Обдумывая сложившееся положение, я пришел к выводу, что мне удобно… выступить в роли разоблачителя Абакумова (как говорится, «перевести стрелки». –
Уже 4 июля 1951 года решением Политбюро была создана комиссия по проверке заявления Рюмина. Комиссию возглавил Маленков, а ее членами стали Берия, Шкирятов и Игнатьев.
Деятельность Абакумова оценивалась как совершение преступления против партии и государства. Министерству госбезопасности предписывалось возобновить следствие «по делу о террористической деятельности Этингера и еврейской антисоветской молодежной организации». В МГБ был послан заведующий отделом партийных и комсомольских органов С.Д.Игнатьев в качестве представителя ЦК ВКП(б). На основании выводов комиссии 11 июля было принято Постановление Политбюро ЦК ВКП(б) «О неблагополучном положении в МГБ СССР». 12 июля Абакумов был арестован. Деятельность МГБ проверяла комиссия ЦК в составе Маленкова, Берии, М.Ф. Шкирятова и С.Д. Игнатьева. Рюмина произвели в полковники, назначили начальником Следственной части по особо важным делам, а затем и заместителем министра госбезопасности.
На одном из первых допросов, которые вел первый заместитель Генерального прокурора СССР К. Мокичев, Абакумов заявил: «…У меня были ошибки, недостатки и неудачи в работе. Это все, в чем я виноват… Утверждаю, что никаких преступлений против партии и Советского правительства я не совершал. Я был весь на глазах у ЦК ВКП(б). Там повседневно знали, что делается в ЧК…»
Бывшему министру МГБ инкриминировали, в частности, недостаточное внимание к «террористическим замыслам» Якова Гиляровича Этингера, одного из плеяды «врачей-вредителей», умершего в тюрьме во время следствия. В закрытом письме ЦК «О неблагополучном положении в Министерстве государственной безопасности СССР» на основе выводов комиссии Маленкова, Берии, Шкирятова и Игнатьева подследственный характеризовался как матерый враг советской власти и был поставлен в один ряд с фигурантами процесса «правотроцкистского блока»: «В ноябре 1950 года был арестован еврейский националист… врач Этингер. При допросе старшим следователем МГБ т. Рюминым арестованный Этингер, без какого-либо нажима (избиения резиновыми дубинками серьезным средством давления, разумеется, не считали. –
На следствии Мокичев допытывался: «Почему вы долго не арестовывали Этингера, а после ареста запретили допрашивать его о терроре, сказав Рюмину, что Этингер «заведет в дебри»?»