Вместе с кадрами уходил, а порой и совсем утрачивался уникальный опыт, связанный с нюансами, тонкостями розыскной работы, в частности, по методике сбора доказательств для разоблачения преступников, по использованию разнообразных форм учета, которые всегда имел под рукой опытный оперативник, но самое главное – были утрачены оперативные позиции в криминальной среде.
В 1990-е и начале 2000-х годов продолжалась реорганизация подразделений ГУВД и создание новых подразделений, которые были необходимы для новых реалий. На рубеже конца 1980-х – начала 1990-х годов XX века проблема защиты исторического и культурного наследия народов России от различного рода преступных посягательств, хищений, незаконных перепродаж и вывоза за пределы государства приобрела особую остроту. Анализ совершенных преступлений показывал, что они становились все более дерзкими, а в большинстве случаев имели тщательную подготовку и носили заказной характер. Все чаще действия преступников были сопряжены с насилием над личностью и разнообразием объектов преступного посягательства. Если в 1989 году в России было зарегистрировано 375 хищений антиквариата, то в 1993 году – 4796 преступлений. Если материальный ущерб от преступных посягательств в 1995 году (только по официальным цифрам) составил около 10 миллиардов рублей, то в 1996 году он превысил уже 155 миллиардов, а с позиции утраты национального и культурного наследия ущерб был просто невосполним.
Постановлением Правительства РФ № 266 1992 года и последующим приказом МВД РФ № 49 от 5 февраля 1993 года было принято решение о создании в системе министерства специализированных подразделений уголовного розыска по борьбе с хищениями культурных и исторических ценностей. 8 апреля 1993 года приказом № 118 начальника ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области генерал-майора внутренней службы Аркадия Крамарева в Управлении уголовного розыска службы криминальной милиции был создан отдел по борьбе с хищениями культурных ценностей на территории города и области.
За пятнадцать лет своего существования вначале 12 отдел, а в настоящее время 9 («антикварный») отдел УУР КМ ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области занимает ведущие позиции среди специализированных подразделений в системе МВД Российской Федерации по борьбе с хищениями культурных ценностей из Государственного Русского музея, Российской национальной библиотеки, Российского этнографического музея, Кунсткамеры, Академии художеств, Военно-исторического музея, Государственного музея истории Санкт-Петербурга, Государственного Эрмитажа, из храмов и частных коллекций. За преданность делу служения России по сохранению культурных и исторических ценностей многие сотрудники отдела были награждены государственными наградами, наградами Русской православной церкви и общественных организаций.
С 5 апреля 1993 года при ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области функционирует Бюро регистрации несчастных случаев, которое является самостоятельным структурным подразделением и подчиняется начальнику криминальной милиции ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области.
В 1990-х годах оперативные подразделения ГУВД вплотную столкнулись с такими дерзкими преступлениями, как заказные убийства, всегда имеющими общественный резонанс. В связи с переделом государственной и частной собственности, разборками по поводу сфер влияния между организованными преступными группировками пик убийств по найму пришелся на 1997 год. Причем из 53 совершенных таких убийств ни одно не было раскрыто. В 1998 году было совершено 38 убийств, имеющих признаки заказа, раскрыто всего лишь 3.
На столь негативную тенденцию не отреагировать было просто нельзя. По инициативе начальника УУР А. А. Смирнова приказом № 175 от 22 марта 1999 года начальника ГУВД генерал-лейтенанта милиции Виктора Власова в структуре Управления уголовного розыска был создан специализированный отдел по раскрытию заказных убийств со штатом 23 сотрудника.
Результат не замедлил сказаться. Уже в 1999 году сотрудники отдела раскрыли 21 заказное убийство (10 – текущего года и 11 прошлых лет). Всего за период с 1999 года и по настоящее время раскрыто 125 убийств по найму и приготовлений к ним.
В августе 1999 года сменила свой адрес специальная средняя школа милиции МВД России. Из Стрельны она переехала в Петродворец, передав Троице-Сергиевской пустыни Санкт-Петербургской епархии здания и сооружения, которые занимала с мая 1954 года.