Только с началом Северной войны – в 1700 г. начались работы по приведению крепости в боеспособное состояние. Но и эти работы велись, по преимуществу, силами гарнизона и местного населения, что делало их малоэффективными.
Чтобы противодействовать русскому наступлению в Карелию и Ингерманландию был направлен 6-тысячный корпус под командованием генерал-майора Абрахама Крониорта (Abraham Cronhjort). Шведские войска расположились лагерем перед Ниеном и спешно стали готовить крепость к обороне – восстанавливать старые и строить новые укрепления. Основной упор был сделан на завершение сооружения укрепленной линии с тремя бастионами между Невой и Охтой, к югу от цитадели. Для защиты подступов к крепости с запада на левом берегу Невы вокруг Спасского села так же были возведены валы.
Как видно из так называемой карты генерала Крониорта 1698 г., перед войной у подступов к крепости с юга и востока планировалось соорудить еще три небольших форта. Однако планы укрепления крепости требовали значительного времени и средств.
Вскоре после штурма и падения Нотеборга, в Ниеншанц прибыли беженцы, преимущественно больные и раненые. Это усилило панику в городе. Крониорт спешно отвел войска в Финляндию, бросив в Ниене весь провиант. Как сообщал впоследствии один из очевидцев событий – последний ректор ниенской школы Габриэль Хинкель – город Ниен «…с церковью и школой был 20 октября 1702 г. из страха перед врагом нашими собственными офицерами превращен в пепел», а жители его удалились в Выборг.[85] Правда, существуют и другие, полулегендарные сведения о судьбе обитателей города. Они сообщают о том, что после разрушения Ниена его жители разбрелись, часть их была захвачена в плен, и некоторые девицы поступили в услужение к семействам государевой свиты.[86]
По сведениям русских лазутчиков: «…неприятель, после того, как встревожен был, опасался осады, весь город без фортификации сущей против шанца выжег, и больше двух дней в городе горело». В третьем выпуске январских Ведомостей 1703 г. сообщалось – «… ноября 18 день… полковник Апполов, губернатор Нового Шанца, увидев, что сей город осажден быти имел, оный сжечь приказал, как и магазин, который там собран был к пропитанию войска на 4 месяца».[87] Таким образом, уже 18–20 ноября 1702 г. город Ниен прекратил свое существование. Гарнизон ожидал подхода русских войск со дня на день, а городские строения, как об этом многократно говорилось ранее, могли быть использованы штурмующими в качестве укрытия на подступах к крепости.
Решение об уничтожении города и складов с провиантом принял комендант крепости Иоганн Апполов, опасавшийся внезапного появления русских войск. Он понимал, что островная фортеция Нотеборг имела куда более надежные укрепления, чем Ниеншанц, где в боевом состоянии, к тому времени была только одна цитадель. Перед штурмом весь гарнизон крепости состоял из 700 солдат, при этом 150 из них должны были оборонять вновь созданные внешние укрепления. В крепости имелось 70 чугунных и 5 медных орудий разных калибров, а также 3 мортиры.
С русской стороны, с началом новой кампании – в конце апреля 1703 года, у Шлиссельбурга были сосредоточены значительные силы, включавшие: Преображенский и Семеновский полки, а также другие подразделения. После получения царского указа 23 апреля двадцатитысячный корпус под командой фельдмаршала Б.П. Шереметева выступил из Шлиссельбурга по северному берегу Невы к Ниеншанцу. В его составе были: генерал Репнин, генерал-майор Чамберс и генерал-майор от артиллерии Брюс. 24 апреля войска остановились в 15 верстах от крепости.[88]
В ночь на 25 апреля двухтысячный отряд под командованием подполковника Нейдгарта и капитана Глебовского совершил по Неве разведывательный рейд к Ниеншанцу.
26 апреля основные силы русских войск подошли к городу и расположились за внешним валом, служившим защитой от пушечной и ружейной стрельбы. Часть войск переправилась на правый берег Охты, выйдя на место сожженного Ниена, напротив крепости, и заняла здесь позиции. В результате, Ниеншанц был взят в полную осаду с суши. Вскоре прибыли ладьи, задержавшиеся из-за ледохода на Неве. Они доставили осадную артиллерию -16 мортир и 48 пушек с боезапасом в 10 тысяч бомб и ядер и другую амуницию.
В тот же день из Шлиссельбурга в обозе прибыл Петр I, под видом бомбардирского капитана. Впервые увидевший Ниеншанц Петр писал Меншикову: «Город гораздо больше, чем сказывали, однако же не будет со Шлиссельбургом».[89] Штурм двух бастионов, обращенных к югу, силами 2000 человек был отбит гарнизоном. Поэтому, чтобы безопасно приблизиться к укреплениям, войска под руководством генерал-инженера Чамберса, под покровом ночи, стали рыть траншеи в 20–30 саженях от крепости. Неприятель препятствовал этому пушечной стрельбой.