Сеяние и продажа табаку по-прежнему запрещены, оставшийся у казенных продавцов табак был отобран и сожжен. Купцы получили то, чего давно добивались еще в царствование Михаила: английские купцы высланы были из внутренних городов государства; им позволено было торговать только в Архангельске с платою обыкновенной пошлины; кроме разных злоупотреблений и притеснений русским купцам, англичанам было поставлено в вину, что они «всею землею учинили большое злое дело, государя своего, Карлуса короля, убили до смерти»
(1649 г.).
4. Мятеж в разных городах и патриаршество Никона. В Москве попытки некоторых недовольных возбудить снова мятеж против Морозова и Милославского остались тщетными; но вспыхнули мятежи в разных других городах: летом же 1648 года вспыхнул мятеж в Сольвычегодске вследствие насилий, которые позволял себе сборщик податей Приклонский; потом возмутились устюжане вследствие взяточничества подьячего Михайлова, которому мирволил воевода Мих аил Васил ьевич Милославский; Михайлов был убит мятежниками. Усмирить эти мятежи было легко; труднее было уладить дела в Пскове и Новгороде.
Из присоединенных по Столбовскому миру к Швеции русских областей перебежало много народа в свое прежнее отечество; по договору этих перебежчиков нужно было выдать, но царь никак не решился выдать православных лютеранскому правительству, и заключен был с Швециею новый договор, по которому царь обязался заплатить деньги за перебежчиков и в счет этих денег отпустить в Швецию хлеб из казенных житниц псковских. Эти распоряжения произвели мятеж во Пскове: пошел слух, что изменник Морозов отпускает деньги и хлеб к немцам, которые по согласию с ним скоро явятся под Псковом и Новгородом.
Швед Нумменс, который в феврале 1650 года вез деньги из Москвы, был захвачен псковичами, пытан, засажен под стражу; воеводу, князя Львова, и присланного из Москвы для следствия князя Волконского едва не убили, архиепископа Макария два раза сажали на цепь.
Мятеж псковский немедленно отразился и в Новгороде: здесь 15 марта захватили датского посланника под тем предлогом, что он также везет деньги из Москвы к немцам, избили его; стрельцы пристали к мятежникам, малочисленные дворяне не могли оказать воеводе князю Хилкову никакой помощи. Тогда Никон решился действовать духовным оружием: он в Софийской церкви торжественно проклял зачинщиков мятежа. Это возбудило сильный ропот: воспользовались первым случаем, первой жалобою на Никона и двинулись на митрополичий двор; Никон вышел было к ним уговаривать, но мятежники избили его до полусмерти. Пришла грамота царская с требованием покорности и выдачи зачинщиков, но тщетно уговаривал Никон новгородцев исполнить волю царскую; увещания его оказались действительными только тогда, когда к Новгороду приблизился боярин князь Хованский с отрядом войска: к 20 апреля новгородцы покорились и выдали зачинщиков, из которых только один был казнен смертию для удовлетворения датского посланника; Никон сильно хлопотал о снисхождении.
Он послал было и к псковичам увещательную грамоту, но ответом был грубый отказ; псковичи решились защищаться против Хованского, у которого было очень мало войска, и он не мог вести дружной осады против большого города, хорошо снабженного съестными запасами. Хотя вылазки осажденных против царского войска были неудачны, однако Псков держался до половины августа, когда явились из Москвы духовные лица и выборные из дворян и купцов с объявлением всепрощения. Псковичи принесли повинную и потом добровольно выдали зачинщиков мятежа. Через два года после этих событий (в июле 1652) Никон был посвящен в патриархи. Он согласился принять этот сан только тогда, когда в Успенском соборе бояре и народ дали ему клятву «почитать его как архипастыря и отца и дать ему устроить церковные дела».
5. Богдан Хмельницкий и присоединение Малороссии. Никон стал верховным пастырем церкви и главным советником царя в то время, когда Алексей Михайлович должен был решить важный вопрос о соединении Малой России с Великою, или Московским государством. Казацкий сотник Зиновий Богдан Хмельницкий, давно уже известный своею храбростью и ловкостью в делах, жестоко оскорбленный одним польским чиновником и не нашедший себе управы, в конце 1647 года убежал в Запорожье, оттуда в Крым, уговорил хана дать ему татарское войско и с этим войском явился опять в Запорожье, куда бежали к нему толпы недовольных из Малороссии. Узнавши об этом восстании, два гетмана польских, Потоцкий и Калиновский, пошли весною 1648 года навстречу к Хмельницкому, но потерпели страшное поражение в двух битвах - при Желтых Водах и при Корсуне: оба гетмана попались в плен и отведены были в Крым.