5. При отводе войск Красной Армии, авиация Красной Армии может летать только до линии арьергардов колонн частей Красной Армии и на высоте не выше 500 метров, авиация Германской армии при движении на восток колонн Германской армии может летать только до линии авангардов колонн Германской армии и на высоте не выше 500 метров. По занятии обеими армиями линии, указанной в 1-м настоящего протокола, авиация обеих армий не перелетает указанной линии"356 . В 20.40 2 октября в войска поступила директива наркома обороны № 083, излагавшая советско-германский протокол, продублированная соответствующими приказами Военных советов фронтов357 .
В 23.30 2 октября командующий Белорусским фронтом Ковалев отправил в Москву следующую просьбу: "Установленная граница по р. Буг у г. Брест-Литовска крайне невыгодна для нас по следующим причинам: город Брест границей делится на две части - западный обвод фортов достается немцам; при близости границы невозможно использовать полностью богатейший казарменный фонд в г. Бресте; железнодорожный узел и сам город будут находиться в сфере пулеметного огня; переправы на р. Буг не будут прикрыты необходимой территорией. Замечательный аэродром у Малашевичи достанется немцам. Командующий фронтом просит пересмотреть границу в районе Брест-Литовска", оставив за СССР часть территории на западном берегу реки358 . На следующий день из Москвы пришел ответ, что "граница у Бреста установлена соглашением и менять ее невозможно"359 . Но, чтобы сохранить за собой всю Брестскую крепость, советские войска запрудили Буг и взорвали перемычки крепостного рва. В итоге вода пошла по обводному каналу перед Тереспольским укреплением, и этот канал советский представитель выдал немцам за русло р. Буг, по которому и была проведена граница360 .
Заключение советско-германского договора о дружбе и границе от 28 сентября 1939 г. и новое военно-политическое положение в Восточной Европе привело к новым оценкам обстановки личным составом Красной Армии. Шок от событий 17 сентября уже прошел, и теперь в среде военнослужащих стали раздаваться совершенно другие голоса. Ожидая сведений о переговорах в Москве, бойцы высказывали следующие мысли: "жаль, если придется возвращаться - хочется идти вперед", "что будет с населением, если мы оставим эти районы", "неужели придется опять отходить к Бугу. Трудящиеся опять будут под гнетом помещиков и капиталистов и над ними будет фашистская расправа", "Варшава раньше принадлежала России и надо взять ее". Местное население в подавляющем большинстве воспринимало Красную Армию как свою освободительницу и надеялось на включение в СССР. Узнав, что скоро советские войска будут отведены на восток, местные жители западного берега Буга выражали "исключительное сожаление по поводу оставления Красной армией занятых населенных пунктов", просили: "Дорогие товарищи, вы от нас не уходите навсегда, мы сделаем все для того, чтобы вы были скоро у нас обратно". Уже с 30 сентября местные жители задавали вопросы о возможности эвакуироваться в Советский Союз. Всего только в полосах 5-й и 6-й армий было эвакуировано почти 42 тыс. человек, однако среди польского населения 28 человек изъявили желание уйти на западный берег Буга361 .
До 5 октября советские войска занимались эвакуацией трофеев с территории, расположенной западнее установленной линии. К сожалению, общие размеры этих трофеев неизвестны. Так, только войска 5-й армии вывезли за р. Западный Буг 64 паровоза, 70 пассажирских, 1 130 крытых вагонов, 534 платформы, 609 углярок, 104 цистерны и различных грузов (артимущество, сахар, овес, зерно, мука, спирт, железнодорожные материалы, конный завод, руда, железо, уголь, кокс, скот и т.п.) общим объемом 2 174 вагона362 . Военными трофеями Красной Армии стали свыше 900 орудий, свыше 10 тыс. пулеметов, свыше 300 тыс. винтовок, более 150 млн патронов, около 1 млн снарядов и до 300 самолетов363 . Из района Красноброд, Юзефув, Томашув было эвакуировано 2 немецких и 19 польских танков и танкеток364 . Кроме того, польский речной флот потерял на реке Припять 51 военный корабль и свыше 113 вспомогательных судов365 . В плен было взято 454 700 польских военнослужащих (в это число вошли не только солдаты и офицеры Войска Польского, но и полицейские, жандармы и все лица, захваченные с оружием в руках), из них войска Белорусского фронта взяли в плен 60 202, а Украинского - 394 498 человек366 .