В зрелой схоластике происходит переориентация на Аристотеля, что позволяло строить более четкую и конкретную логику понятий, но и вело к определенным ограничениям. Учение Аристотеля вошло в средневековую философию и культуру благодаря трудам знаменитого теолога, философа и алхимика Альберта Великого (1193?-1280, монах-доминиканец, за широту познаний получивший титул doctor universalis, уже в наше время признан святым католической церковью). Он оказал большое влияние на св.Фому Аквинского (1225-1274, doctor angelicus - ангельский доктор), учение которого (томизм) в дальнейшем стало официальной доктриной (согласно энциклике папы Льва XIII от 1879 г. - "вечной философией") католической церкви и активно используется ею сейчас. В частности, Фома провозглашал примат разума над волей. Для его сочинений (хотя он положительно относился к астрологии и алхимии), в противоположность ранним схоластам, характерен упор на здравый смысл:
Самый интеллектуальный свет в нас есть не что иное, как некое подобие, через причастие к нему, того несотворенного света, в котором заключаются все вечные истины.
Современные последователи Фомы - неотомисты отличаются достаточно рационалистическим подходом; в нашем веке из католических кругов вышел ряд серьезных ученых.
Девятнадцатый век ухватился за романтику францисканства, потому что в нем самом романтики не было. Двадцатый хватается за разумное богословие томизма, потому что в нем самом нет разумности. В чересчур благодушный мир христианство вернулось в образе бродяги; в мир, сходящий с ума, оно возвращается в образе учителя логики... Мы начинаем наконец догадываться, что XVIII век считал себя веком разума, а XIX - веком здравого смысла, то XX может назвать себя разве что веком нездоровой бессмыслицы. В таких случаях миру необходим святой, но прежде всего необходим философ (Г.К.Честертон, Святой Фома Аквинский).
Среди поздних схоластов наиболее известны Дунс Скот (1266?-1308, doctor subtilis - тонкий доктор) и У.Оккам (1285?-1349, doctor invincibilis непобедимый доктор). Первый из них - последователь Августина; ему принадлежат слова "верую, Господи, ... но, если возможно, сделай так, чтобы я знал". Второй ввел принцип бритвы Оккама - "сущности не следует умножать без необходимости". Оккам также решительно защищал номинализм (реальное существование только единичных субстанций, а не общих понятий) и отстаивал теорию двойственной истины - разделение теологии и философии (истинное в одной области может быть ложным в другой; напомним, что с двойственностью истины, т.е. наличием разных уровней понимания, мы встречаемся и в буддизме). В концепции Оккама вера и воля получали приоритет перед разумом.
Научная мысль средневековья созревала в монастырях. Зачатки науки были связаны с "оккультными" (в современном понимании) дисциплинами - астрологией и алхимией (впрочем, как отмечают М.Элиаде и другие авторы, алхимики упорно преследовали свои цели и едва ли интересовались посторонними для них природными химическими феноменами). Несмотря на широкое распространение этих наук, их отношения с церковью часто были напряженными. Астрология и магия осуждались Вселенскими соборами. В 1163 г. Тридентский собор провозгласил отлучение монахам, занимающимся естественными науками. Согласно булле папы Гонория III, изучение физики, медицины и других естественных наук запрещалось под страхом отлучения от причастия.
Основоположником индуктивного и экспериментального методов естествознания часто считается Роджер Бэкон (1220?-1292?, doctor mirabilis чудесный доктор) - монах-францисканец, который занимался многосторонним опытным изучением природы, особенно оптикой, механикой, астрономией, конструированием механизмов (как реальным, так и мысленным; им предлагались даже проекты воздухоплавания). Он преследовался за свои теологические взгляды и на короткое время был заключен в монастырскую тюрьму. Интересно, что несколько столетий спустя большой вклад в индуктивный метод внес его однофамилец Фрэнсис Бэкон (1561-1626). Именно к этим столетиям относится формирование науки в нашем понимании.
Наша наука возникает из Логоса, который не замыкается в себе, но открыт для "Алогона" (иррационального) и сам проникает в него... Необходимая констелляция сложилась к четырнадцатому веку, когда мощь веры еще не начала слабеть, но содержание ее уже было поколеблено. Это было время последнего значительного углубления христианских импульсов, время высочайшего духовного напряжения, когда происходившая в самых сокровенных глубинах человеческой души борьба вывела на свет новую науку (К.Ясперс, цит.соч., с.62,66).