Пока 13–21 сентября шли советско-эстонские экономические переговоры, советское руководство тщательно готовилось к решению политических проблем. Бегство интернированной польской подводной лодки 18 сентября из Таллина вызвало недовольство Москвы, опасавшейся ее действий против советского судоходства. 19 сентября В.М. Молотов заявил эстонскому посланнику, что СССР возлагает ответственность за это происшествие на Эстонию и советский Краснознаменный Балтийский флот (КБФ) будет искать эту лодку по всему Финскому заливу, в том числе и в ближайших окрестностях Таллина. В ответ эстонское правительство 20 сентября выразило свое удовлетворение тем, что СССР решил «предпринять розыск названной подводной лодки», и желание быть в контакте с соответствующими советскими органами[588]
. Тем самым советская сторона получила прекрасную возможность для демонстрации своего военно‐морского флота, которая сопровождалась вторжением советских кораблей в территориальные воды Эстонии. 24 сентября для подписания договора о торговле эстонский министр иностранных дел К. Сельтер выехал в Москву, где в 21 час начались его переговоры с Молотовым. От обсуждения экономических проблем Молотов перешел к проблемам взаимной безопасности и предложил «заключить военный союз или договор о взаимной помощи, который вместе с тем обеспечивал бы Советскому Союзу права иметь на территории Эстонии опорные пункты или базы для флота и авиации». Сельтер пытался уклониться от обсуждения договора, ссылаясь на нейтралитет, но Молотов заявил, что «Советскому Союзу требуется расширение системы своей безопасности, для чего ему необходим выход в Балтийское море. Если Вы не пожелаете заключить с нами пакт о взаимопомощи, то нам придется использовать для гарантирования своей безопасности другие пути, может быть, более крутые, может быть, более сложные. Прошу Вас, не принуждайте нас применять силу в отношении Эстонии».В ответ на замечание Сельтера о том, что возможно недовольство Германии и необходимо информировать правительство и парламент, Молотов заявил, что «это дело срочное. […] Советую Вам пойти навстречу пожеланиям Советского Союза, чтобы избежать худшего. Не принуждайте Советский Союз применять силу для того, чтобы достичь своих целей. Рассматривая наши предложения, не возлагайте надежд на Англию и Германию. Англия не в состоянии что-либо предпринять на Балтийском море, а Германия связана войной на Западе. Сейчас все надежды на внешнюю помощь были бы иллюзиями. Так что Вы можете быть уверены, что Советский Союз так или иначе обеспечит свою безопасность». После некоторого перерыва эстонской делегации был вручен проект договора о взаимопомощи, а подписание договора о торговле было отложено до следующего визита Сельтера в Москву с ответом на советское предложение. Вернувшись 25 сентября в Таллин, Сельтер информировал о советских предложениях германского посланника и попытался получить поддержку Финляндии и Латвии, которые решили не вмешиваться, а Германия посоветовала удовлетворить советские требования[589]
.Тем временем на границе Эстонии и Латвии создавалась советская военная группировка. Еще 13 августа 1939 г. нарком обороны маршал Советского Союза К.Е. Ворошилов издал приказ № 0129 о формировании в период с 15 сентября по 1 октября в Ленинградском военном округе (ЛВО) Новгородской армейской группы (управление – Новгород), переименованной затем в 8‐ю армию. В Калининском военном округе (КалВО) по мобилизации была развернута 7‐я армия (управление – Калинин), которая согласно изданным 14 сентября директивам наркома обороны № 16664/сс/ов и 16668/сс/ов была с 15 сентября передана в оперативное подчинение Военного Совета ЛВО. 14 сентября нарком обороны издал директиву № 16669/сс/ов, которой определил состав войск прикрытия территории ЛВО на Кингисеппском (11‐я стрелковая дивизия, 447‐й корпусной артполк) и Псковском (управление 1‐го стрелкового корпуса, 49‐я, 56‐я и 75‐я стрелковые, 25‐я кавалерийская дивизии и 10‐й танковый корпус) направлениях.
22—23 сентября началось сосредоточение войск 8‐й армии на границе с Эстонией, а управление армии передислоцировалось в Псков. Согласно директиве наркома обороны № 030 от 25 сентября, войска 7‐й армии приступили к сосредоточению на латвийской границе, а управление армии передислоцировалось в Идрицу. С 25 сентября начались разведывательные полеты советских самолетов над Эстонией. В 20.15 26 сентября в штабе ЛВО была получена директива наркома № 043/оп, согласно которой требовалось «немедленно приступить к сосредоточению сил на эстонско-латвийской границе и закончить таковое 29.9.39 года». Между Финским заливом и Чудским озером развертывался Отдельный Кингисеппский стрелковый корпус, южнее Псковского озера – войска 8‐й армии, а в районе Себеж, Юхновичи, Клястицы – соединения 7‐й армии, в состав которой были включены войска 4‐го стрелкового корпуса 3‐й армии Белорусского фронта, сосредоточенные на левом берегу Западной Двины 26–29 сентября.