Наиболее примечательная черта учения Оригена — его теория сотворения мира, определившая и его взгляды на Христа. Прежде, чем появились Земля и окружающая ее вселенная, Бог создал определенное число мыслящих духов или «умов», поскольку в Себе уже содержал все сущее благодаря предвидению. Изначально все они были чистыми и бестелесными разумными тварями, каковыми оставались, пока созерцали своего Творца. Однако дарованная им свобода привела некоторых из них к отступлению от Бога под предводительством диавола. Их мятеж необъясним; возможно, они «пресытились» блаженством. Даже архангелы провинились, хотя не тяжко. Бесы же впали в страшный грех, задумав погубить остальных тварей. Некоторые духи согрешили больше, чем ангелы, но меньше, чем бесы, и в наказание Бог облек их плотью и поселил в материальную среду. Так появился наш мир («О началах», 1.8.1). Как и у других александрийцев, у Оригена наказание — не кара, а воспитательная мера, призванная исцелить падшие души. Каждый из нас появляется на свет со своим духовным прошлым, и этим объясняется неравенство в рождении и жизненном опыте. Противники Оригена утверждали, будто он проповедует переселение душ, но эти обвинения безосновательны. Напротив, он решительно заявлял, что каждому дана лишь одна жизнь в этом мире, и никогда не говорил о переходе души из одного тела в другое. Высшим предназначением человека, ради которого он и подвергается перевоспитанию, Ориген считал преображение в соответствии с образом Сына Божия, чистого Разума (Логоса). Свободная воля, ставшая причиной грехопадения, приведет людей к возрождению («О началах», 2.8.3).
Логически следует вывод, что все духи могут вернуться к былой чистоте во «времена совершения всего»,
Перевоспитанию душ мешают бесы, проникнувшие в сотворенную вселенную. Люди, утратившие образ и подобие Бога, не способны найти и познать Его. Помочь им может только Боговоплощение: в лице Иисуса Христа в мир является Сын Божий, Логос. Здесь Ориген достигает высшего уровня как богослов, причем своим триумфом он обязан Цельсу. Среди прочих резких выпадов этого философа было крайне презрительное замечание по поводу идеи о пришествии на Землю Сына Божия, концепция Божества оказалась буквально втоптанной в грязь. Ориген отвечает, что Иисус Христос одновременно Бог и Человек, по природе Своей — «нечто совместное» (греч.
Чтобы защитить сверхчувственность Бога, Ориген предлагает особое учение о сотворенной душе, которая принадлежала видимому, осязаемому Иисусу и могла расти и страдать. Происхождение ее таково: один из мыслящих духов остался верным Творцу и не отступил от Него, всецело предавшись прославлению Бога. Этот единственный безгрешный ум неразрывно соединился с Сыном Божиим, и союз этот подобен раскаленному железу, где металл и огонь неразделимы. При Боговоплощении же «Божественный Логос пребывает в душе Иисуса и соединен с ней ближе, чем с любой другой, ибо лишь она смогла достичь совершенства и стать причастницей Того, Кто есть сам Логос, и сама Премудрость, и сама Праведность» («Против Цельса», 5.39).
Этим объясняется, почему Логос, по природе Своей — неизменный и невидимый Творец вселенной, в Лице Иисуса плакал, как ребенок. Он есть высшая Сила, управляющая миром, но сотворенный ум стал «один Дух с Господом» (это любимый стих Оригена — 1 Кор. 6:17). При этом душа, подверженная внешним воздействиям, боли и человеческой скорби, не сливается со Словом и не угрожает совершенству Его божественного естества.