Кроме вывода денегза границу через банк «ДИСКОНТ» централизовано осуществлялось обналичивание крупных сумм внутри России. В этом участвовали некоторые банки из упомянутого списка. Схема работала предельно отлаженно, а использовались в ней, как правило, гастарбайтеры из стран СНГ, а также нерезиденты из стран Прибалтики. «Как правило, гастарбайтер привозился в один из банков (из списка более чем 50 банков — «The New Times»), куда предварительно на его имя осуществлялся денежный переводна физическое лицо по поручению банка «ДИСКОНТ». За один раз гастарбайтером могли сниматься суммы от нескольких десятков тысяч до полутора миллионов долларов. За один рабочий день в различных банках по такой схеме могли обналичивать до нескольких десятков миллионов долларов. После этого деньги забирались, а гастарбайтер получал свои копейки». Так, только в одном из банков, фигурирующих в списке, за короткий период времени были осуществлены переводы на физическихлиц — нерезидентов и обналичены суммы в 1,36 млн, 257 тыс., 566 тыс., 420 тыс. и 824 тыс. долларов. По данным источников, банки можно было бы обвинить в нарушении 115-го федерального закона «О противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма». Согласно статье 7 этого закона, банк обязан не позднее рабочего дня, следующего за днем совершения операции, предоставлять в Федеральную службу по финансовому мониторингу всю информацию об операциях, превышающих сумму в 600 тыс. рублей (около $23 тыс. — «The New Times»). Как заявляет источник, информация о всех переводах из банка «ДИСКОНТ» на конкретных физическихлиц в другие российские банки предоставлялась задним числом с большим опозданием. По данным МВД, российские банки, участвовавшие и в переводе денег за границу и в обналичивании средств через банк «ДИСКОНТ», якобы получали за каждую проведенную операцию «до 10 % от общей суммы».
Как стало известно The New Times, еще в марте 2006 года в департаменте Центрального банка России, ответственном за банковское лицензирование, и до сентября 2006 года возглавляемом зампредом Андреем Козловым, был подготовлен аналитический документ о возможном отмывании средств через иностранные банки целым рядом российских коммерческих организаций, а также физическими лицами. Информация, озвученная в докладе, была взята на проверку Департаментом экономической безопасности МВД. Уже в июле 2006 года Андрей Козлов в узких кругах говорил о трех иностранных компаниях, через которые идет основной «отмывочный» поток за границу. К концу августа общая схема потока денег через банк «ДИСКОНТ» и три иностранных офшора со счетами в австрийском «Райффайзене» была установлена, и 31 августа зампред ЦБ лично настоял на отзыве лицензии у банка «ДИСКОНТ». Спустя 8 дней по итогам проверки Департамента экономической безопасности МВД и при непосредственном содействии Козлова было возбуждено уголовное дело № 248089 в отношении неустановленных лиц из числа сотрудников банка «ДИСКОНТ». Еще через 5 дней, 13 сентября 2006 года, на зампреда Центрального банка было совершено покушение, когда он выходил из спорткомплекса на улице Олений Вал в Москве. Его водитель скончался от полученных ранений на месте, а сам Козлов умер на следующее утро в больнице.
Уголовное дело, возбужденное по фактуубийства Андрея Козлова, было передано в управление по расследованию особо важных дел Генпрокуратуры РФ. Вскоре представители ведомства официально заявили, что у следствия нет никаких сомнений в том, что «убийство замглавы Центробанка связано с его профессиональной деятельностью». Уже в октябре 2006 года было объявлено о задержании исполнителей убийства — трех граждан Украины, приехавших в Москву из Луганска. Чуть позже, в ноябре, были задержаны посредники в организации покушения. В начале декабря 2006 года генпрокурор Юрий Чайка заявил на пресс-конференции в Москве: «Можно говорить о том, что уголовное дело раскрыто». Спустя месяц, 11 января 2007 года, в Москве был задержан главный подозреваемый в организации убийства — банкир Алексей Френкель. Однако собеседники «The New Times» в МВД, в Госдуме и в банковском сообществе убеждены, что «Френкель никакого отношения к убийству не имеет; задержан он был по одной-единственной причине — он довольно подробно знал схему отмывания «черных» денег, как и вообще многие в банковском секторе, но при этом не отличался особой молчаливостью». Из источников «The New Times», близких к Генпрокуратуре, стало известно, что банк «ДИСКОНТ» в деле об убийстве Андрея Козлова не фигурировал ни на одном из этапов. Никаких заявлений о возможной связи возбужденного 8 сентября при непосредственном сотрудничестве зампреда Центробанка и ДЭБ МВД уголовного дела № 248089 и убийства, совершенного спустя пять дней после возбуждения дела, озвучено не было.