13 мая 1907 г. В. Е. Флугу было предоставлено звание почетного старика Платоно-Александровской станицы Уссурийского казачьего войска, Высочайше разрешено принять и носить японский орден Восходящего Солнца 3-й (4 января 1908 г.) и 2-й (24 октября 1909 г.) степеней, китайский орден Двойного дракона 1-й степени 2-го класса (14 сентября 1911 г.), а 6 декабря 1911 г. он был награжден орденом Святого Владимира 2-й степени.
За отличия по службе 6 декабря 1908 г. Флуг производится в генерал-лейтенанты, а 19 ноября 1909 г. он был назначен начальником 37-й пехотной дивизии с зачислением по армейской пехоте.
С 26 по 30 марта и с 16 по 24 июля 1911 г. Василий Егорович временно командовал 1-м армейским корпусом.
В предвоенный период Василий Егорович реализует наработанный опыт: с 14 апреля по 2 мая 1912 г. был командирован в качестве представителя в комиссию по производству опытной мобилизации в Киевском военном округе; с 15 по 25 июня 1912 г. участвовал в окружной полевой поездке со старшими войсковыми начальниками.
30 июля 1912 г. В. Е. Флуг был назначен начальником 2-й гвардейской пехотной дивизии, а с 12 сентября по 15 октября 1912 г. временно командовал Гвардейским корпусом.
В этот период он был пожалован светло-бронзовой медалью в память 100-летия Отечественной войны 1812 г. на Владимирской ленте (28 декабря 1912 г.) и светло-бронзовой медалью в память 300-летия царствования Дома Романовых (21 февраля 1913 г.).
12 января 1913 г. Флуг был назначен помощником Туркестанского генерал-губернатора и командующего войсками Туркестанского военного округа, а с 26 июля по 17 августа 1914 г. временно командовал войсками этого округа.
На этой должности его застало начало Первой мировой войны.
Характеризуя довоенную службу генерала, следует отметить, что наказаниям и взысканиям по службе он не подвергался, характеризовался положительно. Достаточен был и боевой опыт Флуга – он был участником китайского похода и Русско-японской войны.
Основные этапы боевого пути.
С 15 июня по 23 сентября 1900 г. – в Китае, Южной Маньчжурии и на Печелийском побережье. В этот период был в следующих боях: с 22 июня по 1 июля – под Тяньцзинем и при взятии укреп ленных китайских позиций на Лутайском канале; 7 сентября – при взятии крепости Бейтан; 8–9 сентября – при взятии укреплений у города Лутая; 19–20 сентября – при занятии крепости Шанхай-Гуань.
В 1904–1905 гг. – воевал против Японии в Квантунской области (район Порт-Артур – Цзиньчжоу) и Маньчжурии. Был под огнем неприятеля: 26–27 января 1904 г. – при нападении японских миноносцев на Тихоокеанскую эскадру, бое эскадры с японским флотом и первой бомбардировке японцами крепости Порт-Артур с моря; в ночь с 19 на 20 апреля 1904 г. – при отражении третьей попытки японцев заградить брандерами проход в гавань Порт-Артура. Участвовал в сражениях: 12–18 января 1905 г. у деревни Сандепу и 5—26 февраля 1905 г. – под Мукденом.
Василий Егорович был примерным семьянином, отцом четырех дочерей. Женат на Екатерине Валериановне Шпицберг, дочери отставного генерал-майора. Дети: Ксения (род. 20 января 1898 г.), Вера (род. 13 июня 1899 г.), Елена (род. 7 января 1901 г.) и Мария (род. 21 октября 1903 г.). В семье Василия Егоровича проживала и дочь жены от первого брака Ольга Лестич (род. 3 марта 1888 г.).
Как отмечено в послужном списке генерала: «Недвижимого имущества не имеет».
Талантливый офицер Генерального штаба, однокашник крупнейшего русского военного деятеля начала XX века М. В. Алексеева по академии, В. Е. Флуг к началу Первой мировой войны имел богатый военно-административный и боевой опыт. Интересно отметить, что, блестяще закончив Николаевскую академию Генерального штаба, В. Е. Флуг всю жизнь оставался активным офицером, совмещавшим полевые поездки, участие в маневрах и боевых действиях со штабной и преподавательской работой.
Победа в Восточной Пруссии – во главе 10-й армии в Первой Августовской операции 1914 г.
17 августа 1914 г. В. Е. Флуг отправился в Действующую армию. За отличие по службе он был произведен в генералы от инфантерии и 29 августа 1914 г. назначен командующим войсками 10-й армии Северо-Западного фронта. Армия создавалась после поражения 2-й армии генерала А. В. Самсонова и предназначалась для стабилизации фронта в районе г. Гродно – Августов и действий на территории Восточной Пруссии.
Армия В. Е. Флуга отличилась в Первой Августовской операции 12–30 сентября 1914 г. Операция проводилась войсками Северо-Западного фронта с целью улучшить позиции русских на восточно-прусском театре военных действий, а также сковать противника в период проведения Варшавско-Ивангородской стратегической операции.