В Ивановской епархии собственное учреждение профессионального образования — Ивановские епархиальные пастырско-богословские курсы, предназначенные для не имеющих специального духовного образования священнослужителей, а так же кандидатов в священный сан, появились только в 1995 году. На курсах изучались лишь 6 дисциплин, срок обучения был весьма краток — всего 3 месяца. За время своего существования пастырско-богословские курсы сделали 5 выпусков своих учащихся, всего их закончили свыше 80 человек. Даже в такой форме курсы в значительной мере способствовали повышению религиозного образовательного уровня духовенства епархии.
При курсах имелась библиотека с фондом около 1200 книг по различным отраслям богословских знаний.
Духовное училище в Ивановской епархии удалось полностью открыть лишь в 1999 году. Были набраны первые 20 студентов, собран профессорско-преподавательский состав высокого уровня, что позволило училищу уже с первого года своего существования приступить к выпуску авторских курсов лекций, монографий и книг. Быстрыми темпами формировалась библиотека училища. Быстрое развитие научно — методической базы Ивановского Духовного училища позволяло делать благоприятные прогнозы о реорганизации его в семинарию в ближайшем будущем.
Однако необходимо отметить, что процесс создания на базе пастырско-богословских курсов духовного училища не был лёгким. Почти два года шла переписка о выделении под училище здания. Пастырско-богословские курсы своих помещений не имели и располагались сначала в здании православной школы (1-3 выпуски), а затем в помещениях исторического факультета Ивановского государственного университета (4-5 выпуски). В то же время Ивановский городской муниципалитет занимал ряд зданий, которые ранее принадлежали Церкви и по новому законодательству должны были быть ей возвращены.
Возврат этих помещений не бал возможен в силу ряда объективных причин, поэтому рассматривались альтернативные варианты. Среди них — передача под организацию духовного училища здания православной школы г. Иваново. Даже было подписано в 1998 году постановление главы города Иваново о передаче этого здания в безвозмездное пользование Ивановскому Епархиальному Православному Духовному училищу сроком на 49 лет. Предполагалось, что духовное училище будет располагаться на третьем этаже здания школы, а сама школа займёт первые два этажа.
Однако этот проект не был реализован; не последнюю роль в этом сыграл финансовый кризис 1998 года, в следствии которого архиепископом Амвросием было принято решение повременить с набором в только что зарегистрированное в управлении юстиции духовное училище, а также с подачей документов Святейшему Патриарху и председателю Учебного Комитета о его утверждении. Было также сопротивление в открытии и со стороны администрации православной школы, а также родителей её учеников, которые справедливо опасались что следствием роста духовного училища может стать закрытие единственной в городе православной школы.
Вновь продолжились переговоры с руководством города Иваново в результате которых глава города В. В. Троеглазов принял решение о передаче в безвозмездное пользование училищу двухэтажного здания закрытого детского сада в микрорайоне ТЭЦ-3 площадью 2 тыс. кв. м. Здание было в запущенном состоянии, но имело целый ряд преимуществ: было отдельностоящим, имело собственную территорию около гектара, было удалено от центра города. Существовала перспектива застройки территории.
6 октября 1999 года Святейший Патриарх Алексий II и Священный Синод Русской Православной Церкви дали благословение на открытие Ивановского Духовного училища. Ректором был назначен архимандрит Зосима (Шевчук). К этому моменту здание было приведено в относительный порядок, в нем уже могли жить первые студенты и проходить занятия. 22 сентября 1999 года архиепископом Амвросием был освящён домовый храм училища в честь Святителя Алексия митрополита Московского и всея Руси.
К началу второго учебного года ситуация в училище относительно выправилась. Были устранены проблемы с коммунальными услугами наладился учебный процесс, заметно улучшилось питание. Сформировался преподавательский состав, причём удалось привлечь к преподаванию многих Ивановских учёных. Постоянно росли фонды библиотеки. В 2000 году архиепископ Амвросий впервые обратился к Святейшему Патриарху Алексию II и председателю Учебного Комитета архиепископу Верейскому Евгению с просьбой об открытии на базе училища духовной семинарии. Но 2001 году Священный Синод принял решение оставить училище в прежнем статусе, причём основную роль в этом сыграло то, что 20% учащихся не имели полного среднего образования.
Работа по открытию семинарии на этом не прекратилась. уже через несколько месяцев в училище не было ни одного студента без законченного среднего образования. С 2001/2002 учебного года руководством епархии и училища было принято решение о переходе с двухлетнего на пятилетний срок обучения.