В декабре 1933 г. назначен командиром и комиссаром 4-й стрелковой дивизии. С февраля 1936 г. работал заместителем начальника 1-го отдела Генерального штаба РККА. В мае 1936 г. назначен начальником кафедры армейской операции вновь созданной Академии Генерального штаба. Репрессии против элиты Красной Армии задели косвенно его — с сентября 1937 г. он находился в распоряжении Управления по комначсоставу. С мая 1938 г. работал начальником кафедры оперативного искусства Академии Генерального штаба. В 1939 г., в начале войны СССР с Финляндией, с группой преподавателей академии он был командирован на фронт, где вскоре получил назначение начальником штаба 7-й армии.
После освобождения от должности и снижения в воинском звании Г.С. Иссерсон был назначен командиром фронтового кадрового полка. После окончания боевых действий Георгий Самойлович возбудил ходатайство о возвращении его на преподавательскую работу в академию. Этот вопрос, по всей видимости, обсуждался на самом «верху». Так, в личном деле Г.С. Иссерсона имеется записка следующего содержания: «Признать целесообразным допустить к преподавательской работе в Академии Генштаба т. Иссерсона. Поручить т. Ворошилову вызвать т. Иссерсона для дачи ему необходимых инструкций». На записке имеется резолюция И.В. Сталина: «Согласен. И. Ст.».
Там же в личном деле подшита копия приказа Народного комиссара обороны №064 от 10 июня 1940 г. о назначении Г.С. Иссерсона на должность начальника кафедры оперативного искусства Академии Генерального штаба РККА. Однако по каким-то нам неизвестным причинам этот приказ реализован не был и в момент ареста 7 июня 1941 г. полковник Г.С. Иссерсон числился состоящим в распоряжении Народного комиссара обороны СССР.
Обвинялся Г.С. Иссерсон в принадлежности к антисоветскому военному заговору (по показаниям арестованных в 1937—1938 гг.) в поддержании связи с троцкистами, в голосовании за троцкистскую резолюцию в 1923 г., а также в преступных действиях во время советско-финской кампании. Этот последний пункт в обвинительном заключении выглядит в следующей редакции:
«Находясь на финском фронте в должности начальника штаба 7-й армии, Иссерсон не организовал работу штабов и тыла, что явилось одной из причин неудачи атаки укрепленной линии белофиннов на Карельском перешейке, предпринятой 17 декабря 1939 г. и излишних потерь.
Вследствие неправильных расчетов на перегруппировку войск, сделанных Иссерсоном, части 7-й армии прибывали к исходному положению с запозданием...»19
Георгий Самойлович упорно защищался по всем пунктам обвинения. Из них последний (ошибки в руководстве штабом армии) для него являлся наиболее уязвимым. Под давлением старшего следователя Особого отдела батальонного комиссара Добротина он частично признает свою вину, заявив на допросе 10 сентября 1941 г.: «Я признаю себя виновным в том, что все свои оперативные соображения, расчеты были мной составлены без учета действительного состояния войск. Не зная состояния войск, я предложил форсированный срок наступления 17 декабря 1939 года, что было не реально, т.к. стрелковым дивизиям было предоставлено недостаточное время для проведения подготовки к прорыву (1—2 дня)»20
.Иссерсон был одним из талантливых операторов Красной Армии. По его трудам учились слушатели военных академий, он сам не раз планировал и контролировал, работая в Генеральном штабе РККА, оперативные игры и войсковые учения. Поэтому признание в слабом знакомстве со сложившейся обстановкой, в неумелых расчетах на перегруппировку войск означало признание своей полной некомпетентности, профессиональной непригодности, что было бы неправдой. Поэтому на суде 21 января 1942 г. начальник кафедры армейской операции Академии Г енерального штаба заявил несколько иначе, чем это было раньше. В протоколе суда записано:
«Находясь на финском фронте в должности начальника штаба 7 армии, я не организовал в достаточной мере работу штабов и тыла, что явилось одной из причин неудачи атаки укрепленной линии белофиннов на Карельском перешейке, предпринятой 17 декабря
1939 года и излишних потерь...
Действительное положение войск я знал, но в мои расчеты были внесены командующим армией (командармом 2-го ранга К.А. Мерецковым. —
Признаю, что 2-х дней для подготовки к прорыву укреплений противника было мало. Я должен был требовать больше, но время для этого устанавливал сам командующий армией.
Преступного, злого умысла у меня не было, а есть ошибка и за нее я понес наказание, меня снизили в военном звании и должности...»21