Вскоре несколько завистливых и ограниченных брахманов из Кулии затеяли ссору с Махапрабху и настроили против Него некоторых других. Нимай Пандит отличался мягкосердечием, но при этом неукоснительно придерживался Своих принципов. Он объявил, что слепая приверженность своему клану и сектантство — два великих врага прогресса. Махапрабху понял, что, пока Он будет оставаться обитателем Надии, принадлежащим к определенной семье, Он не достигнет полного успеха в осуществлении Своей миссии. Тогда Он решил стать гражданином мира, отказавшись от принадлежности к какой-то одной семье, касте и религии. Приняв это решение, Он на двадцать четвертом году жизни получил в Катве посвящение в санньяси от Кешавы Бхарати. Мать и жена Махапрабху горько плакали от разлуки с Ним, но, как уже упоминалось, Он, несмотря на мягкосердечие, был очень строг в Своих принципах. Он оставил маленький мирок Своего дома ради того, чтобы войти в безграничный духовный мир Кришны и привести туда все человечество.
После того как Махапрабху принял санньясу, Его уговорили посетить дом Адвайты Прабху в Шантипуре. Адвайта пригласил всех друзей и почитателей Чайтаньи из Надии, а также Шачидеви, чтобы она смогла увидеться с сыном. Когда она увидела своего сына в одеянии санньяси, ее сердце наполнилось одновременно блаженством и болью. Теперь Кришна Чайтанья, как и полагается санньяси, носил только каупину и бахирвасу. Его голова была обрита, и Он держал в руках данду (посох) и камандалу (сосуд для воды, которым пользуются отшельники).
Святой сын пал в ноги Своей любимой матери и произнес: «Мама! Это тело принадлежит тебе, и Я должен подчиняться твоим указаниям. Позволь Мне отправиться во Вриндаван для Моего духовного совершенствования». Посоветовавшись с Адвайтой и другими, Шачидеви попросила своего сына обосноваться в Пури (городе Джаганнатхи), чтобы она могла время от времени получать известия о Нем. Махапрабху согласился и через несколько дней покинул Шантипур, отправившись в Ориссу.
Путешествие Кришны Чайтаньи (это имя Он получил, став санньяси) из Шантипура в Пури описано Его биографами в мельчайших подробностях. По берегу Бхагиратхи Он дошел до Чхатрабхоги, которая теперь относится к округу Двадцати четырех парган (Тхана Матхурапур, Алмазная гавань). Оттуда лодочник довез Его до Праяга-гхата в районе Миднапура. Затем Чайтанья проследовал в Пури через Балешвар и Каттак, посетив по пути храм в Бхуванешваре. По прибытии в Пури Он получил даршан Джаганнатхи в храме и поселился в доме Сарвабхаумы по просьбе последнего.
Сарвабхаума был великим пандитом, его ученость не знала границ. Он был лучшим найяиком того времени и славился как крупнейший знаток философии веданты среди последователей Шанкарачарьи. Сарвабхаума родился в Видьянагаре (Надия) и там, в своей толе, преподавал бесчисленным ученикам философию ньяи. Незадолго до рождения Нимая Пандита Сарвабхаума переехал в Пури. Когда его зять, Гопинатха Мишра, представил Сарвабхауме нового санньяси (Чайтанью), Сарвабхауму поразила красота Махапрабху и у него возникло опасение, что молодому человеку будет нелегко в течение всей жизни соблюдать санньяса-дхарму. Гопинатха, который был знаком с Махапрабху еще в Надии и относился к Нему с огромным почтением, заявил, что этот санньяси — не обычный человек. По этому поводу между Гопинатхой и Сарвабхаумой разгорелся спор. Затем Сарвабхаума попросил Махапрабху послушать, как он читает «Веданта-сутры». Махапрабху молча выразил Свое согласие.
В течение семи дней Чайтанья безмолвно слушал все то, что изрекал великий Сарвабхаума. Наконец Сарвабхаума сказал: «Кришна Чайтанья! Я думаю, что Ты не понимаешь „Веданта-сутры“, ибо Ты не произнес ни слова, слушая мое чтение и толкования».
На это Чайтанья ответил, что Он очень хорошо понимает сутры, однако Ему неясно, что имеет в виду Шанкарачарья в своих комментариях.
Удивленный таким ответом, Сарвабхаума сказал: «Как можно понимать смысл сутр, но не понимать комментарии, которые объясняют эти сутры? Ладно, раз Ты понимаешь сутры, позволь мне услышать Твое толкование».