Оппозиционность Думы проявилась сразу же в ответ на «тронную речь» царя. 5 мая 1906 г. она приняла адрес, в котором требовала амнистии политическим заключенным, ответственного перед Думой министерства, упразднения Государственного Совета, реального осуществления политических свобод, всеобщего равенства, ликвидации казенных, удельных, монастырских земель и принудительного выкупа частновладельческих земель для решения проблемы «земельного голода». Через 8 дней председатель Совета Министров И. Л. Горемыкин отверг все пожелания Думы. Его назначение состоялось за неделю до открытия Думы вместо отстраненного от этого поста С. Ю. Витте. Новый премьер имел установку распустить Думу, если она захочет принять аграрный закон. Первый «конституционный» кризис разразился в связи с правительственной декларацией, отвергавшей притязания Думы, изложенные в думском адресе. Последняя, в свою очередь, приняла резолюцию о полном недоверии правительству и потребовала его отставки. Министры объявили Думе бойкот и демонстративно прислали ей свой первый законопроект об ассигновании 40 029 рублей 49 копеек на постройку пальмовой оранжереи и сооружении прачечной при Юрьевском университете. Дума ответила градом запросов. За 72 дня своего существования I Государственная Дума приняла 391 запрос о незаконных действиях правительства, в которых депутаты высказывали свое мнение и критиковали существующий строй. Это широко обсуждалось общественностью, так как все стенографические отчеты заседаний Думы публиковались в газетах, а затем в обязательном порядке издавались отдельными томами. Во время работы Думы в Таврическом дворце были аккредитованы около 200 журналистов.
Несмотря на возникавшие конфликты в Думе, внутри правительственного лагеря преобладало мнение не спешить с роспуском Думы, а содействовать ее дискредитации в глазах народа. Тактика А. И. Горемыкина выразилась в полном игнорировании, «бойкоте» Думы. Она была предоставлена самой себе, что при ограниченности ее прав, конфликтах с правительством, пестром партийном составе в конечном итоге могло вызвать недовольство избирателей ее непродуктивной работой. Однако конфликт между Думой и правительством все больше усиливал опасное «шатание умов». На заседании Совета Министров в начале июня 1906 г. большинство во главе с А. И. Горемыкиным пришло к заключению о необходимости роспуска Думы. Дело оставалось за поводом. Его предоставила сама Дума. На заседании 4 июля она решила обратиться к населению с разъяснениями по аграрному вопросу, торжественно обещая не отступать от принципа принудительного отчуждения частновладельческих земель. На другой день кадеты спохватились и забили отбой, но было уже поздно. Император и правительство решили использовать ситуацию. Петербургский градоначальник В. Ф. фон-дер Лауниц твердо заявил, что роспуск Думы не вызовет серьезных волнений.
6 июля 1906 г. Николай II объявил о назначении председателем Совета Министров П. А. Столыпина. За ним был сохранен пост министра внутренних дел. Первое выступление Столыпина в Думе 8 июля 1906 г., в котором он оправдывал действия полиции и властей в связи с черносотенными погромами, было освистано. Однако стиль Столыпина проявился сразу же – это твердость и решительность поступков. Именно такой премьер нужен был в сложившихся условиях.
9 июля 1906 г. депутаты Думы пришли вТаврический дворец, где проходили заседания, и нашли двери запертыми. Император, воспользовавшись правом роспуска Думы, прекратил ее работу. В Манифесте о роспуске Думы говорилось, что Дума не успокаивала население, а разжигала смуту. Она оказалась «неработоспособной». Подтверждалось, что законы об учреждении Государственной Думы и выборах остаются без изменений. В высших правительственных сферах имелось немало противников «прыжка в неизвестность». Д. Ф. Трепов считал принятое решение авантюрой, о чем, с присущей ему прямотой, заявил П. А. Столыпину. Опасаясь «революционных эксцессов», всем губернаторам было предписано немедленно произвести обыски и аресты руководителей революционных организаций, принять меры к охране правительственных и железнодорожных сооружений, телеграфов, банков, тюрем, складов оружия, к защите помещичьих владений.
Кадеты узнали о роспуске Думы ночью, утром собрались и тут же приняли решение обратиться с воззванием к стране. П. Н. Милюкова «ради предосторожности изолировали» в пустой комнате, где он, положив лист бумаги на пыльную крышку рояля, набросал черновик документа. Затем вернулся к остальным членам ЦК, выслушал замечания и внес поправки. Текст был одобрен, гонец послан к трудовикам. Трудовики, пообщавшись с социал-демократами, согласились встретиться в Выборге.