний Адмиралтейств-коллегий, последняя выражалась в том, что, как и ранее, она периодически привлекалась к решению задач стратегического руководства вооруженной борьбой на море, решая вопросы о создании временных группировок для действий в удаленных районах моря и на других морских театрах, принимая участие в разработке инструкций флагманам, рассматривая их донесения и отчеты, собирая и анализируя данные об обстановке в европейских морях.
И все же основная часть времени по-прежнему тратилась на чисто административные и хозяйственные дела. Комиссариатская экспедиция занималась снабжением личного состава флота и госпиталями. Интендантская экспедиция ведала вопросами заготовки леса, постройки и оснащения кораблей, содержания береговых сооружений, контроля состояния флотских магазинов, за исключением провиантских и артиллерийских. Казначейская экспедиция занималась распределением отпускавшихся на содержание флота денежных сумм. В компетенции Артиллерийской экспедиции находились морская артиллерия (материальная часть и личный состав), артиллерийские склады и морские крепости. Наконец, Счетная экспедиция производила ревизии прихода и расхода во всех экспедициях. Свои отчеты от имени Адмиралтейств-коллегий она предоставляла в Ревизион-коллегию.
Как и раньше, дела всех экспедиций коллегия рассматривала в отведенные для этого дни, иной порядок был предусмотрен только для решения срочных дел. Один из членов коллегии должен был находиться в ней в течение всего дня. Он подписывал указы по исполненным документам (за исключением дел о приходе и расходе денежной казны — их должны были подписывать все члены коллегии). В экстренных случаях он вызывал председательствующего в коллегии или собирал всех ее членов.
По «Регламенту» все бумаги должны были адресоваться в коллегию, однако, если не требовалось особого решения, они передавались непосредственно в экспедиции. В иных случаях на входящие документы в присутствии членов Адмиралтейств-коллегий сразу накладывалась резолюция или их рассмотрение откладывалось до получения справок из соответствующих инстанций. Резолюции коллегии подписывались всеми ее членами и вносились в журнал, который также заверялся их подписями. В экспедиции на исполнение передавались копии резолюций, заверенные обер-секретарем. В случае отсутствия правовой нормы, которой надлежало руководствоваться при наложении резолюции, коллегия составляла всеподданнейший доклад на имя императрицы, подписываемый всеми членами коллегии. По решенным делам в подчиненные инстанции рассылались указы, подписанные начальниками экспедиций, но от имени коллегии и с указанием, по какой экспедиции указ рассылается. Между собой экспедиции переписывались промемориями, от подчиненных им инстанций и лиц получали челобитные, доношения и рапорта.
Делопроизводство, несмотря на периодические попытки упрощения, по-прежнему оставалось сложным и было одним из главных препятствий для повышения эффективности управленческой деятельности. Исполнение любого документа сопровождалось его регистрацией в многочисленных реестрах и журналах. До решения вопроса дела проходили через двенадцать рук и более. Проблему пытались решать и путем увеличения штатов центральных органов управления. Так, решением от 2 ноября 1777 г. число служащих в Канцелярии Адмиралтейств-коллегий было доведено до 48 человек. При этом, хотя и незначительно, увеличилась штатная численность большинства экспедиций (до 129 служащих).