15-16 июня советские войска заняли большую часть территории Литвы. 16 июня советские войска получили задачу вступить на территорию Эстонии и Латвии. В 9.00 17 июня военные уполномоченные сторон Й. Лайдонер и К.А. Мерецков (с 9 июня заместитель наркома обороны СССР) встретились в Нарве, а Д.Г. Павлов и полковник О. Удентыньш - на станции Ионишкис. Переговоры завершились соответственно в 15.00 и в 13.00 подписанием соглашений о вводе дополнительных войск, в которых были указаны места временной дислокации советских войск (9 дивизий в Латвии и 12 в Эстонии) и оговаривались хозяйственные вопросы595 . Войска 8-й армии, развернутые на границе в боевых порядках "в готовности для наступления", были вынуждены за 1-2 часа перейти в походное положение и, получив задачу занять важнейшие пункты, в 5.00 17 июня начали продвижение в Эстонию и северо-восточные районы Латвии. Части 65-го ОСК в 13.15 вместе с десантом КБФ, под прикрытием ставшего на рейде линкора "Октябрьская революция", 4 сторожевиков и 2 миноносцев, заняли крепости "Сууропи", "Найссаар", "Аэгна" и Таллин. Десантная операция в Гайжунах была отменена, и 16 июня 720 десантников из состава 214-й воздушно-десантной бригады на 63 самолетах ТБ-3 были переброшены на аэродром Шауляя, где они были в качестве танкового десанта приданы 2-й и 27-й танковым бригадам 3-й армии, сосредоточившимся к исходу дня в районе Ионишкис. В тот же день в районе Риги с парашютом был высажен начальник парашютно-десантной службы ВВС БОВО капитан Старчак. В 10.20 утра 17 июня танковые бригады и части 121-й и 126-й стрелковых дивизий перешли латвийскую границу и около 13.00 заняли Ригу. Остальные войска 3-й армии заняли юго-восточные, а части 2-го ОСК западные районы Латвии. В последующие дни войска продолжали занятие Прибалтики, которое в основном завершилось к 21 июня 1940 г. Несмотря на мирное продвижение, войска имели потери, которые по неполным данным составили 58 человек убитыми (самоубийств - 15, погибло - 28, утонуло - 15) и 158 человек ранеными596 .
С 21 июня управление 8-й армии разместилось в Тарту, 3-й армии - в Риге, а 11-й армии - в Каунасе. Соответственно было проведено переформирование армий. На командиров корпусов возлагалась ответственность за порядок, сохранность военных объектов, взаимоотношения с вооруженными силами республик, но им запрещалось вмешиваться в политику. Войскам было приказано "в разговорах с населением и местными властями... уважать самостоятельность литовского государства и объяснять, что Красная Армия выполняет лишь мирный договор о взаимопомощи"597 . Началось свертывание тыловых частей, сформированных для Прибалтийской операции. 21 июня 1940 г. был отдан приказ о расформировании к 26 июня 1940 г. эвакогоспиталей и санитарных поездов. Части связи из Идрицы согласно приказу Генерального штаба № ОМ/755 от 26 июня 1940 г. отправлялись в распоряжение Киевского особого военного округа, куда еще 21 июня была переброшена 214-я воздушно-десантная бригада598 .
Таблица 17
Группировка войск в Прибалтике на 21 июня 1940 г.599
Войска еще продолжали марши, а нарком обороны Тимошенко 17 июня 1940 г. направил Сталину и Молотову докладную записку № 390 сс: "В целях обеспечения скорейшей подготовки Прибалтийского ТВД считаю необходимым немедленно приступить, на территории занятых республик, к осуществлению следующих мероприятий:
1. Границу с Восточной Пруссией и Прибалтийское побережье немедленно занять нашими погранвойсками для предотвращения шпионской и диверсионной деятельности со стороны западного соседа.
2. В каждую из занятых республик ввести по одному (в первую очередь) полку войск НКВД для охраны внутреннего порядка.
3. Возможно скорее решить вопрос "с правительством" занятых республик.
4. Приступить к разоружению и расформированию армий занятых республик. Разоружить население, полицию и имеющиеся военизированные организации.
5. Охрану объектов, караульную и гарнизонную службу возложить на наши войска.
6. Решительно приступить к советизации занятых республик.
7. На территории занятых республик образовать Прибалтийский Военный Округ со штабом в Риге.
Командующим войсками округа назначить командующего САВО генерал-полковника Апанасенко.
Штаб округа сформировать из штаба 8-й армии.
8. На территории округа приступить к работам по подготовке ее как театра военных действий (строительство укреплений, перешивка железных дорог, дорожное и автодорожное строительство, склады, создание запасов и пр.).
План подготовки ТВД представлю дополнительно"600 .