Ряд норм Федерального закона направлен на совершенствование механизма реализации отдельных прав и законных интересов осужденных. Так, теперь даже в обстановке режима особых условий в исправительных учреждениях не может ограничиваться деятельность медико-санитарных служб, тем самым осужденным гарантируется право на оказание медицинской помощи (ч. 2 ст. 85 УИК РФ). В ч. 4 ст. 89 УИК РФ конкретизирован порядок осуществления осужденными к лишению свободы права на получение юридической помощи. Для этого предусматривается предоставление свиданий с адвокатами или иными лицами, имеющими право на оказание юридической помощи, без ограничения их числа продолжительностью до четырех часов. По заявлению осужденного свидания с адвокатом предоставляются наедине, вне пределов слышимости третьих лиц и без применения технических средств прослушивания.
В ч. 2 ст. 91 УИК РФ внесены изменения, предоставляющие осужденному возможность бесцензурной переписки не только с судом, прокуратурой, вышестоящим органом УИС и Уполномоченным по правам человека в РФ, но и с уполномоченным по правам человека в субъекте РФ, общественной наблюдательной комиссией, Европейским судом по правам человека.
Закон предоставляет всем осужденным к лишению свободы более широкую возможность использования телефонной связи для общения с близкими (ст. 92 УИК РФ), устанавливает минимальные стандарты обеспечения осужденных индивидуальными средствами гигиены (ст. 99 УИК РФ), обеспечивает выдачу осужденному при освобождении паспорта (ст. 173 УИК РФ). Теперь в срок нахождения осужденных в обычных условиях (в строгих условиях) исправительных учреждений засчитывается время содержания осужденного под стражей в следственном изоляторе, если к нему применялась соответствующая мера пресечения и не применялось дисциплинарное взыскание в виде водворения в карцер (ст. 122, 124, 127, 130, 132 УИК РФ).
В Законе расширены права и заметно гуманизированы условия отбывания лишения свободы для отдельных категорий осужденных, в частности в отношении осужденных женщин (ч. 1 ст. 98, ч. 4ст. 100, ч. 7 ст. 117, ч. 3 ст. 121 УИК РФ), а также несовершеннолетних осужденных (ч. 9 ст. 74, ч. 3 ст. 141 УИК РФ).
В 2004 г. уголовно-исполнительное законодательство было уточнено в связи с проводимой в стране административной реформой. Так, в соответствии с Указом Президента РФ от 9 марта 2004 г. № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» (в ред. от 20 мая 2004 г.) была создана Федеральная служба исполнения наказаний. Закрепление правового статуса этого органа потребовало внесения соответствующих изменений в УИК РФ и, особенно, в Закон РФ от 21 июля 1993 г. № 5473-1 «Об учреждениях и органах, исполняющих уголовные наказания в виде лишения свободы».
С 1 января 2005 г. в соответствии с Федеральным законом от 28 декабря 2004 № 177-ФЗ «О введении в действие положений Уголовного кодекса Российской Федерации и Уголовно-исполнительного кодекса Российской Федерации о наказании в виде обязательных работ» началось практическое исполнение уголовного наказания в виде обязательных работ.
На дальнейшее совершенствование правового регулирования исполнения исправительных и обязательных работ, содержания в дисциплинарной воинской части и лишения свободы были направлены поправки, внесенные в УИК РФ в 2005 – 2007 гг.
Значительное изменение принципов и форм привлечения к труду осужденных к лишению свободы предусматривает Федеральный закон от 6 июня 2007 г. № 91-ФЗ. Согласно данному Закону в исправительных учреждениях вместо предприятий будут созданы центры трудовой адаптации осужденных и производственные (трудовые) мастерские. Основными задачами этих структурных подразделений исправительных учреждений выступают организация трудового воспитания осужденных путем привлечения их к общественно полезному оплачиваемому труду, создание условий для их моральной и материальной заинтересованности в его результатах, восстановление и закрепление профессиональных и трудовых навыков осужденных, необходимых им для последующей скорейшей адаптации в обществе.