Позже Центру Визенталя пришлось признать, что Чавес не обвинял евреев в убийстве Христа и захвате богатств. Под «меньшинствами» он подразумевал правящий класс Венесуэлы, фактически изгнавший Боливара в ссылку в Колумбию, а также нынешнюю глобальную систему, которая обеспечила концентрацию мировых богатств у десяти процентов населения. Тем не менее кампания на тему антисемитизма Чавеса продолжалась, несмотря на отсутствие доказательств. Она усиливалась всякий раз, когда Чавес выступал в поддержку Ливана против Израиля или против атак «возмездия» в секторе Газа. Проявление солидарности президента Венесуэлы с Палестиной и Ливаном неизменно откликалось эхом обвинений в антисемитизме. 15 января 2009 года в знак протеста против проведения очередной военной операции в секторе Газа, когда число жертв превысило тысячу человек, Венесуэла прервала дипломатические отношения с Израилем. Ещё раньше, 6 января, Чавес объявил персоной non grata израильского посла Шломо Коэна.
Как раз в этот кризисный период отношений произошла так называемая «профанация» синагоги в Каракасе. Би-би-си подала инцидент следующим образом: «В столице Венесуэлы группа вооружённых людей осквернила синагогу, призывая к депортации евреев из страны. Около пятнадцати вооружённых мужчин ворвались в храм, размалевали стены антисемитскими и антиизраильскими лозунгами и осквернили Священное Писание. Банда связала охранников и блокировала синагогу в течение нескольких часов. “Ещё никогда в истории еврейской общины Венесуэлы мы не становились мишенью подобной агрессии, — сказал президент Еврейской ассоциации страны. — Обстановка очень напряжённая”».
Венесуэльские органы начали расследование, а на боливарианское правительство тем временем обрушилась волна протестов. Абрам Леви, директор Конфедерации израильских ассоциаций в Венесуэле, заявил, что нападение на синагогу было вызвано «антиеврейской позицией правительства (Чавеса) в отношении войны Израиля против Палестины». Представители еврейской общины провели манифестацию у представительства ООН в Каракасе под лозунгом «Ненависть порождает ненависть». Дипломаты США, Франции, Канады, Германии, Чехии и Финляндии посетили синагогу, чтобы выразить свою солидарность. В США конгрессмены подготовили и направили в адрес Чавеса послание, в котором осудили атаку на синагогу и потребовали «положить конец запугиванию еврейской общины в Венесуэле». Прозвучало ещё много заявлений по этому поводу с лейтмотивом: «Такое надругательство могло произойти только с согласия высшего руководства страны».
Венесуэльские полицейские выполнили свою работу быстро. Обвинительная шумиха ещё набирала силу, когда министр внутренних дел Тарек Эль Айссами сообщил о результатах расследования. Главарём нападения на синагогу был полицейский Эдгар Кордеро, до последнего времени — телохранитель раввина Исаака Коэна. В этой авантюре его сопровождали восемь экс-агентов различных органов полиции, два уголовника и охранник синагоги. Кордеро хорошо знал электронную систему охраны здания, поэтому «вторжение» произошло без осложнений. Сигнализация была отключена изнутри охранником, другом Кордеро. Были повреждены некоторые предметы культа, а на стены кое-где нанесены граффити «антиеврейского характера». Всё это для ^ого, чтобы обозначить в качестве виновников вторжения «ультралевые организации» (Colectivo La Piedra, UPV и другие группы), «сотрудничающие с режимом». По версии следствия, реальной целью Кордеро было похищение 200 тысяч боливаров из сейфа синагоги. Бывший телохранитель просил у раввина деньги в долг, но получил отказ и, восприняв это как личное оскорбление, решился на грабёж, замаскировав его под антисемитский налёт.
Ассоциация израильтян в Венесуэле выразила благодарность Чавесу за быстрое расследование. Однако большая часть его обвинителей предпочла отмолчаться.
Особенно резко против Израиля Чавес выступил 2 июня 2010 года, затронув острую для того момента тему — атаку израильского спецназа против «Флотилии свободы», которая пыталась доставить гуманитарную помощь в сектор Газа: «Правительство Обамы осуждает терроризм. Но только если он не совершается ими самими. Самими США или их союзником — Израилем. Нас осуждают, нас, меня, в том, что мы породили терроризм. Тогда как это они сами порождают терроризм. Я пользуюсь случаем, чтобы снова осудить их. Всей душой и всем своим существом. Я проклинаю Израиль. Будь ты проклято, государство Израиль!.. Да здравствует свободная Палестина! Да здравствует палестинский народ!.. Теперь посмотрите на венесуэльскую оппозицию, которая ничего не сказала против Израиля, нет! Потому что Израиль финансирует венесуэльскую оппозицию! Он финансирует контрреволюцию! Даже есть террористические группы МОССАДа, которые меня обкладывают со всех сторон, чтобы убить… Чтобы попытаться меня убить. Вот что нам угрожает».