Федор Федорович, назначенный командующим Балтийским гребным флотом в 1802 году, ездил в порт регулярно, проверял умение гребцов, от коих и зависела скорость и маневр кораблей, командовал, отдавал распоряжения, а на душе скребли кошки. С каждым днем это становилось делать все тяжелее, бессмысленнее даже. Он и так чувствовал насмешку и унижение в том, что его, командовавшего всем Черноморским флотом, повелевавшего объединенной Средиземноморской союзной эскадрой, поставили командовать гребной флотилией. Но умея не только командовать, но и подчиняться, — смолчал, покорился, ожидая изменений. Однако проходил месяц за месяцем, а изменений во флоте не намечалось. Или намечались, но к худшему, при всех высоких словах и обещаниях, при язвительном глумлении над прошлым. Молодой император Александр I с пылом к реформам, за которым ощущались неуверенность и страх перед действиями тех, кто задушил его отца, менял коллегиальность в управлении на единоличие, учреждал министерства. Учредили и министерство военно-морских сил.
Нет, не ждал Федор Федорович, что его пригласят и возведут на сие место. Знал, что мало знатности. Побед, орденов, заслуженных трудами званий хватало, а знатности, знакомств высоких не хватало. Очень хотелось, чтобы назначили человека знающего, в морском деле разбирающегося, с пренебрежением к флоту не относящегося. Хоть и крякнул, но выбор одобрил, когда объявили царский указ о назначении первого морского министра России. Им стал Николай Семенович Мордвинов. Многим не дотягивал Мордвинов до замечательного флотоводца России, но был он человеком образованным, нужды флота постиг, законы экономии и хозяйствования знал, командовал хотя и осторожно, но верно.
Однако в морском деле первенствующее значение приобретал «Комитет образования флота», во главе которого стал англоман и умелый царедворец Александр Романович Воронцов. По примеру многих не самых умных политиканов, он стал обливать грязью все, что было во флоте до нового императора. Тот охотно в это поверил, да и соблазнительно — переписать страницы истории заново, чтобы потомки восхищались зоркостью, предвиденьем и решительностью нового правителя. Однако потомки, да и современники обладают возможностью сравнивать прошлое и будущее, видеть забвение лучшего, внедрение худшего там, где вершитель политики объявлял о провалах предыдущего и утверждал свой курс. Так получилось и с флотом во времена Александра I. Его состояние было таким образом представлено Комитетом, что император отписал: «Мы повелеваем оному Комитету непосредственно относиться к нам о всех мерах, каковые токмо нужным почтено будет к извлечению флота из настоящего мнимого его существования и к приведению оного в подлинное бытие». Как будто не было у Российского флота Чесмы, Калиакрии, Корфу. Поручения совершать преобразования во флоте не случайно были даны не моряку, тот бы помнил о победах и достижениях и боролся за продолжение славных традиций. Граф Воронцов никаких теплых чувств к флоту не питал. И это позволило, ему сформулировать мнение о будущем флоте: «По многим причинам, физическим и локальным, быть нельзя в числе первенствующих морских держав, да в том ни надобности, ни пользы не предвидится. Прямое могущество и сила наша должны быть в сухопутных войсках; оба же сии ополчения в большом количестве иметь было не сообразно ни числу жителей, ни доходам государственным. Довольно, если морские силы наши будут устроены на двух только предметах: сбережении берегов и гаваней наших на Черном море, имев там силы, соразмерные турецким, и достаточный флот на Балтийском море, чтобы на оном господствовать. Посылка наших эскадр в Средиземное море и другие экспедиции стоили государству много, делали несколько блеску и пользы никакой». Даже осторожный Мордвинов не выдержал такого принижения флота и подал в отставку. На его место пришел услужливый Чичагов. Как отмечали современники, этот адмирал и «по воспитанию, и по женитьбе» англичанин и притом англичанин «до презрения всего русского».
Вице-адмирал В. М. Головнин так охарактеризовал нового министра: «Человек в лучших летах мужества, балованное дитя счастья, все знал по книгам и ничего по опытам, всем и всегда командовал и никогда ни у кого не был под началом. Во всех делах верил самому себе более всех, для острого слова не щадил ни бога, ни царя, ни ближнего. Самого себя считал способным ко всему, а других ни к чему. Вот истинный характер того министра, который, соря деньгами, воображал, что делает морские силы наши непобедимыми. Подражая слепо англичанам и вводя нелепые новизны, мечтал, что кладет основной камень величию русского флота. Наконец, испортив все, что осталось еще доброго в нем (во флоте), и наскучив наглостью и расточением казны верховной власти, удалился, поселив презренье к флоту в оной и чувство глубокого огорчения в моряках».