Тем временем, в Тбилиси к концу 1991 года — противоречия между бывшими союзниками по диссидентскому движению, один из которых, Звиад Гамсахурдиа стал президентом страны — достигли такого уровня, что в Тбилиси вспыхнули уличные бои. Гонгадзе, увидев это, просто сел в самолет и полетел к Тбилиси к отцу, который был командиром крупного вооруженного формирования. Запомните этот момент — отец Георгия был даже не рядовым бойцом, а командиром бандформирования. Потом это сыграет свою роль.
В Тбилиси — у Георгия был автомат, но вопрос, участвовал ли он в боях — оставался открытым. Кто говорит, что участвовал, кто — что выносил раненых с поля боя и доставлял их в больницу. Мать Георгия, Леся, по профессии медсестра — работала в госпитале, ухаживала за ранеными. Отец же Георгия, Руслан — к тому времени уже был смертельно болен раком. Гия вывез его в Киев, положил в больницу — но спасти уже не сумел.
1992 год — Георгий живет, разрываясь между двумя городами, Киевом и Тбилиси: ему надо спасти, а потом и похоронить отца, вывезти из разрываемой войной Грузии в относительно благополучную Украину мать, организовать помощь Украины Грузии, для чего привлечь в Киеве внимание к происходящей в Грузии трагедии. Гия прорывается на телевидение, показывает отснятый в Тбилиси материал. Тут есть еще один момент, относительно которого ничего нельзя утверждать достоверно. Георгий Гонгадзе имеет давние связи с самой радикальной частью украинских националистов, возглавляемых Анатолием Лупиносом. Они знают его по львовскому университету, по стычкам с милицией на львовских улицах — а он знает их. В середине 1992 года — ядро украинских националистических формирований возвращается из Приднестровья, разжившись оружием — и почти сразу оказывается в Тбилиси, причем при негласной поддержке грузинского правительства. Кто мог связать грузинское правительство и боевиков Лупиноса? Самый вероятный вариант — Георгий Гонгадзе.
Тем временем, в Грузии на смену старой войне приходит новая. Не успев отделиться от СССР — Грузия с удивлением обнаруживает, что Абхазия, Северная Осетия, Аджария — тоже хотят реализовать на практике право наций на самоопределение. Наиболее серьезные боевые действия начинаются в Абхазии — там, на стороне абхазов воюют бойцы КГНК (Конфедерация горских народов Кавказа), в рядах которой получает первый боевой опыт некий Шамиль Басаев и неофициально — российские военнослужащие. На стороне Грузии — замечены украинские националисты. Георгий снова приезжает в Грузию и едет в Абхазию, снимать фильм об этой войне. Чтобы получить деньги на съемки фильма, он продает свой автомат.
Ключевые события грузино-абхазской войны происходят в 1993 году — после заключения перемирия, отвода грузинскими вооруженными силами тяжелой техники — абхазы, ни с кем не согласовав, вероломно нарушают мирные договоренности и переходят в наступление на Сухуми. В Сухуми — оказывается застигнутым врасплох президент Грузии, Эдуард Шеварднадзе, возникает реальная опасность для его жизни. Шеварднадзе — удается вытащить только российской Альфе…
Георгий Гонгадзе во время штурма Сухуми — находится на передовой, получает тяжелое ранение и чудом остается жив. Его вывезли из Сухуми последним авиарейсом — после этого аэропорт Бабушары был блокирован. Человек, который его спас, Константин Алания (Коба), сухумский грузин — тоже спасется, переедет в Киев и будет другом Георгия до самой трагедии.
После падения Сухуми — Георгий Гонгадзе уже навсегда перебирается в Украину. В 1993–1994 годах он был главным режиссёром творческого объединения «Центр Европы», на львовском телевидении выходила его программа «Монитор», сотрудничал с газетой «Пост-Поступ» (газета радикальных националистов). В этот период создал документальные фильмы «Боль земли» (1993), «Тени войны» (1994), «Колыбель» (1995), «Хранители мечты» (1996). В 1995 году он знакомится со студенткой ЛГУ Мирославой Петришин, знакомство заканчивается браком. В семье Гонгадзе рождаются близнецы — Нана и Соломея.
В 1995 году Георгий и Мирослава переехали в Киев, начали работать на телевидении.
В 1996–1997 годах Георгий работал ведущим телепрограммы «Окна-Плюс» на СТБ. В начале 1998 года был ведущим программы «Мой» телерадиокомпании «Гравис». В 1998–1999 годах был фактически безработным. С 1 октября 1999 года начал вести ежедневную информационную программу «Первый тур с Георгием Гонгадзе» в прямом эфире радиостанции «Континент». Кроме того, Гонгадзе работал и политтехнологом, в частности у радикально левого кандидата Натальи Витренко (сам при этом, будучи радикально правым), он же участвовал в скандальных выборах в Виннице. Надо отметить, что за все то время, пока Георгий Гонгадзе жил в Киеве — он не нашел себе более — менее стабильной работы, не накопил денег, не купил жилплощадь. Стабильности в его жизни — не было никогда.