Вся конструкторская документация была передана серийному заводу, завершена подготовка производства и было начато изготовление деталей и узлов. Параллельно на созданной в ОКБ производственной базе начато изготовление и монтаж кинематического стенда. Скомплектованные поагрегатно детали и узлы с серийного завода передавались на сборку и испытания в ОКБ. Сборка, и испытания шли практически в круглосуточном режиме - многие технические специалисты, в т.ч. главный конструктор, ведущие конструктора работали круглосуточно. Наконец первый комплект шасси был собран и испытан, смонтированы все системы. И вот первый (и к счастью единственный) удар судьбы - на стенде выявился конструктивный дефект основной опоры шасси - мощность привода системы разворота тележки шасси оказалась недостаточной, система не функционировала. Под угрозой стало начало летных испытаний и само существование самолета. Генеральным конструктором совместно с И.А. Бережным было принято решение - начать первый этап летных испытаний без уборки шасси и одновременно найти конструктивное решение по устранению выявленного дефекта. Для обслуживания шасси в процессе летных испытаний в ОКБ было создано специальное подразделение, возглавляемое В.И. Хохотовой.
Задача по ликвидации выявленного дефекта системы разворота-поворота основной опоры была успешно решена, разработана документация по ее доработке, позволявшая на серийном заводе ставить новые узлы, и собрана практически новая основная опора, проведена ее успешная отработка на кинематическом стенде. Наступил этап подготовки самолета к полному комплексу летных испытаний, которым предшествовала отработка модернизированного шасси в составе самолета - отработка системы уборки-выпуска шасси, "укладка" шасси в нишу, устранение выявленных недостаточных зазоров между конструкцией шасси и элементами планера, нивелировка самолета. Вся отработка была завершена, и генеральный конструктор подписал акт о полной готовности шасси к проведению комплекса летных испытаний.
Необходимо также отметить, что при подготовке к летным испытаниям серийный завод завершил изготовление комплектов шасси для статических, копровых и повторно-статических испытаний, а ОКБ на базе СибНИИ и ЦАГИ провели требуемый объем испытаний, предшествующий началу летных испытаний самолета.
Большой объем работ по авиационному боевому комплексу Т-4 был проведен в НИИАС. Среди них надо отметить: математическое моделирование, которое обеспечило выбор сложной аэробаллистической траектории и параметров системы управления и стабилизации; отработка БЦВМ "Аргон",; полунатурное моделирование на стенде СНАУ "Централь, в которую входило ИНС, БЦВМ и автопилот; полунатурное моделирование активной РЛГС на двухстепенном стенде с двумя подвижными каретками для отработки режима селекции цели на участке самонаведения ракеты на цель; полунатурное моделирование радиоэлектронного комплекса самолета в составе кабины с полным комплектом систем индикации и управления, реальной аппаратуры информационно-управляющей системы в виде закабинного технического отсека, включая РЛС "Прогресс", для которой имитировались условия работы по цели типа "авианосец"; полунатурное моделирование процесса подготовки ракеты Х-45 к пуску, с использованием экспериментальной ракеты со штатным комплектом аппаратуры.
В результате проведенных работ были выданы положительные заключения на первый полет самолета в режиме навигации и целеуказания на пуск ракеты Х-45. Большое участие в работе по комплексу Т-4 приняли работники НИИАС: Е.А. Федосов, В.А. Стефанов, П.Ф. Клубникин, И.В. Логвинов, К.А. Пупков, В.А. Кислицин, Ю.Г. Макаров, В.И. Широченко, В.В. Инсаров, В.И. Червин, О.В. Комендант, З.Ф. Галицкая, И.К. Волков, А.А. Гречухин, Л.И. Вачаев, Б.П. Топоров, О.С. Коротим, Ю.А. Белоусов, И.И. Копошилко и др.