Одновременно возобновила свою деятельность и сеть территориальных органов НКВД и НКГБ УССР. Основными структурными подразделениями НКВД УССР были управления: по борьбе с бандитизмом; по делам военнопленных и интернированных; милиции; пожарной охраны; тюрем; исправительно-трудовых лагерей и колоний; местной ПВО; государственных архивов; шоссейных дорог; хозяйственное управление.
3 марта 1946 г. НКВД и НКГБ были преобразованы в Министерство внутренних дел СССР (МВД) и Министерство государственной безопасности СССР (МГБ). 5 марта 1953 г. МВД и МГБ были объединены в одно МВД. Такие же кадровые изменения произошли и в УССР.
С лета 1946 г. против ОУН-УПА началось проведение широкомасштабных акций силами всех подразделений и органов МВД УССР. К этому привлекалось и местное население, которое иногда и принудительно включали в истребительные батальоны. К июню 1946 г. в этих батальонах насчитывалось до 35 тысяч человек.
Согласно директиве МВД УССР от 15 июля 1946 г., в западных областях Украины были начаты «специальные операции»: физическое уничтожение руководителей подполья ОУН и командования УПА с помощью двойных агентов; создание «параллельной агентурной сети» (деятельность секретных сотрудников МВД, МГБ и их агентов под видом подполья ОУН); перевод многих оперативников в категорию «негласных работников» (обычно они работали под видом представителей всевозможных заготовительных организаций или добровольных товариществ в больших городах, имея агентуру численностью 30-40 человек в прилегающих районах).
28 января 1947 г. вышло секретное постановление Совмина СССР, по которому вся дальнейшая борьба с националистическими движениями относилась исключительно к компетенции органов госбезопасности. Принятые от МВД западных областей Украины отделы по борьбе с бандитизмом и отделения второго отдела МВД УССР были реорганизованы в единые отделы. Всего МГБ было передано 1617 оперативных работников, агентурная сеть численностью 17 945 человек, оперативный учет на 12 714 участников подполья, оперативные внутренние войска МВД (более 25 тысяч человек), а также истребительные батальоны (свыше 35 тысяч человек). В органах же МВД на Западной Украине осталось всего 312 человек оперативного состава уголовного розыска милиции. То есть в каждом из 206 административных сельских районов работой по борьбе с уголовной преступностью занимался один оперативник уголовного розыска и по одному участковом уполномоченному на три-пять сел.
Постепенно НКВД и партийные органы стали привлекать к борьбе с бандитами и население Западной Украины. В соответствии с решением ЦК КП(б) Украины от 1 июня 1948 г. с целью «охраны государственной и кооперативно-колхозной собственности и сельского актива» органы МВД стали создавать вооруженные группы для охраны общественного порядка (ГООП). Истребительные батальоны, подчиненные МГБ, ликвидировались, а их личный состав вместе с вооружением передавался в ГООП. На 1 января 1949 г. в УССР действовало уже 6437 таких групп общей численностью 86 527 человек. Поначалу их вооружили трофейным оружием, а затем ГООП получили 15 тысяч винтовок со складов МВД СССР. Всего в ГООП насчитывалось 50 226 единиц оружия, в том числе 330 ручных пулеметов, почти 3 тысячи автоматов, 46 тысяч винтовок, более тысячи пистолетов.
НКВД активно создавал и агентурную сеть. По состоянию на 1 июля 1945 г. на учете органов НКВД западных областей Украины состояло 175 резидентов, 1196 агентов и 9843 информатора. Всего 11 214 человек. НКГБ располагало значительно большей агентурной сетью. Только в Станиславской области на 25 июля 1946 г. в нее входило 6405 человек, в том числе агентов — 641, резидентов — 142, информаторов — 5572, содержателей явочных и конспиративных квартир — 50. С 1 января 1945 г. по 1 июля 1946 г. НКГБ завербовало 5671 человека, в том числе 596 агентов, 93 резидента, 4941 информатора и 41 содержателя явочных и конспиративных квартир.
Основной задачей НКВД и НКГБ являлась ликвидация первых лиц областных, надрайонных и районных Проводов ОУН, командиров УПА, уничтожение боевых групп и службы безопасности ОУН.
Безусловно, это были правильные меры, но доктринеры-коммунисты не учитывали ни национальный фактор, ни психологию людей. Они явно путали Западную Украину с Тамбовской губернией. В ходе боевых действий с тамбовскими бандитами с обеих сторон действовали русские люди, и разжигание национальной ненависти было невозможно. А на Западной Украине националисты в ответ на любые акции НКВД или Красной Армии твердили местному населению — вот, мол, пришли москали, которые хотят нас всех перебить.
В сложившихся условиях даже введение постов или групп военных в село не гарантировало безопасности мирных граждан, лояльных к новой власти. Придут ночью бандиты, убьют человека, и ищи их в лесу.