Из остальных 28 следов шахт 27 также не имели никаких признаков недавнего приближения к ним человека: земля на осыпях воронок была старая, слежавшаяся; дно густо заросшее высокой травой, репейниками, чертополохами; кое-где выглядывавшие на дне концы бревен были покрыты густой, многолетней, зеленой плесенью, а видневшиеся старые щели представлялись слишком узкими и малыми, чтобы можно было пропихнуть в них человеческое тело. Только один след былой шахты, опять же у глиняной площадки, упомянутая при общем описании района глубокая воронка от шурфа с правой стороны площадки носила, как и открытая шахта № 7, следы недавнего пребывания около нее людей. Кроме того, откос воронки, примыкавший к площадке, имел вид осыпи как будто более свежей земли, чем в других таких же воронках, что могло произойти или от свежего обвала края воронки, или от выброски туда части земли с глиняной площадки. Эта воронка при работах по исследованию получила название “шахта № З”.
Однако ввиду того, что при первоначальных розысках следователя Наметкина, товарища прокурора Магницкого и офицеров в августе 1918 года общее состояние шахт и котлованов не было зафиксировано подробно соответственными протоколами и актами, а выяснилось только ныне, через 11 месяцев, путем допросов на месте свидетелей и первых работников по розыскам, было решено произвести раскопки и исследование всех 33 следов шахт, наиболее подозрительных котлованов и старых ям. При этом работы должны были производиться в известной последовательности, дабы, при изысканиях работами в одном направлении не нанести ущерба работам в другом, более сложном направлении. Средства для этих работ были достаточные, и успешность их могла зависеть только от времени, которое будет предоставлено внешними условиями гражданской борьбы на фронтах.
Работы по исследованию, согласно требованиям, предъявленным следствием, были организованы в двух направлениях: собственно отрывка старых шахт, разработка котлованов и ям были поручены ближайшему наблюдению генерал-майора Сергея Алексеевича Домантовича, а детальное исследование небольшого района, ограниченного старой березой, шахтой № 7, глиняной площадкой и шахтой № 3, принял на себя непосредственно следователь Соколов. Для земляных работ было нанято 48 специальных горных рабочих под руководством штейгера Верх-Исетского завода Ивана Ивановича Усольцева, а для общего технического надзора был приглашен горный инженер Валериан Сергеевич Котенев, работавший над откачкой шахты № 7 еще с Магницким. Топографические работы были выполнены картографом В. Ярутиным, а фотографические - В. И. Пжездецким. В ночное время, при перерывах работ, охрану нес особый отряд поручика Ермохина.
В зоне кольца внутренней охраны, установленной Исааком Голощекиным, было всего 27 следов шахт, один большой котлован, шедший на юг от шахты № 7, “Ганина яма”, подозрительные неровности на полянке у глиняной площадки, на полянке южнее ее, где был пень от дерева, получившей название “полянки врачей”, и яма, в которую сорвался автомобиль Люханова, везший тела Членов Царской Семьи. В полосе между кольцами внутренней и наружной охран имелось всего шесть шахт, из коих четыре, № 30, 31, 33 и 32, сохранившиеся, со срубами, и две, № 19 и 20, обвалившиеся, без следов существовавших в них раньше крепей срубами.
Шахты № 30, 31, 32 и 33 не потребовали земляных работ, так как они были целы, представляли собой правильные колодцы без воды, с деревянными полами. Три из них были расположены вправо от Коптяковской дороги, если ехать из города, в полуверсте от нее и в зоне между кольцами охраны, а одна - влево, примерно в версте расстояния, близ так называемой “Красной казармы”. Никаких следов нарушения их внутри не имелось: стены и пол покрыты толстым слоем плесени, а сами отверстия закрыты горбылями, успевшими обрасти снаружи мохом и травой. На той, что у “Красной казармы”, одно из покрывавших ее бревен было сдвинуто на полфута в сторону, но сдвиг этот носил следы старого происхождения.
Земляные работы по отрывке остальных следов шахт были начаты 6 июня и прекращены, ввиду приближения противника, 10 июля. Данные этих работ выражаются следующей таблицей:
В этой таблице пропущены шахты № 3 и 7, о которых будет сказано отдельно.
За исключением шахты № 1, ни одна из остальных не имела в прежнее время крепей. Не зная их глубины и в предотвращение от обвалов и засыпки рабочих, каждая из шахт по мере ее раскопки закреплялась срубами. В шахте № 1 весь колодезь был засыпан землей; ее вынули. Шахты № 1, 5, 6 и 13 оказались принадлежащими к одной системе выработок с шахтами № 3 и 7; во всех них на определенной глубине под земляными засыпками оказалась вода, которая ушла, когда была откачана вода из шахты № 7 и из “Ганиной ямы”. Засыпки удалялись и шахты раскапывались до материковой земли.