С октября 1924 г. по июль 1926 г. работал комиссаром Военнохимических курсов усовершенствования командного состава РККА, затем два года возглавлял эти курсы. С октября 1928 г. по январь 1930 г. — начальник 3-го отдела Управления военно-учебных заведений РККА. С февраля 1930 г. находился в резерве РККА, работая деканом химического факультета Московского высшего технического училища (МВТУ) — до мая 1930 г. и директором Высшего химико-технологического училища (май 1930 г.— май 1932 г.). В 1930 г. окончил факультет советского права 1-го Московского государственного университета.
В июне 1932 г. возвращен в кадры РККА и назначен начальником и комиссаром Военно-химической академии, которой руководил до своего ареста. В 1936 г. удостоен ученой степени доктора педагогических наук (без защиты диссертации).
Арестовали Я.Л. Авиновицкого 27 августа 1937 г. Санкции прокурора на его арест в деле не имеется. На самом деле мытарства Якова Лазаревича начались еще задолго до ареста, так как после процесса над группой Тухачевского пошла такая волна доносов, что практически каждому из более или менее крупных руководителей РККА пришлось волей-неволей отбиваться от наветов и оправдываться, оправдываться... Писали о грехах действительных и мнимых, вспоминали прегрешения десяти и пятнадцатилетней давности, копаясь и находя их в «старом белье». Все эти разбирательства в виде протоколов собраний, докладных записок, писем и запросов накапливались в личном деле командира РККА и личном партийном деле того или иного члена партии. Яков Лазаревич Авиновицкий в этом плане не являлся исключением — и на него писали («капали»), и он оправдывался, бил себя в грудь и признавал ошибки.
В личном партийном деле Я.Л. Авиновицкого имеется полный набор упомянутых выше документов. Ясно просматривается, что доносы на него, направленные на имя наркома обороны и Политуправления РККА, в большинстве своем датированы июнем— июлем 1937 г. По каждому из них проводилось специальное разбирательство.
Так, в одном из таких «сигналов» сообщалось, что Авиновицкий в 1924 г. исключался из партии. Расследованием этого доноса занимался старший инструктор отдела руководящих политорганов Политуправления РККА полковой комиссар Н.А. Юнаковский. Разбирал он его, конечно, в духе времени, в свете «руководящих указаний». Соответственно и выводы были в духе времени. В своей докладной записке от 20 июня 1937 г., Юнаковский сообщает, что комиссия по чистке в 1924 г. исключила Авиновицкого из ВКП(б) «как разложившегося и проявившего себя как не коммуниста». Однако Московская областная контрольная комиссия снизила меру наказания, приняв следующее решение:
«В отмену постановления проверочной комиссии об исключении, считать проверенным, объявить ему выговор за мещанский уклон. Рекомендовать ПУРу снять его с занимаемой должности*, перебросив на низовую военную работу, использовав его по специальности как педагога»1
.Это был вывод 1924 г. А вот вывод по тому же вопросу образца 1937 г. (вывод полкового комиссара Юнаковского): «Тов. Авиновицкий как в служебных, так и в личных общениях вращался в кругу людей, оказавшихся врагами народа. Кроме того, Авиновицкий, судя по документам личного дела (подбор характеристик, отзывов и т.п.), показывает себя как человека с непартийными наклонностями». Согласитесь, что полковой комиссар выбрал достаточно мягкие формулировки...
В том же июне 1937 г. Военно-химическую академию проверяла комиссия, в которую входили и представители Политуправления РККА. Оценивая результаты работы академии, комиссия, естественно, давала оценку и деятельности ее начальника. В своей докладной записке о работе академии другой старший инструктор отдела руководящих политорганов — батальонный комиссар К.Г. Рябчий — указывал, что «начальник академии Авиновицкий, с точки зрения деловой, не может обеспечить учебную и научно-исследовательскую работу, как это требуется:
а) не имеет химического образования;
б) не имеет военного образования;
в) в войсках не служил.
В названных факторах инспектирующий Рябчий увидел причину вредительства со стороны Авиновицкого как в деле комплектования академии, так и в организации учебной и научно-исследовательской работы в ней. Еще больше изъянов Рябчий нашел у Авиновицкого с точки зрения политической. Как руководитель военно-учебного заведения Авиновицкий стал, оказывается, вызывать большие подозрения еще и потому, что:
1) не боролся за то, чтобы не иметь в академии врагов народа — агентов Тухачевского, Якира, Уншлихта. Были названы и фамилии этих самых агентов— сотрудников академии: Пискунов, И.Э. Белая-Якир (сестра командарма 1-го ранга
2) не проявлял достаточной скромности как коммунист — везде и всюду стремился выпятить свою роль в деле разоблачения врагов народа, а выступления некоторых коммунистов с критикой его деятельности представлял как борьбу врагов Советской власти против честного большевика;
3) не занял ведущего положении в развертывании критики и самокритики;