Наиболее значительный комплекс документов по истории Северного Кавказа в рассматриваемый период хранят архивы региона: Это Главное архивное управление Государственного архива Ставропольского края (далее – ГАУ ГАСК), Государственное учреждение Краснодарского края «Государственный архив Краснодарского края» (далее – ГАКК), Государственное учреждение «Центральный государственный архив Республики Дагестан», Центральный государственный архив Кабардино-Балкарской Республики (далее – ЦГА КБР), Центральный государственный архив Республики Северной Осетии – Алании (далее – ЦГА РСО – А). В связи с повышением статуса ряда субъектов России на Северном Кавказе областные архивы Адыгеи и Карачаево-Черкесии были преобразованы в Государственное учреждение «Национальный архив Республики Адыгея» (далее – ГУ НАРА) и Республиканское государственное учреждение «Государственный архив Карачаево-Черкесской Республики» (далее – РГУ ГАКЧР).
В 1990-е гг. на базе прежних партийных архивов в регионе возникли: ГАУ ГАНИСК, Центр документации новейшей истории Кабардино-Балкарской Республики (далее – ЦДНИ КБР), ЦДНИКК, Республиканское государственное учреждение «Центр документации общественных движений и партий Карачаево-Черкесской Республики» (далее – РГУ ЦДОДи-ПКЧР), Центральный государственный архив историко-политических документов Республики Северная Осетия – Алания (далее – ЦГАИПДРСО – А). В ряде субъектов бывшие партийные архивы вошли в состав государственных архивов. В Республике Адыгея фонды бывшего Партийного архива ААО составили специальное хранилище в Национальном архиве – ХДНИ ГУ НАРА. Материалы по истории региона хранятся также в архивных отделах городских и районных администраций, различных ведомственных архивах. Например, документы органов НКВД и НГКБ находятся в архивах региональных управлений ФСБ.
В самом начале 1990-х гг. были практически полностью уничтожены архивы бывшей Чечено-Ингушской АССР. В настоящее время ведется работа по формированию архивного фонда в Чеченской Республике и Республике Ингушетии, в обеих республиках созданы соответствующие органы управления, координаты которых размещены на портале «Архивы России». Однако вернуть большую часть утраченных документов практически невозможно. Вероятно, единственный способ хотя бы частичного воссоздания документальной базы по истории Чечни и Ингушетии в рассматриваемый период времени – выявление и копирование соответствующих материалов в ГАРФ, РГАСПИ и других архивах России и зарубежных стран. Для этого в обеих республиках приняты специальные целевые программы.
В соответствии со сложившейся традицией, исторические источники военной темы обычно разделяются на две большие группы: официального и личного происхождения. В свою очередь официальные документы по истории Северного Кавказа в годы Великой Отечественной войны можно разделить на несколько больших комплексов в соответствии с их происхождением и содержанием. Первый и самый крупный из них составляют советские источники официального происхождения, включающие гражданскую и военную документацию. Наиболее значительный массив данных по рассматриваемой проблеме содержит официальная советская гражданская документация, среди которой выделяют законодательные источники, директивную и делопроизводственную документацию государственных, партийных и советских органов, судебно-следственные материалы, документы общественных организаций, статистические источники.
Законодательные источники представлены законами СССР и РСФСР, указами и постановлениями ЦИК СССР, ВЦИК, президиумов верховных советов СССР и РСФСР. Основная часть законодательных актов была опубликована непосредственно после их принятия, полные тексты других документов, например указов Президиума Верховного совета СССР о принудительном выселении народов Северного Кавказа в годы Великой Отечественной войны, опубликованы в последние годы. Не публиковались подготовительные материалы, использование которых позволяет реконструировать сам процесс разработки и принятия законодательных актов.
Особенностью советского строя являлось то, что партийные директивы лежали в основе всей деятельности государства, комсомола и других общественных организаций, а решения высших и центральных органов служили базой для разработки нормативно-правовых актов на местах. Поэтому официальные советские документы разделяют на документацию директивно-политического и директивно-исполнительного характера высшего уровня, а также документацию, связанную с непосредственной организацией и обеспечением выполнения директивных документов высшего уровня. Необходимо также учитывать, что в рассматриваемый период действовало немало чрезвычайных органов власти, не всегда соответствовала правовым нормам и практика работы конституционных органов, в результате принятые решения не часто облекались в форму соответствующих нормативно-правовых актов, что создает определенные сложности для исследователей.