Между тем расследованием и дознанием, произведенными распоряжением военных властей, было установлено, что все перечисленные Высочайшие Лица пали жертвами советской власти, и в ночь с 17 на 18 июля, то есть в следующую ночь после убийства Царской Семьи в Екатеринбурге, были живыми сброшены в старую, глубокую шахту в 12 верстах от Алапаевска. 10 октября, после недельной работы, тела перечисленных Высочайших Особ и состоявших при них людей были извлечены из шахты, и дело было передано тому же Сергееву для начала предварительного следствия. Раскрытием этого преступления, с обнаружением тел мученически погибших жертв советской власти, ясно определилась вся лживость официальных советских сообщений в отношении фактов, касавшихся Членов Дома Романовых вообще. Для Сергеева, располагавшего вышеприведенными материалами, обрисовывавшими планомерность в зверском убийстве тою же советской властью Царской Семьи в Екатеринбурге, эта вторая алапаевская ложь не могла не открыть глаз, если бы он не имел предначертанной себе цели затягивать дело и не торопиться с раскрытием истинной картины, характера и смысла совершенного советскими главарями преступления.
К концу октября следственное производство располагало вполне достаточным материалом для установления не только факта убийства в доме Ипатьева всей Царской Семьи, но и логически вытекавшего из определившихся событий предположения о существовании в замыслах советской власти преднамеренного, планомерного и идейного истребления вообще Членов Дома Романовых и близких Ему лиц. При этом выяснилось, что для приведения в исполнение своего замысла советские главари были вынуждены стать на путь совершения убийств в тайне, не отказываясь от самых изуверских способов их совершения, но усиленно скрывая свои действия от народных масс, прибегая к различным симуляциям и провокаторскому распространению заведомо ложных сведений.
Таким образом, уже с конца того же октября расследование и изучение обстоятельств зверского уничтожения Царской Семьи в доме Ипатьева должно было, независимо от нахождения или ненахождения тел убитых, естественно понудить Сергеева приняться за разработку данных следственного производства по третьему пункту намеченной им себе программы. А это ставило Сергеева лицом к лицу перед совершенно новыми горизонтами значения Царского дела. Если установление факта убийства в доме Ипатьева всей Царской Семьи было следствием изучения судебного материала после предварительной разработки его следственным производством в интересах юридической законченности расследования преступления, то допустимость предположения о наличии у советских деятелей преднамеренностей, планомерности и идейности в убийстве Царской Семьи, в связи с выяснившимися убийствами других Членов Дома Романовых, выдвигало на степень “важнейшей очередной задачи” разработку данных по установлению причин, которыми руководились Исаак Голощекин, Янкель Юровский и прочие руководители этого преступления, целей, которые преследовались этими злодеяниями, и наконец вдохновителей планомерного истребления Членов Дома Романовых. Уже с этого времени ведение “дела об убийстве бывшего Государя Императора Николая II” сохраняло не столько интерес юридического установления факта преступления, сколько определенно приобретало исключительное историческое и национальное значение. Действительно ли Сергеев не заметил своевременно этих исключительных обстоятельств в порученном ему следственном производстве, сказать трудно, но вся его дальнейшая работа продолжала сохранять все ту же узкую юридическую форму в пределах толкования им закона, о которой он говорит в своей докладной записке, оправдывая себя стеснительностью закона. Это был слишком умный человек, чтобы не мочь самостоятельно постигнуть широкого значения развернувшейся перед ним картины преступления и роли в нем определенных советских деятелей, как центральной, так и местной власти. Если же он сознавал, но ничем не проявил этого в своей работе, то поведение Сергеева может быть определено только как предумышленное игнорирование, граничащее с соучастием в преступлении, близкое к умышленному укрывательству.
Прокурор Иорданский при обсуждении докладывал, что он всегда сознавал исключительное значение дела об убийстве бывшего Императора и выяснившихся убийств: в Алапаевске - Великих Князей и Великой Княгини и в Перми - Великого Князя Михаила Александровича. Руководясь этим сознанием, дабы производившиеся следствия и расследования согласовывались в исходных данных, протекали по правильным путям и имели должную полноту, им были определены для наблюдения ко всем отдельно работавшим группам товарищи прокуроров. Но… ничто не помогало.