С апреля 1940 г. началась переброска советских войск с финского фронта к местам постоянной дислокации. Одновременно происходило усиление Киевского особого (КОВО), Одесского (ОдВО) и Закавказского военных округов (ЗакВО). Эти передислокации были замечены германскими дипломатами в Москве, о чем 21 мая 1940 г. было доложено в Берлин647 . 11-14 мая оперативный отдел штаба КОВО приказал военно-топографическому отделу начать набор мобилизационных комплектов карт пограничной зоны Румынии648 . 25 мая германский посол в Москве граф Ф.В. фон Шуленбург обратился к Молотову за разъяснением слухов о концентрации советских войск на границе с Румынией. "Молотов ответил, что все эти слухи лишены оснований, - докладывал Шуленбург в Берлин. Несомненно, пожалуй, что советские войска в южной части России, в Крыму и на Кавказе усиливаются", но эти меры не выходят за рамки оборонительных649 . Расширение войны в Западной Европе в мае-июне 1940 г. позволило СССР активизировать свою политику в отношении Прибалтики и Румынии.
К сожалению, подавляющая часть документов о подготовке и осуществлении Бессарабской кампании Красной Армии все еще секретна, поэтому невозможно всесторонне исследовать эти проблемы. Однако доступные материалы позволяют все же рассмотреть эти события более подробно.
Конкретные советские военные приготовления к решению Бессарабского вопроса начались 9 июня 1940 г., когда Военные советы КОВО и ОдВО получили директивы наркома обороны ОУ/583 и ОУ/584, согласно которым им была поставлена задача привести войска в состояние боевой готовности по штатам мирного времени без подъема приписного состава, сосредоточить их на границе с Румынией и подготовить операцию по возвращению Бессарабии. Для руководства операцией на базе управления КОВО было создано управление Южного фронта (командующий - генерал армии Г.К. Жуков, член Военного совета - корпусной комиссар В.Н. Борисов, начальник штаба генерал-лейтенант Н.Ф. Ватутин), включавшего 5-ю (командующий на время операции - генерал-лейтенант В.Ф. Герасименко), 12-ю (командующий генерал-майор Ф.А. Парусинов) армии КОВО и 9-ю армию (командующий генерал-лейтенант И.В. Болдин), формировавшуюся из войск ОдВО.
13 июня с 13.20 до 14.30 часов в Кремле состоялось совещание высшего военно-политического руководства, на котором присутствовали Сталин, Молотов, нарком обороны маршал С.К. Тимошенко, начальник Генштаба маршал Б.М. Шапошников, его заместитель генерал-лейтенант И.В. Смородинов, начальник Политуправления армейский комиссар 1 ранга Л.З. Мехлис, командующие войсками и члены Военных советов КОВО - генерал армии Г.К. Жуков, корпусной комиссар В.Н. Борисов и ОдВО - генерал-лейтенант И.В. Болдин и корпусной комиссар А.Ф. Колобяков, нарком ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов, начальник Главного морского штаба адмирал Л.М. Галлер и командующий Черноморским флотом контр-адмирал Ф.С. Октябрьский650 . К сожалению, материалы этого совещания все еще секретны, однако совершенно очевидно, что речь на нем шла о подготовке операции против Румынии. В частности, был решен вопрос о создании оперативного объединения Черноморского флота на реке Дунай - Дунайской флотилии, создание которой началось четыре дня спустя.
К 17 июня Военный совет Южного фронта разработал план операции, который был 22 июня представлен на утверждение наркому обороны. 19 июня в Проскурове были проведены специальные занятия с Военными советами армий и командирами корпусов с целью ознакомить их с характером и планом операции. Были даны указания об особенностях боевой подготовки войск и тылов к предстоящей операции. 22-23 июня Военные советы армий проработали на местности с командирами корпусов и дивизий вопросы занятия исходного положения, организации предстоящего наступления, взаимодействия родов войск, управления, связи, устройства тыла и действий на ближайший этап операции. С остальным комначсоставом эти вопросы были проработаны за день до начала операции.