Основным научным учреждением для Советского Союза стал отдаленный от Университета, от профессуры НИИ — Научно-Исследовательский Институт. На Западе форма НИИ в 30-е годы да и сейчас распространена крайне мало, ибо подавляющая часть фундаментальных открытий делалась и делается там в университетах. Директор, заместители директора, завсектором, завлабораторией, старшие научные, младшие научные, лаборанты — эта система НИИ с самого начала предполагала неравенство в науке, подчинение в науке, казарменную систему отношений между людьми науки. И не случайно, говоря об институтах и лабораториях, мы и сегодня пользуемся военным термином — подразделения. Военизированная структура науки потребовала, чтобы на всех «этажах» ее работники строго соответствовали должности, месту в занимаемой иерархии. Союз мыслящих личностей большевикам не годился, ибо мыслящий может и не учитывать указаний, спускаемых сверху. Правда, сперва на должности директоров многих академических институтов пришлось все-таки призвать крупных ученых. Но очень скоро выяснилось, что податели идей, такие как академики химик Ипатьев, химик Чичибабин, геохимик Вернадский, генетик Вавилов, физик Иоффе, микробиолог Омелянский, математик Крылов — хуже справляются со своим делом. Они никак не могли взять в толк, что дело директора вовсе не в том состоит, чтобы подавать идеи, а в том лишь, чтобы передавать идущие сверху директивы. Крупные ученые, мало пригодные для роли простых проводников, быстро начали сходить на нет. И не удивительно. Настаивает, к примеру, академик-агрохимик Прянишников на том, что в стране надо строить заводы для производства азотных удобрений. Объясняет с точки зрения науки, что без удобрений поля станут истощаться и урожаи год от года падать. Но по каким-то высшим соображениям там строить заводы удобрений не желают. Они там лучше знают, что надо, и в конце концов находят более подходящего для себя ученого, который в полном согласии с их планами подтверждает: никаких удобрений не нужно, земля наша велика и обильна, в ней и без удобрений всякого добра достаточно (Вильямс). Надо ли удивляться, что академик Прянишников в такой ситуации годами ходит в положении пустого болтуна, а академик Василий Вильямс становится директором института и всесоюзно прославляется как носитель подлинного прогресса. А что потом дошла российская нива до полного истощения, что приперло нам хлеб в Америке покупать, так это уже при других чиновниках случилось, нынешние чиновники за это не в ответе. Одним словом, от академических светил пришлось отказаться, И не только по причинам чисто научным.
В 1911 году царский министр просвещения Кассо призвал для расправы над бунтующими студентами полицию. Поведение министра возмутило профессуру Московского Университета, 124 профессора подали прошение об отставке и покинули здание, оскверненное полицейским вторжением. Восемнадцать человек потом вернулись и просили у министра восстановить их на покинутых кафедрах, но подавляющее число ученых предпочли остаться без работы, но не кланяться министру-хаму. Русский профессор знал себе цену. Даже в мундире он был личностью. Он ценил себя, он знал, что общество в целом на его стороне, ибо профессор в тогдашнем мире был лицом значительным, в какой-то степени даже уникальным, Те, кто стали ведать делами советской науки, учли опыт прошлого. Первую и наиболее важную задачу свою увидели они в том, чтобы новую науку сделать внеличностной, не зависящей от знаний, умственных и нравственных качеств каждого отдельного профессора.