В то время как царь Алексей Михайлович должен был заниматься укрощением мятежа на севере и юго-востоке, смуты не прекращались в Малороссии, по поводу которых Московское государство должно было теперь вступить в борьбу с Турциею. Осенью 1665 года приехал в Москву гетман Брюховецкий вместе с другими начальными людьми малороссийскими и бил челом, чтоб государь принял все малороссийские города, чтоб доходы с них собирались прямо в государеву казну и чтоб государь послал во все города воевод своих с людьми ратными. Так как в Киеве в это время не было митрополита, то Брюховецкий просил, чтоб в митрополиты туда был прислан святитель русский из Москвы, который должен находиться под властью московского патриарха, а не константинопольского, как прежде бывало.
Государь велел за это Брюховецкого милостиво похвалить, пожаловал его в бояре, других старшин, приехавших с гетманом,- в дворяне, все получили богатые подарки; просьбы гетмана были исполнены, кроме просьбы о митрополите: государь не хотел решить такого важного дела без пересылки с константинопольским патриархом. В Москве все - и великороссияне и малороссияне - были довольны, но не были довольны в Малороссии. Прежде всего восстало на Брюховецкого высшее духовенство малороссийское за просьбу о митрополите: духовенство требовало, чтоб ему позволено было выбрать митрополита из своей среды и чтоб митрополит был по-старому под властью константинопольского патриарха, а не московского. Особенно стал действовать против гетмана старый друг его епископ Мстиславский Мефодий, управлявший киевскою митрополиею. Мещане были рады новому порядку, переходу власти к царским воеводам, говорили казакам и старшине их: «Теперь нас Бог от вас освободил, вперед не будете грабить и домов наших разорять».
Но тем более были недовольны казаки, и особенно люди начальные. Запорожье волновалось. Волнения еще более усилились после Андрусовского перемирия: на казаков напал страх, что теперь Москва приберет их к рукам. В 1667 году в Запорожье убили царского посланника, ехавшего в Крым. В Москве, разумеется, не могли благосклонно смотреть на подобные явления и переменили тон, что еще более пугало и раздражало в Малороссии. Между недовольными оказался и епископ Мефодий, которому не было в Москве прежней чести: попросил он однажды соболей - соболей не дали и при отпуске в Малороссию строго наказали помириться с гетманом. Мефодий действительно помирился с Брюховецким, даже сосватал дочь свою за его племянника, но вместе стал наговаривать гетману на московское правительство, пугать, что московское войско идет в Малороссию разорить все без остатку, что Украину отдают Польше.
Брюховецкий был напуган, приготовлен к измене, а тут новое искушение:
Дорошенко дал ему знать, что уступит ему свою булаву и таким образом будет он, Брюховецкий, гетманом обеих сторон Днепра, но прежде всего он должен выжить из Украины воевод московских, отложиться от царя и отдаться под покровительство султана. Брюховецкий, прельщенный честью быть гетманом обеих сторон Днепра, вдался в обман и в январе 1668 года созвал раду в Гадяче, где было положено: отступить от царя Алексея, поддаться султану турецкому, послать за татарами в Крым и выживать из городов воевод московских.
Вследствие этого решения в Тадяче 120 великороссиян пали под ножами убийц; воеводы стародубский и новгород-северский погибли защищаясь; в некоторых других городах воеводы были захвачены в плен, остальные успели отбиться.
Но Брюховецкий недолго нажил после этого: казаки его передались Дорошенке, который велел убить Брюховецкого.
Дорошенко, ставши гетманом обеих сторон Днепра, действовал удачно против московских войск на левой стороне, но не мог долго пробыть здесь сам и оставил наказным гетмана Многогрешного. Следствием удаления Дорошенко было то, что восточная сторона опять потянула к Москве. Многогрешный завел сношения с государем, настаивая, чтоб воеводы московские были выведены из всех городов малороссийских, ибо от их присутствия здесь произошло все зло. Требование Многогрешного сильно поддерживал черниговский архиепископ Лазарь Баранович.
Но с другой стороны, нежинский протопоп Симеон Адамович давал знать, что никак нельзя выводить воевод, что весь народ вопиет, под казацкою работою жить не хочет, что все говорят: «За государем живучи, в десять лет того мы не видали, что теперь увидим в один год за казаками».