Разобщенность трудящихся по отраслям и регионам усиливала роль корпоративной солидарности внутри предприятия и отрасли. Но границы и противоречия этой корпоративной солидарности слишком очевидны. Оказываясь заложником патернализма, рабочее движение не смогло реализовать свой потенциал. Забастовки, голодовки и демонстрации стали частью повседневной жизни и... все оставалось по-старому.
Тем временем директорский корпус постепенно утрачивал прежнее единство. В нем наблюдалось явное расслоение. Часть высших административных кадров вошла в состав новой «обуржуазившейся» номенклатуры, сосредоточив в руках огромную собственность и власть. Другая часть административного персонала, и даже директоров, напротив, оказалась более тесно связана со своими работниками в общем противостоянии «новым порядкам».
Тот факт, что коллектив сталкивался в одно и то же время с разными типами конфликтов, надолго предопределил сосуществование двух типов профсоюзов. Зачастую одни и те же люди состояли в двух профсоюзах сразу или постоянно переходили из одного в другой. Шахтеры раньше и лучше других поняли необходимость совместных действий конкурирующих профсоюзов. В Киселевске летом 1994 г. во время стачки на шахте № 12 рабочие потребовали от обоих профсоюзов объединить действия горняков Киселевска и Прокопьевска, чтобы совместными усилиями «давить» на правительство. Контакты и совещания представителей обоих шахтерских профсоюзов на местах стали обычной практикой, несмотря на сохраняющееся соперничество. Показательно, что и руководство компании «Росуголь» вместо того, чтобы противопоставлять друг другу и этим ослаблять профсоюзы, склонно было вести с ними совместную работу в рамках общеотраслевого корпоративного сотрудничества.
Ослаблению «альтернативных» профсоюзов способствовала и «прорыночная» идеология, которая, ориентируясь на «западные» образцы поведения, делала их абсолютно не готовыми решать проблемы реально существующего постсоветского рынка. По мере нарастания проблем в «альтернативном» профдвижении усиливался идеологический кризис. Стачкомы и «рабочие комитеты», возникшие в 1990—1991 гг., тоже не смогли развить свой успех. Большая часть их кадров либо покинула ряды рабочего движения, либо составила основу «альтернативной» профбюрократии. В 1992— 1993 гг. возникло большое количество новых стачкомов, главным образом по инициативе профсоюзов, входящих в ФНПР. Но и эти стачкомы не всегда можно было считать выразителями «низовой» инициативы. Они создавались профсоюзом как прикрытие для того, чтобы избежать непосредственного столкновения с властью или репрессий при проведении стачки. Порой они обретали самостоятельность и даже вступали в конфликт с «родным» профсоюзом. Так было во время выступлений медиков и учителей в 1992 г. Иногда возникали противоречия между стачкомами «самостоятельными» и «бумажными» — как в Нефтегазстройпрофсоюзе в 1994 г. Профсоюз угольщиков первым в ФНПР отказался от «стачкомов прикрытия», заявив в 1993 г., что забастовки должны проводиться открыто самим профсоюзом.
На протяжении 1991—1993 гг. ФНПР показала себя способной эффективно и жестко вести переговоры по Генеральному, региональным и отраслевым тарифным соглашениям, защищая рабочие места и заработную плату. Слабым местом федерации оставалась неспособность мобилизовать людей на активные действия. Исходя из этого, власти выработали собственную тактику. Они шли на уступки в ходе переговоров, а затем не выполняли взятых на себя обязательств. Принятый в 1991 г. закон об индексации зарплаты, который профсоюзы считали своим главным достижением, не выполнялся. По данным профсоюзов, Генеральное соглашение 1992 г. выполнялось обычно не более чем на 50—60%.
Осенью 1992 г. ФНПР организовала всероссийские коллективные действия, требуя от правительства корректировки курса реформ. Несмотря на радикальные настроения значительной части профсоюзного актива, эти коллективные действия окончились неудачей. Многочисленные собрания и митинги напоминали очередную пропагандистскую кампанию прошлых лет. Не было ни четких общероссийских требований, ни ясной программы дальнейших действий. Власти просто не реагировали на выступления ФНПР, а профсоюзы оказались не в состоянии перейти от митингов к более серьезным мерам.
Провал последующего «осеннего» и «весеннего» наступлений 1992 г. углубил кризис в «официальных» профсоюзах. Выработка единой позиции затруднялась тем, что ФНПР представляла собой объединение отраслевых и территориальных структур. Соотношение сил между ними определяло выбор политики. «Территориалы» более радикальны и склонны были выдвигать жесткие требования к правительству. Отраслевики, руководство которых располагается в Москве, предпочитали прямые переговоры с министерствами.