— ФБР просто игнорировало наше расследование, — позже сказал Раньон репортёру журнала. — Рон Пул имитировал бурную деятельность, но, чёрт возьми, никакого официального расследования со стороны ФБР не проводилось. Он не общался ни со мной, ни с кем другим.
Раньон рассказал в интервью, что “ФБР продолжало вводить полицию в заблуждение”. Наконец, он встретился с главным агентом из Луисвилля Терри О'Коннером, и они чуть не поругались. Раньон утверждал, что О'Коннер придерживался позиции "наша хата с краю", и пересказал свои слова агенту О'Коннеру:
— Я тогда сказал ему: "Послушай, это ведь ваше дело. Ваши люди замешаны в этом по самые уши. Если бы у одного из моих помощников вдруг исчез осведомитель, это было бы всё равно что на мой офис сбросили бомбу. Я бы всех проверил на детекторе лжи, перевернул бы весь офис вверх дном. А ваши бросили эту девушку на съедение волкам. И если вы в ближайшее время не сдвинете это дело с мёртвой точки, следующим к вам придёт кто-то вроде Херальдо Риверы”.
Через несколько дней после разговора Раньона с О'Коннером специальному агенту Терри Халсу отправили отчёт полиции штата Кентукки о Сьюзен Дэниелс Смит, который он в конечном итоге переслал в штаб-квартиру ФБР в Вашингтоне.
Примерно полтора месяца спустя в Пайквилл прилетели два человека из Вашингтона, один — агент ФБР, другой — из министерства юстиции. Полиция штата Кентукки и Джон Пол Раньон обсудили с ними каждую деталь дела. Те вылетели обратно в Вашингтон и вернулись в Пайквилл 1 мая, чтобы начать совместное расследование дело ФБР и полицией штата Кентукки.
7 мая старшего специального агента Джима Хаггинса назначили ответственным за внутреннее расследование ФБР. Он стал отслеживать всех допросы и отчёты девяти других агентов ФБР, которых назначил для расследования этого дела. Сначала ФБР рассматривало это как похищение, потому что они не знали, что случилось со Сьюзен Смит. Если бы это было делом об убийстве, оно находилось бы в юрисдикции полиции штата, а не ФБР.
— Мы вмешались, потому что Патнем был нашим сотрудником, — объяснил Хаггинс. — Мы рассматривали это как похищение, потому что только так мы могли расследовать это дело. Другими словами, если бы тело нашли в Западной Вирджинии или каком-то другом штате, то это было бы квалифицировалось как похищение, так что мы воспользовались этой юрисдикцией, чтобы заняться этим делом.
В первый день работы Хаггинс отправился в мотель "Landmark Inn" в сопровождении специальных агентов ФБР Тима Адамса и Билла Уэлша. Горничную Джорджию Энн Литтл допросили повторно. Она сказала по сути то же самое, что и Ричарду Рэю.
Затем Хаггинс получил разрешение от владельца мотеля просмотреть записи. Он и его команда сообщили в полицию штата, что на имя Пула и Патнема были выписаны квитанции за 23 и 24 мая. Команда также сообщила, что на Патнема был записан номер 126 с 5 по 25 июня, а на Пула — номер 224 с 5 по 9 июня. В отчёте полиции штата Кентукки не упоминалось, что Хаггинс нашёл какие-либо записи о номере, который Пул снимал с 17 мая по 9 июня – номере 230, за который Пул заплатил более 1200 долларов наличными за 2 дня до отъезда Патнема из города.
10 мая Хаггинс связался с прокатной компанией "Hertz" и выяснил, что Патнем арендовал "Ford Tempo" 5 июня 1989 года. Он вернул эту машину 11 июня, потому что лобовое стекло треснуло, и взял другую "Tempo", которой пользовался до 25 июня.
Затем связались с Мэри Джун Бейкер, сотрудницей "Hertz", по поводу повреждения первого арендованного автомобиля, которым пользовался Патнем. Она рассказала, что, по словам Патнема, на шоссе 23 из впереди идущего грузовика выпал уголь и разбил ему лобовое стекло. Агент ФБР Уэлш отправился в Чарльстон, Западная Вирджиния, чтобы получить полные сведения. Вскоре тот самый "Ford Tempo" нашли и отправили на экспертизу в лабораторию ФБР в Вашингтоне.
Вскоре после этого команда Хаггинса подтвердила, получив копии телефонных счетов Сьюзен Смит, что между Фриберном и Флоридой было совершено множество звонков. Они также отметили большое количество звонков, сделанных из Фриберна в Пайквилл. Затем команда ФБР отправилась в Департамент здравоохранения округа Пайк и получила копию положительного теста Сьюзен Смит на беременность.
Теперь, когда к делу подключилось ФБР, несколько человек допросили снова, и копии записей получили во второй раз. Многое пришлось переделать. По мере активизации расследования над этим делом работало уже 18 человек: 10 из ФБР и 8 из полиции штата Кентукки.
Команда ФБР допросила Берта Хэтфилда и Айка Уорда, а также Джози Торп и Бо Дэниэлса, но у всех были достоверные версии. ФБР не смогло найти несоответствий. К настоящему времени всё, казалось, указывало на одного человека — специального агента Марка Стивена Патнема.