Тем не менее, 10 июля 1775 г. В.Я. Чичагов получил звание вице-адмирала, а 28 июня 1782 г. — полного адмирала. Вместе с последним получил он и орден Св. Александра Невского. В 1782–1784 гг., командуя эскадрой русского флота, плавал по маршруту Кронштадт — Ливорно — Кронштадт.
Следующей значимой вехой в судьбе В.Я. Чичагова стала Русско-шведская война 1788–1790 гг. Однако командующим вышедшей против шведов эскадрой Екатерина II назначила С.К. Грейга. В.Я. Чичагов, обиженный, что командование поручили не ему, сразу же сказался больным. Только в связи со скоропостижной смертью осенью 1788 г. С.К. Грейга Екатерина II сначала поручила Чичагову Ревельский порт, с находившимися в нем кораблями, а затем, весной 1789 г., и общее командование над всем Балтийским флотом.
Однако первое же свое сражение в ранге командующего — Эландский бой 15 июля 1789 г. — В.Я. Чичагов провел крайне пассивно, хотя имел равенство в силах со шведами: 20 русским линейным кораблям противостоял 21 шведский. Это вызвало негодование даже у Екатерины II, потребовавшей у Совета рассмотреть действия Чичагова. Однако несмотря на такое, по мнению Н.В. Новикова и Г.А. Гребенщиковой, справедливое возмущение Екатерины II, Совет признал действия В.Я. Чичагова соответствующими требованиям инструкции. В результате адмирал сохранил свой пост.
В кампании же 1790 г. Балтийский флот под командованием В.Я. Чичагова одержал две блестящие победы. 2 мая на Ревельском рейде он отбил атаку вдвое большей шведской эскадры, нанеся противнику большие потери (в частности, шведы потеряли два линейных корабля: «Prince Carl» сдался русским, a «Riksens Stander» попал на риф и был сожжен самими шведами на следующий после сражения день). 22 июня уже объединенный русский флот (соединившиеся Кронштадтская и Ревельская эскадры) под его общим командованием нанес прорывавшемуся из Выборгского залива шведскому флоту тяжелое поражение: на этот раз потери шведов составили 7 линейных кораблей («Enigheten» сгорел, «Hedvig Elisabeth Charlotta» и «Loisa Ulrika» погибли, «Umheten», «Finland», «Rattvisan» и «Sophia Magdalena» сдались в плен), 3 фрегата («Zemira» сгорел, «Uppland» и «Ярославец» сдались, правда, первый в итоге спасти не удалось) и 54 вспомогательных и гребных судна; 5000 шведских моряков погибли, 2000 попали в плен. Потери русского флота составили 117 убитых и 164 раненых и ни одного судна. За эти победы В.Я. Чичагов получил высокие награды: за Ревельское сражение — орден Св. Андрея Первозванного, а за Выборгское — орден Св. Георгия I степени. Тем не менее, основные силы шведского как парусного, так и гребного флота все же сумели вырваться из Выборгского залива и укрыться, соответственно, в Свеаборге и Роченсальме. Это стало существенным промахом В.Я. Чичагова, упустившего, таким образом, великолепный случай одним ударом окончить войну.
В 1791–1796 гг. В.Я. Чичагов являлся фактически командующим Балтийским флотом России. Кроме того, в 1793–1794 гг., вместе с П.И. Пущиным, А.Н. Самойловым и И.А. Повалишиным, он принял участие в работе Комиссии по составлению новых штатов Черноморского флота,{1861}
которые в результате были утверждены в 1794 г. в следующем виде: 15 линейных кораблей (все 74-пушечные) и 18 фрегатов (6 50-, 6 30- и 6 28-пушечных). Основной отрицательной чертой новых штатов стало отсутствие в составе Черноморского флота главных ударных кораблей того времени — 80–100-пушечных, что, безусловно, должно было серьезно ослабить его мощь.[303] Положительными же моментами являлись однотипность предполагаемых линейных кораблей 74-пушечного ранга и наличие значительного числа фрегатов, в том числе хорошо зарекомендовавших себя 50-пушечных. Правда, при этом непонятно, зачем навязывалась разнотипность обычных фрегатов, которые предполагалось строить как 30-, так и' 28-пушечными.С пришедшим к власти в ноябре 1796 г. Павлом I отношения у В.Я. Чичагова не сложились, и в 1797 г. он был, по собственному прошению, уволен в отставку. 4 апреля 1809 г. В.Я. Чичагов скончался и был похоронен в Александро-Невской лавре Петербурга.
Стоит отметить, что начиная с 1790-х гг. В.Я. Чичагов жил в петербургском доме, находившемся на месте современного № 37 на Набережной Лейтенанта Шмидта. Ранее, с 1770-х гг., им владел адмирал Г.А. Спиридов, а от вдовы последнего В.Я. Чичагов и приобрел его в 1791 г.{1862}