В декабре 1980 года в стране проходят всеобщие выборы. Народу предложено голосовать по символам: Демократическая партия во главе с бывшим президентом Ю. Луле и П. Семогерере — мотыга; Патриотическое движение во главе с Йовери Мусевени — фонарь. Символом Народного конгресса Уганды остается ладонь с вытянутыми пальцами.
Некоторые соседние страны выразили опасение, что приближающиеся выборы могут быть сфальсифицированы, поскольку в Уганде присутствуют танзанийские войска, и потребовали их вывода. Но этого не произошло. От стран Содружества была создана группа наблюдателей, прибывшая в Кампалу 25 ноября 1980 года. Выборы состоялись 10 декабря и проходили в неспокойной обстановке. Ходили слухи, что кандидатов от Демократической партии задерживали военные и грозили расправой. По требованию военной комиссии в день выборов были сняты дорожные патрули. Для того чтобы люди не голосовали дважды, у голосовавших палец опускался в несмываемые чернила и ставился штамп в удостоверение личности.
В результате, по официальным сообщениям, Конгресс получил 72 места, Демократическая партия — 51. Оботе как лидер победившей партии во второй раз стал президентом Уганды.
Однако многие посчитали результаты выборов сфальсифицированными. Тогда же были сформированы оппозиционные движения — Национальное движение сопротивления во главе с И. Мусевени, заявившим: «Если победит Оботе — мы уйдем в буш», а также Движение за освобождение Уганды (считавшееся более правым, чем режим Оботе), Народное движение Уганды — сторонники Амина, и другие.
Оботе снова стал президентом Уганды. На это раз ему досталась страна в худшем состоянии, чем во время первого президентства, — с разоренной экономикой, раздираемая противоречиями различного характера, с хорошо вооруженной внутренней оппозицией.
Прежде всего нужно было срочно что-то делать с развалившейся экономикой — внешний долг составлял к середине 1981 года 808 миллионов долларов, а ежегодная инфляция — 100 процентов. Для того чтобы не выглядеть в глазах западных стран слишком левым, Оботе объявил: «Правительство намерено проводить политику смешанной экономики, в которой и государство, и частный сектор, и кооперативное движение займут соответствующее место». Однако, заявив, что Уганда «нуждается в огромной помощи извне — от всех дружественных стран», Оботе тут же добавляет: «Но в то же время угандийцы должны понять, что им самим следует что-то сделать». Он стремился привлечь в сельское хозяйство — основу экономики страны — частный капитал. «Правительство намерено привлекать капиталовложения в сельское хозяйство путем снижения налогов». Одновременно он предоставляет полную свободу частной инициативе в промышленности и торговле. Кроме того, для оживления экономики в Уганду вновь приглашаются «азиаты» — лица азиатского происхождения, в основном мелкая и средняя буржуазия, изгнанная Амином в 1972 году. Правда, вернулись лишь немногие — около 10 процентов.
Оботе принимает «Акт об иностранных инвестициях», то есть, по существу, обращается за помощью к западным странам.
Оботе удается получить займы от Запада в больших размерах — сотни миллионов долларов. Например, только помощь США за два года выросла со 113 до 250 миллионов долларов. Займы представляют Международный банк реконструкции и развития и Международный валютный фонд.
Постепенно положение в экономике начинает выправляться, главным образом за счет роста цен на основные экспортные продукты — кофе, хлопок, табак. В 1983 году стоимость экспорта Уганды составила 363 миллионов долларов. Однако некоторый прогресс, наметившийся в экономике Уганды, привел опять-таки к росту благосостояния местных капиталистов. Жизнь простых угандийцев не слишком-то улучшается.
Оботе старается упрочить и международное положение Уганды. Ему удается сохранять мир с соседями — Кенией и Танзанией. А вот отношения с Западом, жизненно необходимые для самого существования страны в период второго президентства Оботе, вследствие его «политики займов» в 1985 году вновь начинают ухудшаться. Там все чаще говорят о нарушении прав человека в Уганде.
Действительно, политическая ситуация в стране далеко не стабильна. Оппозиция Оботе растет. Набирают силу различные оппозиционные движения, главным из которых становится Национальное движение сопротивления.