В донесении Г.А, Потемкину Т.Г. Козлянинов отмечал, что турецкие суда старались пройти к Козлову, Ак-Мечети и Балаклаве для передачи известий мятежникам, но этого не допустили; попытки сообщения татар от мыса Таклы с Таманью через пролив были предотвращены высылкой гребных судов и ночным патрулированием.
Весной 1783 года назначенный главным командиром Черноморского флота вице-адмирал Ф.А. Клокачев повел основные силы Азовской флотилии в Ахтиарскую (Севастопольскую) бухту, где была заложена база. Т.Г. Козлянинова же он оставил с частью сил в Керчи, для охраны пролива. Его боты должны были патрулировать берега от мыса Таклы до Керченского пролива и Кафы. Для постройки и ремонта судов в Таганроге оставался главным командиром П.А. Косливцев.
Между тем, 24 ноября 1783 г. Т.Г. Козлянинова произвели в капитаны генерал-майорского ранга, а уже 1 января 1784 г. — в контр-адмиралы. Вскоре последовал и перевод на Балтику, где Тимофею Гавриловичу было приказано заседать в Адмиралтейств-коллегий. В следующей кампании 1785 г. Козлянинов был младшим флагманом практической эскадры вице-адмирала А.И. фон Круза, в конце 1785–1786 гг. состоял при береге в Санкт-Петербурге и Кронштадте, в 1787 г. возглавлял практическую эскадру.
Начало Русско-турецкой войны 1787–1791 гг. вызвало к жизни подготовку новой Средиземноморской экспедиции, под командованием адмирала С.К. Грейга. Т.Г. Козлянинов был определен в его распоряжение. Однако король Швеции Густав III решил воспользоваться Русско-турецкой войной и вернуть силой оружия земли, потерянные по Ништадтскому и Абоскому договорам. Появление 18 шведских вымпелов восточнее Гогланда вызвало высочайший указ от 17 июня С.К. Грейгу: по готовности вывести флот к Ревелю, оберегать берега от десантов и наблюдать за шведским флотом. Когда же война стала неизбежной, Екатерина II предписала адмиралу искать неприятельский флот и атаковать его.
В результате 6 июля 1788 г. произошло Гогландское морское сражение. Эскадра Т.Г. Козлянинова, которая должна была составлять арьергард, в ходе маневров оказалась впереди. Как следствие ей пришлось выдержать весь накал этого боя, что и удалось. В донесении от 11 июля С.К. Грейг отмечал храбрость командующего авангардом и командиров его кораблей. 18 июля Т.Г. Козлянипов был награжден орденом Св. Георгия III степени. О том, что награда эта была заслуженной, свидетельствуют полученные кораблями повреждения и понесенные потери. На флагмане Козлянинова «Всеслав» было убито 35 и ранено 103 человека. Корабль имел 40 пробоин.
Далее Т.Г. Козлянинов принял участие в блокаде шведского флота в Свеаборге, которая продолжалась до глубокой осени, причем Т.Г. Козлянинову, в связи со смертью С.К. Грейга, даже пришлось временно вступить в командование Кронштадтской эскадрой.
А 23 марта 1789 г. Т.Г. Козлянинов был назначен командующим Копенгагенской эскадрой русского флота, с одновременным производством в вице-адмиралы. В указе Екатерины II значилось: «Во всемилостивейшем уважении на усердную службу контр-адмирала Тимофея Козлянинова и труды, им понесенные в настоящую с королем шведском войну, пожаловали Мы его в наши вице-адмиралы и препоручили ему начальство над эскадрой нашею при Копенгагене находящейся».
Однако масштабных самостоятельных действий эскадра Т.Г. Козлянинова не вела. Вскоре она вошла в состав эскадры В.Я. Чичагова и с ней прибыла в Ревель.
Высочайшим указом от 4 марта 1790 г. вице-адмирал Козлянинова был назначен в галерный флот, под командование вице-адмирала К. Г. Нассау-Зигена. В частности, Т.Г. Козлянинову был поручен отряд Гребного флота, находившийся в Выборгском заливе.
16 мая Козлянинов поднял свой флаг на фрегате «Автроил». А 26 мая он уже ездил на остров Урансари и наблюдал, как шведские корабли, потерпевшие неудачу в Красногорском сражении, входя]' в залив; в результате последовало своевременное распоряжение о выдвижении к входу в Транзунд прама и бомбардирского корабля. Видя решительные действия Т.Г. Козлянинова, шведы не отважились атаковать Выборг со стороны моря, а их попытки высадить десант отразили русские сухопутные войска. На этой позиции силы Т.Г. Козлянинова пробыли до очищения шведами Выборгского залива 22 июня 1790 г. Далее они двинулись на запад, поскольку из-за ошибок В.Я. Чичагова в Выборгском сражении большая часть шведского гребного флота смогла благополучно вырваться из залива и укрыться в Роченсальме.
В ночь на 27 июня Т.Г. Козлянинов соединился с главными силами гребного флота под командованием Нассау-Зигена. А 28 июня 1790 г. Нассау-Зигеи предпринял атаку шведов на Роченсальмском рейде, закончившуюся тяжелым поражением русского флота. О роли Т.Г. Козлянинова в этом сражении принц написал так: «Вице-адмирал Козлянинов, поставя суда парусные, напрягал во время всего сражения все свои силы, чтобы возстановить порядок и понудить наступать вперед канонерские шлюпки…». Роченсальмское сражение стало последним сражением Русско-шведской войны 1788–1790 гг.: 3 июля последовало заключение Верельского мира.