С марта 1919 года ввели деление бронепоездов на легкие, вооруженные 76-мм орудиями, тяжелые — со 107-мм орудиями и особого назначения — с орудиями калибра 152 мм и выше, причем последние являлись, в сущности, железнодорожной артиллерией и выполняли ее задачи. Согласно инструкции, броневой поезд включал две части: боевую, в составе легкого поезда № 1 (две бронеплощадки с 3-дюймовыми орудиями и бронепаровоз) и тяжелого № 2 (две, по возможности бронированные, площадки с 4- или 6-дюймовыми орудиями и полубронированный паровоз), и резервную (база) — поезд № 3 (обычный состав для перевозки бронепоездной команды и имущества). В реальном воплощении структура получилась громоздкой и малопригодной. Командиры бронепоездов по недостатку опыта и знаний нередко пускали в ход всю мощь боевой части по целям, для подавления которых было достаточно пулеметов. В итоге на практике поезда № 1 и 2 использовались раздельно, как самостоятельные боевые единицы.
В организационном отношении бронепоезд являлся воинским подразделением, включавшим в себя боевую часть и базу. Боевая часть состояла из бронированного локомотива, 2–4 броневагонов (бронеплощадок), 2–4 платформ прикрытия (контрольных) и платформы ПВО.
Паровоз находился посредине, между броневагонами, как правило, тендером к противнику. Перед броневагонами устанавливались (спереди и сзади) по 1–2 платформы прикрытия от подрыва на минах и для перевозки ремонтно-восстановительных средств. В хвостовой части располагалась платформа ПВО с установленным на ней зенитным орудием.
На паровозе (серии О) оборудовалась боевая рубка командира бронепоезда со средствами связи и управления огнем, а на его тендере, в башне — зенитный пулемет. Броневагоны вооружались одной или двумя одноорудийными башнями, установленными на крыше, и пулеметами по бортам (в количестве 4–8 штук).
База бронепоезда состояла из паровоза и нескольких пассажирских и товарных вагонов и платформ, в которых размещались: штаб, личный состав, санчасть, мастерская, клуб и возимые запасы. На платформах перевозились бронеавтомобили и транспортные машины. Во время боя база следовала за боевой частью вне досягаемости огня артиллерии противника.
Бронепоезда деморализовывали неприятельские войска, поэтому использовалось все для их нейтрализации. Противник, как правило, старался их уничтожить, а так как в случае захвата команде рассчитывать на снисходительность не приходилось, то дрались до последнего, спасая бронепоезд, а вместе с ним и себя. Наибольшие потери эти мощные боевые единицы несли в обороне или при прикрытии отходящих войск.
Поначалу тактики броневых сил не существовало. Бронепоезда бросали в самое пекло сражений с азартом, подчас переходившим разумные рамки риска. Для стабильной обороны бронепоезда использовались крайне редко, а в основном применялись как ударное наступательное средство. Притом на протяжении всей гражданской войны проявлялась тенденция к массированному их использованию. Так, в контрнаступлении под Петроградом в октябре 1919 года 7-я армия задействовала 6 бронепоездов («Черноморец», № 38, 45, 89, «Ленин», «Володарский»). Осенью 1919 года только в подчинении Южфронта находилось 53 бронепоезда. При ликвидации Врангеля в Северной Таврии войска Южного фронта располагали 17 бронепоездами, противник — 19. В последовавшей затем Перекопско-Чонгарской операции соотношение изменилось: 17 и 14 соответственно.
В 1920 году Западный фронт имел 15 бронепоездов против 10 польских. В июне — июле при проведении Ро- венской операции 1-я Конная бросила в бой — 5, а 12-я армия — 6 «сухопутных броненосцев». Но наиболее значительная их концентрация была достигнута в результате формирования Заднепровской бригады бронепоездов («Память тов. Свердлова», № 8, 9, 10, «Грозный», «Спартак», «Освободитель», «Память тов. Урицкого», «Память тов. Иванова», «Борец за свободу») под командованием С. М. Лепетенко, в оперативное подчинение которой придавались составы «Буря», «имени командарма Худякова», «Смерть Директории», «имени Ворошилова», «Смерть паразитам». Конечно, экипажи наших бронепоездов несли большие потери, однако и у противника они были значительными. Например, только в ходе контрнаступления Южфронта (1919 г.) в районе Орла, Воронежа, Курска 10 из 19 деникинских бронепоездов были захвачены красноармейцами практически целыми. В ходе встречного сражения севернее Бахмута (декабрь 1919 г.) стали трофеями все 5 бронепоездов ударной группы Добрармии. В Красноярской операции таких трофеев было уже 10, а в Северо-Кавказской — 23.